Bacteroidota

Bacteroidota или Bacteroidetes е колено составено од три големи класи на Грам-негативни, анаеробни или аеробни, стапчести бактерии кои не формираат ендоспори. Широко се распространети во животната средина, во почвата, водотеците, морската вода, како и во цревата и на кожата на животните. Bacteroidetes spp. се дел од нормален, здрав плацентален микробиом.^[1][2]

Bacteroidetes
Научна класификација
Домен:	Bacteria
Колено:	Bacteroidota Krieg et al. 2012
Класи
Rhodothermia Rhodothermales Balneolia Balneolales Cytophagia Cytophagales Sphingobacteria Sphingobacteriales Chitinophagia Chitinophagales Bacteroidia Bacteroidales Flavobacteriia Flavobacteriales
Синоними
Bacteroidaeota Oren et al. 2015 Rhodothermaeota Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016 Saprospirae

Припадниците на класата Bacteroidia се најпознати, вклучувајќи го родот Bacteroides (честа бактерија во изметот на топлокрвните животни, вклучувајќи го и човекот), и Porphyromonas, група на бактерии кои ја населуваат човековата усна шуплина. Класата Bacteroidia порано се нарекувала Bacteroidetes; бидејќи до неодамна беше единствената класа во коленото, но името и беше сменето во четвртиот том на Бергејовиот Прирачник за Систематска Бактериологија.^[3]

Некои членови на родот Bacteroides се патогени опортунисти. Членовите на другите две класи ретко се патогени за луѓето.

Ова колено понекогаш се групира заедно со Chlorobi, Fibrobacteres, Gemmatimonadates, Caldithrix, и морска група А формирајќи ја FCB групата како суперколено.^[4] Во алтернативнот систем на класификација предложен од Томас Кавалир-Смит, овој таксон претставува класа во коленото Sphingobacteria.

Геномика

Компаративните геномски анализи доведоа до идентификација на 27 белковини кои се присутни во повеќето видови на коленото Bacteroidetes. Од нив, една белковина се среќава во сите секвенционирани видови на коленото Bacteroidetes, додека други две белковини се среќаваат во сите секвенционирани видови со исклучок на оние од родот Bacteroides. Отсуството на овие две белковини во овој род најверојатно се должи на селективено губење на гени. Освен тоа, утврдено е дека четири други белковини се присутни во сите видови на коленото Bacteroidetes освен во Cytophaga hutchinsonii, што повторно најверојатно се должи на селективен губиток на гени. Уште осум други белковини беа утврдени дека се присутни во сите секвенционирани Bacteroidetes видови освен во Salinibacter ruber. Отсуството на овие белковини може исто така да биде резултат на селективно губење на гени, или поради длабокото разгранување на S. ruber во филогенетските дрва што би значело дека гените за овие белковини еволуирале дури после дивергирањето на С. ruber. Исто така беше идентификуван CSI (анг. Conserved signature inserts and deletions) и претставува губиток на секвенца од три аминокиселини во ClpB шаперонот, а е присутен во сите видови на Bacteroidetes освен во S. ruber. Овој губиток исто така е најден во еден вид од коленото Chlorobi и една археа, што најверојатно е резултат на хоризонтален трансфер на гени. Овие 27 белковини и губитокот на секвенцата од три аминокиселини служат како специфични молекуларни маркери за коленото Bacteroidetes.

Сродство на колената Bacteroidetes, Chlorobi и Fibrobacteres

Видовите од колената Bacteroidetes и Chlorobi се разгрануваат многу блиску едни до други во филогенетските дрва, што укажува на блиска сродност. Со употреба на компаративни геномски анализи, беа идентификувани три белковини кои подеднакво ги споделуваат сите членови на колената Bacteroidetes и Chlorobi. Неколку CSIѕ уникатно споделувани само меѓу членовите на овие две колена исто така биле идентификувани. Присуството на овие молекуларни обележја е потврда за сродство.^[5] Во дополнение, малубројното колено Fibrobacteres се теоризира дека има блиски филогенетски врски со двете колена. Филогенетските анализи засновани на голем број различни белковини дури го поддржуваат постоењето на таксон од повисоко ниво кој ги опфаќа сите овие три колена. Овие колена исто така доследно се разгрануваат на иста позиција врз основа на CSIѕ во повеќе важни белковини.^[6] Најважни од сите показатели за заедничко потекло се два CSIѕ (во RpoC-белковината и во ензимот серин хидроксиметилтрансфераза) и специфичната белковина PG00081 кои исклучиво ги споделуваат видовите припадници од овие три колена. Сите овие резултати се убедливи докази дека сите три колена споделуваат заеднички предок, што доведе до предлогот тие да се обединат во едно заедничко суперколено со акроним "FCB".

