大分県の二級水系一覧では、大分県を流れる水系のうち、大分県が管理する二級水系を記述する。1995年4月30日現在、93水系、211河川ある。
リストの順序は、河口の位置を基準に、福岡県境から宮崎県境まで、北から南に向かって並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 流路延長(km) | 流域面積(km2)[1] | 河川数 | 河口のある自治体 | 備考 |
| （山国川） |
56.00 | 540.0 | 39 | 中津市 | 一級水系 |
| 蛎瀬川 |
3.00 | 13.4 | 2 | 中津市 | |
| 自見川 |
2.20 | 3.7 | 2 | 中津市 | |
| 大江川 |
0.72 | 2.1 | 1 | 中津市 | |
| 舞手川 |
4.35 | 10.3 | 1 | 中津市 | |
| 天貝川 |
2.03 | 3.0 | 2 | 中津市 | あまがいがわ |
| 犬丸川 |
23.81 | 27.8 | 13 | 中津市 | |
| 伊呂波川 |
18.51 | 43.7 | 3 | 宇佐市 | |
| 山城川 |
1.30 | 9.4 | 1 | 宇佐市 | |
| 黒川 |
3.70 | 16.7 | 1 | 宇佐市 | |
| 駅館川 |
14.10 | 15.0 | 23 | 宇佐市 | やっかんがわ |
| 寄藻川 |
17.12 | 33.1 | 6 | 宇佐市、豊後高田市 | |
| 桂川 |
29.46 | 63.6 | 10 | 豊後高田市 | |
| 石部川 |
4.50 | 3.4 | 1 | 豊後高田市 | |
| 広瀬川 |
4.80 | 6.9 | 2 | 豊後高田市 | |
| 赤坂川 |
2.00 | 11.9 | 1 | 豊後高田市 | |
| 真玉川 |
11.89 | 20.9 | 2 | 豊後高田市 | |
| 臼野川 |
3.15 | 5.8 | 1 | 豊後高田市 | |
| 北川 |
1.80 | 1.7 | 1 | 豊後高田市 | |
| 堅来川 |
5.00 | 4.7 | 1 | 豊後高田市 | |
| 羽根川 |
4.50 | 3.9 | 1 | 豊後高田市 | |
| 竹田川 |
13.53 | 15.8 | 2 | 豊後高田市 | |
| 見目川 |
5.00 | 4.9 | 1 | 豊後高田市 | |
| 竹田津川 |
9.50 | 11.5 | 1 | 国東市 | |
| 伊美川 |
13.64 | 22.3 | 1 | 国東市 | |
| 櫛木川 |
3.50 | 5.5 | 2 | 国東市 | |
| 岐部川 |
4.00 | 8.5 | 1 | 国東市 | |
| 向田川 |
0.48 | 2.6 | 1 | 国東市 | |
| 来浦川 |
9.06 | 14.5 | 1 | 国東市 | |
| 深江川 |
2.60 | 2.7 | 1 | 国東市 | |
| 堅来川 |
3.50 | 5.4 | 2 | 国東市 | |
| 富来川 |
16.85 | 12.3 | 2 | 国東市 | |
| 北江川 |
1.50 | 5.8 | 1 | 国東市 | |
| 田深川 |
14.07 | 20.1 | 2 | 国東市 | |
| 清流川 |
5.00 | 6.7 | 2 | 国東市 | |
| 次郎丸川 |
4.70 | 3.9 | 1 | 国東市 | |
| 重綱川 |
3.00 | 4.2 | 2 | 国東市 | |
| 内田川 |
3.70 | 2.8 | 1 | 国東市 | |
| 武蔵川 |
12.00 | 16.8 | 5 | 国東市 | |
| 小城川 |
2.40 | 2.6 | 1 | 国東市 | おしろがわ |
| 大海田川 |
1.90 | 2.0 | 1 | 国東市 | おおみだがわ |
| 安岐川 |
21.17 | 31.8 | 7 | 国東市 | あきがわ |
| 古町川 |
1.15 | 2.6 | 1 | 杵築市 | |
| 住吉川 |
0.62 | 4.9 | 1 | 杵築市 | |
| 天村川 |
3.59 | | 2 | 杵築市 | |
| 江頭川 |
3.00 | 7.0 | 1 | 杵築市 | |
