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In biologia, la nomenclatura è la sottodisciplina della tassonomia che si occupa di regolare i nomi dei taxa. La nomenclatura si realizza una volta che si è deciso quali taxa avrà e in quali categorie tassonomiche. Per denominarli ci si deve attenere alle regole scritte nei Codici Internazionali di Nomenclatura, e ce n'è uno per ogni disciplina (di zoologia, di botanica, di batteri e di virus). I codici vengono aggiornati regolarmente tramite i risultati ottenuti nei congressi internazionali, dove i tassonomi si riuniscono proprio per tale proposito. I nomi dei taxa sono soggetti a certe regole. Affinché i nomi siano validamente pubblicati, devono osservare le regole ed essere pubblicati in una rivista scientifica, oltre che essere vagliati da periti esperti dell'argomento che ne riesaminano le pubblicazioni per accettarle, correggerle o scartarle. Esistono alcuni principi di nomenclatura che sono contemplati per tutti i codici, che stabiliscono quale è il nome corretto per ogni taxon.
La tassonomia è la sottodisciplina della biologia sistematica che ha luogo una volta che le relazioni di parentela dei gruppi da studiare sia già stata accettata in modo unanime, e si è proceduto a realizzare conseguentemente un albero filogenetico degli stessi. Sebbene la definizione della Tassonomia abbia una lunga storia, oggigiorno si occupa di decidere quali cladi (gruppi monofiletici, coincidenti con i nodi dell'albero) si convertiranno in taxa, ubicati nelle loro corrispondenti categorie tassonomiche. I codici regolamentano le seguenti 7 categorie tassonomiche, che sono famiglia, genere e specie obbligatorie: Regno, Phylum (o Divisione in botanica), Classe, Ordine, Famiglia, Genere e Specie. Quando vi sono più di 7 nodi (considerati dagli scienziati convertibili in taxa) si possono usare sotto-categorie (Sottoregno, Sottoclasse, ecc.) o super-categorie (Superregno, Superclasse, ecc.) per ubicarli. Si può optare di lasciare i nodi senza convertirli in taxa.
Il fatto che si abbiano categorie obbligatorie implica che per tutte le specie si avranno perlomeno 3 taxa superiori, nonostante per esempio, in specie come quella marcata nel grafico con "C", essendo l'unica specie nel suo genere, che a sua volta è l'unico genere nella sua famiglia (e nella maggioranza dei sistemi di classificazione, è l'unica famiglia nel suo ordine, che è l'unico ordine nella sua classe, che è l'unica classe del suo phylum). La nomenclatura si occupa di nominare appropriatamente questa specie e tutti i suoi taxa superiori (sebbene tutti coincidano con lo stesso clade), così come si occupa di denominare tutte le specie e le cladi superiori a queste che i tassonomisti hanno deciso di convertire in taxa.
L'obiettivo principale dei Codici Internazionali di Nomenclatura è quello di fornire i principi di nomenclatura che diano un nome corretto per ogni taxon, dentro un sistema di nomi stabili. Sono aggiornati regolarmente secondo il risultato scaturito dai congressi internazionali.
Nei codici vengono scritti i principi della nomenclatura per ogni disciplina. La ragione per la quale esiste un codice per ogni disciplina è che gli zoologi, i botanici, i batteriologi e i virologi sono soliti agire senza la conoscenza della disciplina altrui e le sue regole, e senza voler sapere esse originarono indipendentemente. Vi è così ancora sempre uno sforzo per omogeneizzarle; per esempio nell'ultima versione del Codice di Nomenclatura Botanica si fa conoscere la decisione che la categoria tassonomica, tradizionalmente venne definita Divisione in botanica, adesso possa anche essere chiamata phylum, come si fa per gli animali.
