FASTA-Algorithmus

Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von David J. Lipman und William R. Pearson als FASTP für Proteine entwickelt.^[1] Das Programm wurde 1988 auf Nukleotide erweitert.^[2]

FASTA sucht nach Ähnlichkeiten zwischen Sequenzen oder vergleicht eine gegebene Sequenz mit einer Sequenz-Datenbank. Die Speicherung der Sequenzdaten erfolgt im FASTA-Format.

Eine Anwendung findet der Algorithmus beispielsweise beim SIMAP-Projekt.

Siehe auch

• Sequenzalignment
• BLAST-Algorithmus