Список программ для работы с филогенетическими деревьями

В этом списке собрано программное обеспечение и интернет ресурсы, предназначенные для визуализации филогенетических деревьев.

Сетевые ресурсы

Название	Описание	Лицензия	Технология	Сайт
Archaeopteryx (ранее ATV)	Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев[1]		Java
EvolView	Программа для визуализации, аннотации и управления филогенетическими деревьями[2]
ETE toolkit	Окружение для визуализации дерева[3]	Freeware	Python
Hypergeny	Просмотрщик гиперболических деревьев больших филогений		Java и JavaScript
InfoViz Tree Tools	набор утилит, поддерживающий гиперболические, space и icicle деревья		Javascript
iTOL — interactive Tree Of Life	Аннотация деревьев с различными типами данных и экспортом в различные графические форматы; с поддержкой скриптов через пакетный интефейс[4]
TreeVector	генерирует масштабируемые интерактивные филогенетические деревья в SVG или PNG формате[5]	GPL	Java
jsPhyloSVG	библиотека с открытым исходным кодом для отображения расширяемых и настраиваемых деревьев[6]		JavaScript
JStree	библиотека для просмотра и редактирования деревьев	MIT	JavaScript и HTML5 canvas
OneZoom	uses IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) to display phylogenetic trees which can be zoomed in on to increase detail[7]	MIT
Phylodendron	Различные стили деревьев, ветвей и выходных форматов.		Java
PhyloExplorer	a tool to facilitate assessment and management of phylogenetic tree collections. Given an input collection of rooted trees, PhyloExplorer provides facilities for obtaining statistics describing the collection, correcting invalid taxon names, extracting taxonomically relevant parts of the collection using a dedicated query language, and identifying related trees in the TreeBASE database[8]
Phyloviewer	Интернет среда анализа филогеномного анализа базирующаяся на Bioinformatics Portal System.	проприетарная[9]	Java и GWT
PhyloWidget	просмотр, редактирование и публикация филогенетических деревьев, интерфейс с базами данных[10]	GPLv2	Java и JavaScript
TRED	утилита для отображения и редактирования филогенетических деревьев. Деревья генерируются в SVG с использованием Raphael.		Javascript клиент и Python (web2py) сервер
Treedraw	Отображение филогенетических деревьев		HTML5 canvas
TreeViz	Просмотрщик деревьев с возможностью построения карт	MIT	Java
T-REX	Веб сервер для изучения, анализа и отображения деревьев (иерархический, круговой и осевой виды), обнаружения горизонтального переноса генов и отображения HGT сети[11]

Программы

Название	Описание	Лицензия	Язык программирования	ОС	Сайт
BayesTrees	Программа предназначена для отображения, анализа и манипуляций примерами деревьев.	бесплатная	Mono	все
BioNumerics	Универсальная платформа для учёта, хранения и анализа все типов биологических данных, включая деревья и сети гипотез последовательностей данных.	EULA		Windows
Bio::Phylo	Коллекция Perl модулей для манипуляции и отображения филогенетических деревьев, Является частью набора BioPerl[12].	perl_5	Perl	все
Dendroscope	Программа для просмотра больших филогенетических деревьев и сетей[13].	бесплатная		все
ETE	Утилита для отображения изображений филогенетических деревьев с возможностью экспорта в PNG, PDF и SVG форматах[3].	GPLv3[14]	Python	все
FigTree	Современный просмотрщик деревьев с возможностями раскраски и сворачивания.	бесплатная	Java	все
Geneious	Полноценная программа для анализа последовательностей, филогенетики и молекулярного клонирования с современным просмотрщиком деревьев.	коммерческая		все
JEvTrace	Просмотрщик для группировки последовательностей, филогений и структур. Выполняет интерактивное отслеживание эволюции[15] и прочий анализ[16].	условно-бесплатная	Java	все
MultiDendrograms	Приложение для расчета и построения филогенетических деревьев[17].	открытая	Java	все
NJplot	Интерактивный строитель деревьев с экспортом в PDF.	бесплатная	C	все
TreeDyn	Мощная программа для манипуляций с деревьями и комментирования, позволяющей включение мета-информации[18].	открытая		все
TreeGraph 2	Редактор деревьев с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая комбинирование различных филогенетических анализов[19].	GPLv3[20]	Java	все
TreeView	Классическая часто цитируемая[21] программа для отображения деревьев[22].	бесплатная		все
UGENE	Графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования.	GPLv2[23]	C++	все
VectorFriends	Интегрированное программное обеспечение анализа последовательностей с возможностью просмотра филогенетических деревьев.	коммерческая		Windows