Il Codice Internazionale di Nomenclatura Botanica si occupa di regolamentare i nomi delle piante verdi (clade delle piante terrestri e le alghe verdi), ma si occupa anche di regolamentare i nomi di altri cladi di eucarioti che tradizionalmente si studiano nei dipartamenti di botanica, come le stramenopili (clade che comprende le alghe brune, le alghe dorate, gli oomycetes e le muffe acquatici), alcuni organismi del clade degli alveolati che hanno cloroplasti, come i dinoflagellati, e anche le alghe rosse, le glaucofite, i funghi reali (chytridi, zygomiceti, ascomyceti, basidiomyceti) e vari cladi eucarioti basali (come le euglene, i cellular slime molds e i plasmodial slime molds).
Il Codice Internazionale di Nomenclatura Zoologica si occupa di regolamentare i nomi degli animali (regno Animalia) e di altri cladi di eucarioti tradizionalmente considerati protozoi.
Alcuni eucarioti sono considerati protozoi per gli zoologi, ma hanno anche cloroplasti per cui sono studiati anche dai botanici. Esempi di questi gruppi sono le euglene e i dinoflagellati. Questi gruppi possono arrivare ad avere un nome distinto per i botanici e gli zoologi, dovuto al fatto che i codici agiscano indipendentemente uno dall'altro, principio di nomenclatura che verrà esposto nella successiva sezione.
I nomi corretti dei taxa sono quelli che si attengono ai principi di nomenclatura, espressi nei Codici di Nomenclatura Botanica e Zoologica, che sono:
In botanica il punto di partenza per denominare le specie è il libro Species plantarum di Linneo, pubblicato nel maggio del 1753, e tutti i nomi anteriori a questa data sono invalidati e non contano in confronto al principio di priorità. Per quanto riguarda i batteri, si fissò il 1980 come la nuova data di partenza per l'assegnazione di nomi. Nelle prospettive attuali in tassonomia si può leggere una discussione riguardo alle nuove proposte rispetto a questo principio.
Il Codice stabilisce i passi necessari per descrivere i taxa nuovi in modo che i nomi siano validamente pubblicati:
Se tutti questi passi sono seguiti, il nome della specie viene considerato validamente pubblicato. Tuttavia, bisogna tenere in conto il fatto che, anche se validamente pubblicato, ciò non significa che sia il nome corretto di una specie. Per esempio, il nome può essere un sinonimo di un nome dello stesso taxon che sia stato validamente pubblicato prima di questo.
Questi passi non sono complicati da seguire. È molto più difficile giustificare i limiti di ogni taxon (vedere Tassonomia per leggere una discussione al riguardo) che realizzare con i requisiti tecnici dei codici per denominarlo.
Affinché la denominazione di un taxon sia accettato bisogna anche che abbia un nome scientifico conforme a certe regole, che sono differenti se si tratta di un taxon nella categoria della specie o un taxon in una categoria superiore alla specie. Al di sopra della categoria della specie, i taxa hanno un nome uninomiale (composto da una sola parola), e il suffisso (l'ultima parte del nome) è dato dalla categoria tassonomica alla quale appartiene (vedere la tabella nell'articolo principale per vedere quale suffisso venga utilizzato in ogni categoria tassonomica). I nomi si scrivono sempre in maiuscolo. Quando si tratta di generi, è convenzione scriverli in una tipologia differente al resto del testo (per esempio in corsivo o sottolineati).
Nella categoria delle specie i nomi sono binomiali (composti di due parole). La prima parola è il nome del genere, la seconda è il nome che caratterizza la specie, chiamato epiteto specifico. Per convenzione si usa scriverli in una tipologia differente dal resto del testo, come succede con i generi. Il nome di genere va sempre scritto in maiuscolo, mentre l'epiteto specifico sempre in minuscolo.
Ci sono anche regole per denominare sottogeneri, sottospecie, e altre categorie tassonomiche intermedie meno utilizzate, le quali anche sono osservate nei Codici Internazionali di Nomenclatura. Per piante coltivate e ibridi artificiali si utilizzano oltre alle regole fornite dal Codice Internazionale di Nomenclatura Botanica, anche quelle del Codice Internazionale per la Nomenclatura delle Piante Coltivate
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