Im Jahr 1998 wurde Jansen mit dem Wolf-Erich-Kellner-Preis ausgezeichnet. Er ist Mitherausgeber der Reihen Frieden und Krieg. Beiträge zur Historischen Friedens- und Konfliktforschung und Italien in Geschichte und Gegenwart.
Emil Julius Gumbel. Portrait eines Zivilisten. Wunderhorn, Heidelberg 1991, ISBN 3-88423-071-9.
Vom Gelehrten zum Beamten. Karriereverläufe und soziale Lage der Heidelberger Hochschullehrer 1914–1933. Wunderhorn, Heidelberg 1992, ISBN 3-88423-079-4 (zugleich: Dissertation, Heidelberg 1989).
Professoren und Politik. Politisches Denken und Handeln der Heidelberger Hochschullehrer 1914–1935. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1992, ISBN 3-525-35762-1.
mit Arno Weckbecker: Der „Volksdeutsche Selbstschutz“ in Polen 1939–40. Oldenbourg, München 1992, ISBN 3-486-64564-1.
Einheit, Macht und Freiheit. Die Paulskirchenlinke und die deutsche Politik in der nachrevolutionären Epoche (1849–1867). Droste, Düsseldorf 1999, ISBN 3-7700-5222-6 (zugleich: Habilitationsschrift, Bochum 1998).
Nach der Revolution 1848/49. Verfolgung – Realpolitik – Nationsbildung. Politische Briefe deutscher Liberaler und Demokraten aus den Jahren 1849–1861. Droste, Düsseldorf 2004, ISBN 3-7700-5252-8.
Exzellenz weltweit. Die Alexander-von-Humboldt-Stiftung zwischen Wissenschaftsförderung und auswärtiger Kulturpolitik (1953–2003). DuMont, Köln 2004, ISBN 3-8321-7423-0.
Italien seit 1945. Die Geschichte der Ersten Republik. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2007, ISBN 3-8252-2916-5.
Gründerzeit und Nationsbildung 1849–1871. Schöningh, Paderborn 2011, ISBN 3-8252-3253-0.
unter Mitarbeit von Robin Simonow: Netzwerke und virtuelle Salons. Bedeutung und Erschließung politischer Briefe des 19. Jahrhunderts im digitalen Zeitalter. Duncker & Humblot, Berlin 2018, ISBN 978-3-428-15145-5.
mit Oliver Janz: Geschichte Italiens. Vom 18. Jahrhundert bis in die Gegenwart. Kohlhammer, Stuttgart 2023.
Herausgeberschaften
mit Lutz Niethammer, Bernd Weisbrod: Von der Aufgabe der Freiheit. Politische Verantwortung und bürgerliche Gesellschaft im 19. und 20. Jahrhundert. Festschrift für Hans Mommsen zum 5. November 1995. Akademie, Berlin 1995, ISBN 3-05-002835-1.
mit Thomas Mergel: Die Revolutionen von 1848/49. Erfahrung – Verarbeitung – Deutung. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1998, ISBN 3-525-01364-7.
Der Bürger als Soldat. Die Militarisierung europäischer Gesellschaften im langen 19. Jahrhundert. Ein internationaler Vergleich. Klartext, Essen 2004, ISBN 3-89861-299-6.
mit Manfred Grieger, Irmtrud Wojak: Interessen, Strukturen und Entscheidungsprozesse! Für eine politische Kontextualisierung des Nationalsozialismus. Klartext, Essen 2010, ISBN 3-8375-0403-4.
mit Meike Sophia Baader, Julia König, Christin Sager: Tabubruch und Entgrenzung. Kindheit und Sexualität nach 1968. Böhlau, Köln/Weimar/Wien 2017, ISBN 978-3-412-50793-0.
mit Stefano Cavazza, Thomas Großbölting: Massenparteien im 20. Jahrhundert. Christ- und Sozialdemokraten, Kommunisten und Faschisten in Deutschland und Italien. Franz Steiner Verlag, Stuttgart 2018, ISBN 978-3-515-11192-8.
Jansen, Christian, in: Friedhelm Golücke: Verfasserlexikon zur Studenten- und Hochschulgeschichte. SH-Verlag, Köln 2004, ISBN 3-89498-130-X. S. 155–156.