Филогенија

Филогенијата на коленото е заснована на пописот анализа на нивната 16S рРНК.^[7]

Rhodothermaeota Rhodothermaceae Bacteroidaeota Balneolaceae Cytophagales "Hymenobacteraceae" "Thermonemataceae" "Persicobacteraceae" Flammeovirgaceae 1 Cytophagaceae 2 [incl. Flexibacter species group 3] Flammeovirgaceae 2 [incl. Ekhidna lutea] Flammeovirgaceae 3 Flammeovirgaceae 4 [Catalimonadaceae; Mooreiaceae] Cytophagaceae 1 Cytophagaceae 3 Cytophagaceae 4 Cyclobacteriaceae Sphingobacteriales Filobacteriaceae Sphingobacteriaceae "Chitinophagales" Saprospiraceae Chitinophagaceae Cryomorphaceae Flavobacteriales "Crocinitomicaceae" Flavobacteriaceae Bacteroidales Rikenellaceae Marinifilaceae Marinilabiliaceae 2 Prolixibacteraceae Alkaliflexus imshenetskii Marinilabiliaceae 1 Marinilabiliaceae 3 [incl. Cytophaga xylanolytica] Odoribacteraceae Porphyromonadaceae Bacteroidaceae

Таксономија

Моментално прифатената таксономија е заснована на Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN)^[8] и Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).^[9]

•   Род?"Bifissio" ♠ Xin & Zhou 2001
  • Вид "Bifissio spartinae" ♠ Xin & Zhou 2001
• Род ?"Candidatus Cardinium" Zchori-Fein et al. 2004
  • Вид "Candidatus Cardinium hertigii" Zchori-Fein et al. 2004
• Род ?"Candidatus Paenicardinium" Noel and Atibalentja 2006
  • Вид "Candidatus Paenicardinium endonii" Noel and Atibalentja 2006
• Род ?Toxothrix ♪ Molisch 1925
  • Вид Toxothrix trichogenes ♪ (Cholodny 1924) Beger 1953
• Род ?"Venteria" ♠ Bae 2005
  • Вид "Venteria marina" ♠ Bae 2005
• Класа Rhodothermia Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
  • Ред Rhodothermales Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016 [Bacteroidetes Ред II. Incertae sedis]
    • Фамилија Rhodothermaceae Ludwig et al. 2012
• Класа Balneolia Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
  • Ред Balneolales Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
    • Фамилија Balneolaceae Xia et al. 2016 [Balneola group]
• Класа Cytophagia Nakagawa 2012
  • Ред Cytophagales Leadbetter 1974
    • Фамилија ?"Candidatus Amoebophilaceae" Santos-Garcia et al. 2014
    • Фамилија "Hymenobacteraceae" Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
    • Фамилија Cyclobacteriaceae Nedashkovskaya and Ludwig 2012 [incl. Litoribacter ruber & Rhodonellum psychrophilum]
    • Фамилија Cytophagaceae Stanier 1940
    • Фамилија Flammeovirgaceae Yoon et al. 2011 [Catalimonadaceae Choi et al. 2013; Mooreiaceae Choi et al. 2013]
    • Фамилија "Persicobacteraceae" Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
    • Фамилија "Thermonemataceae" Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016 [Thermonema група; Bacteroidetes Ред III. Incertae sedis; incl. Flexibacter species група 2]
•   КласаSphingobacteria Kämpfer 2012
  • Ред Sphingobacteriales Kämpfer 2012
    • Фамилија Filobacteriaceae Ike et al. 2016
    • Фамилија Sphingobacteriaceae Steyn et al. 1998 [incl. Flavobacterium mizutaii]
• Класа "Chitinophagia" Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
  • Ред "Chitinophagales" Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
    • Фамилија Chitinophagaceae Kämpfer et al. 2011
    • Фамилија Saprospiraceae Krieg et al. 2012
• Класа Flavobacteriia Bernardet 2012
  • Ред Flavobacteriales Bernardet 2012
    • Род ?"Candidatus Sulcia muelleri" Moran et al. 2005
    • Род?"Candidatus Uzinura diaspidicola" Gruwell et al. 2007
    • Фамилија ?Blattabacteriaceae Kambhampati 2012
    • Фамилија ?Ichthyobacteriaceae Takano et al. 2015
    • Фамилија "Crocinitomicaceae" Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
    • Фамилија Cryomorphaceae Bowman et al. 2003 [Schleiferiaceae Albuquerque et al. 2011]
    • Фамилија Flavobacteriaceae Reichenbach et al. 1992 emend. Bernardet et al. 2002
• Класа Bacteroidia Krieg 2012
  • Ред Bacteroidales Krieg 2012
    • Род ?"Candidatus Armantifilum" Desai et al. 2010
    • Род ?"Candidatus Azobacteroides" Hongoh et al. 2008
    • Род ?"Candidatus Symbiothrix" Hongoh et al. 2007
    • Род ?Alkaliflexus imshenetskii Zhilina et al. 2005
    • Фамилија?Balneicellaceae Fadhlaoui et al. 2016
    • Фамилија ?Lentimicrobiaceae Sun et al. 2016
    • Фамилија Bacteroidaceae Pribram 1933 [incl. Prevotellaceae Krieg 2012]
    • Фамилија Marinifilaceae Iino et al. 2014
    • Фамилија Marinilabiaceae Ludwig et al. 2012
    • Фамилија Odoribacteraceae Munoz, Rossello-Mora & Amann 2016
    • Фамилија Porphyromonadaceae Krieg 2012 [incl. Acetobacteroides hydrogenigenes]
    • Фамилија Prolixibacteraceae Huang et al. 2014 [Draconibacteriaceae Du et al. 2014; incl. Meniscus glaucopis]
    • Фамилија Rikenellaceae Krieg et al. 2012

Белешки:

♠ Видови кои се наоѓаат во NCBI, но не се наведени во LPSN.

♪ Прокариоти каде што не се изолирани чисти култури или не се достапни.