Il grandit dans la librairie de son père bouquiniste et libertaire, rue de Tolbiac dans le 13earrondissement de Paris[6], où il lit de très nombreux romans et nouvelles. Dès l'âge de 16 ans, le marxisme devient le repère idéologique de sa vie. En 1968, acquis aux idées de gauche, il milite à la Gauche prolétarienne, exerce divers petits métiers et, dès le mois de mai 1968, veut devenir le premier militant «engagé» à écrire des romans noirs.
Il publie son premier roman noir, Tueurs de flics, en . Dans cette adaptation très libre de l'Orestie, un mythe de la Grèce antique, un commissaire est chargé d'une enquête qui doit lui permettre «d'arrêter des tueurs qui se plaisent à découper ses collègues»[7]. Ce premier roman s'inscrit dans le nouveau genre littéraire du néo-polar. Il est salué, dès cette époque, par les critiques Max-Pol Fouchet et Alain Dugrand.
À partir du milieu des années 1980, il signe des scénarios pour le cinéma et commence en parallèle à publier des romans de facture plus classique, tout en poursuivant son œuvre dans le roman noir. En 1989, le critique Renaud Matignon fait son éloge.
Réfractaire aux étiquettes et aux ghettos, il n'apprécie pas le socialisme mitterrandien, contre lequel il écrit, en 1993, Chronique d'une liquidation politique.
Pour Fajardie, polar et roman noir sont les meilleurs moyens d'explorer l'envers et les travers de la société contemporaine. Dans son œuvre, où l'esprit chevaleresque de ses personnages s'oppose à la médiocrité contemporaine, son gauchisme politique s'allie aux valeurs d'honneur, de fidélité et souvent de fraternisation au-delà des oppositions idéologiques ou historiques.
Ses œuvres, dans leur versions publiées aux éditions NÉO (reprises ensuite par La Table ronde), portent des couvertures dessinées par Jean-Claude Claeys. Elles restituent à merveille la sombre atmosphère urbaine, la violence et la désillusion qui se mêlent dans l'œuvre de Fajardie.
Inédit: Le Dragon vert (court roman, ébauche du Voleur de vent, paru sous forme de feuilleton dans l'hebdomadaire La Vie et disponible sur www.fajardie.fr)
Frédéric H. Fajardie a écrit 365 nouvelles, un clin d'œil à ses lecteurs qui peuvent ainsi en lire une chaque jour. Ces nouvelles, témoignages des années 1960 aux années 1990, peuvent être considérées comme une approche sociologique de ces époques[9].
1992: Sniper 2: L'Affaire Petracci, téléfilm français réalisé par Daniel Losset, inspiré du roman éponyme, avec Christopher Buchholz, Nicolas Silberg et Anaïs Jeanneret
1993: La fièvre monte à El Pao, téléfilm français réalisé par Manuel Matji, avec Étienne Chicot, Pierre Malet et Patricia Adriani
1996: L'Héroïne de Francfort (Frankfurt - Miami), épisode 336 de la série télévisée franco-germanique Tatort, réalisé par Klaus Biedermann, avec Patrick Chesnais et Karl-Heinz von Hassel
Cette production fait de lui un des plus prolifiques auteurs français de nouvelles du XXesiècle, avec Daniel Boulanger (près de 400 nouvelles). Au XIXesiècle, ce titre revenait à Guy de Maupassant