| 高山川 |
9.16 | 16.8 | 4 | 杵築市 | |
| 八坂川 |
29.78 | 87.6 | 8 | 杵築市 | |
| 丸尾川 |
3.00 | 5.1 | 2 | 日出町 | |
| 金井田川 |
1.50 | 11.2 | 1 | 日出町 | |
| 三川 |
2.10 | 14.6 | 1 | 日出町 | |
| 江上川 |
0.73 | 1.6 | 1 | 日出町 | |
| 新川 |
1.78 | 7.5 | 1 | 別府市 | |
| 春木川 |
6.27 | 8.6 | 1 | 別府市 | |
| 境川 |
6.90 | 12.2 | 2 | 別府市 | |
| 朝見川 |
5.03 | 10.9 | 4 | 別府市 | |
| 祓川 |
4.47 | 7.5 | 1 | 大分市 | はらいがわ |
| 住吉川 |
6.65 | 7.6 | 1 | 大分市 | |
| （大分川） |
55.00 | 650.0 | 48 | 大分市 | 一級水系 |
| （大野川） |
107.00 | 1465.0 | 138 | 大分市 | 一級水系 |
| 日美天川 |
2.60 | | 2 | 大分市 | ひみてんがわ |
| 旧日美天川 |
5.00 | 4.7 | 1 | 大分市 | |
| 江川 |
2.40 | | 1 | 大分市 | |
| 丹生川 |
9.13 | 17.3 | 7 | 大分市 | にゅうがわ |
| 本田川 |
5.80 | 5.0 | 1 | 大分市 | |
| 小猫川 |
4.47 | 3.8 | 3 | 大分市 | |
| 湊川 |
2.50 | 2.3 | 1 | 大分市 | |
| 志生木川 |
3.80 | 8.3 | 1 | 大分市 | しゆうきがわ |
| 有屋川 |
2.28 | 2.5 | 1 | 臼杵市 | |
| 佐志生川 |
2.50 | 5.9 | 1 | 臼杵市 | さしうがわ |
| 下の江川 |
2.01 | 3.9 | 1 | 臼杵市 | |
| 熊崎川 |
4.80 | 12.9 | 2 | 臼杵市 | |
| 末広川 |
12.00 | 21.1 | 2 | 臼杵市 | |
| 臼杵川 |
18.21 | 105.3 | 9 | 臼杵市 | |
| 海添川 |
2.50 | 4.2 | 2 | 臼杵市 | かいぞえがわ |
| 堅浦川 |
0.59 | 1.4 | 1 | 津久見市 | |
| 徳浦川 |
1.13 | 3.2 | 1 | 津久見市 | |
| 青江川 |
7.12 | 14.7 | 4 | 津久見市 | |
| 津久見川 |
1.50 | 9.0 | 3 | 津久見市 | |
| 千怒川 |
2.30 | 2.5 | 3 | 津久見市 | ちぬがわ |
| 暁嵐川 |
2.00 | 3.9 | 1 | 佐伯市 | ぎょうらんがわ |
| 狩生川 |
2.60 | 3.9 | 1 | 佐伯市 | かりゅうがわ |
| 戸穴川 |
2.50 | 4.9 | 1 | 佐伯市 | ひあながわ |
| （番匠川） |
38.00 | 464.0 | 52 | 佐伯市 | 一級水系 |
| 吹浦川 |
2.80 | 2.9 | 1 | 佐伯市 | |
| 色利川 |
2.00 | 6.4 | 1 | 佐伯市 | いろりがわ |
| 畑の浦川 |
3.00 | 6.6 | 2 | 佐伯市 | |
| 楠本川 |
1.90 | 5.7 | 1 | 佐伯市 | |
| 正金川 |
1.90 | 3.0 | 1 | 佐伯市 | |
| 河内川 |
3.20 | 5.8 | 2 | 佐伯市 | |
| 猪串川 |
0.65 | 0.8 | 1 | 佐伯市 | |
| 森崎川 |
2.70 | 2.3 | 3 | 佐伯市 | |
| 芹川 |
3.50 | 4.8 | 1 | 佐伯市 | |
| 江川 |
1.95 | 3.4 | 1 | 佐伯市 | |
| 大内川 |
3.65 | 5.0 | 1 | 佐伯市 | |
| 波当津川 |
2.45 | 4.5 | 1 | 佐伯市 | はとつがわ |
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