Цитотаксономијата е гранка на таксономијата која ги користи карактеристиките на клеточните структури за да ги класифицира организмите. Во цитотаксономијата, хромозомската конфигурација на организмот е најшироко користен параметар за да се заклучи врската помеѓу два организми. Заклучокот за врските на видовите се заснова на претпоставката дека тесно сродните видови споделуваат слични карактеристики во нивната хромозомска поставеност (наведени како кариотип).^[1][2] Со анализа на сличностите и разликите во хромозомите, еволуцијата на кариотипот и еволуцијата на видовите може да се реконструираат.

Бројот, структурата и однесувањето на хромозомитесе од голема вредност во таксономијата, при што бројот на хромозомите е најшироко користен и најцитиран карактер. Броевите на хромозомите обично се одредуваат во фазата на метафаза за време на митозата. Вообичаено, се референцира диплоидниот хромозомски број (2n), освен ако се работи за полиплоидна серија во кој случај се цитира основниот број или бројот на хромозоми во геномот на оригиналниот хаплоид. Друг корисен таксономски карактер е положбата на центромерот. Мејотичкото однесување може да ја покаже хетерозиготноста на инверзиите. Ова може да биде константно за таксон, нудејќи дополнителни таксономски докази.

Често, цитолошките докази се придружени и зајакнати со други анализи, вклучително и геномика и филогении базирани на ДНК.

Цитологијата придонесува за следење на еволутивната историја на многу организми, особено примати и цветни растенија. Како пример, споредбите на кариотипот во голема мера ја разјасниле еволуцијата на Arabidopsis thaliana^[3] и на шафранскиот качунка^[4], иако имало многу повеќе студии кои заслужувале да се истакнат.