På konsertrepertoaren har musik av Mahler, Brahms, Grieg, Schubert, Wolf och Sibelius varit framträdande. Sedan 1980 samarbetar hon med pianisten Bengt Forsberg som varit hennes ackompanjatör vid ett stort antal konserter och inspelningar.
von Otter har sjungit Brangäne i Wagners Tristan och Isolde i London, Waltraute i Ragnarök i Stockholm, Salzburg och Aix-on-Provence och sjunger denna roll 2014 på Deutsche Oper i Berlin. Hon turnerade 2013 med Wagners Wesendonck-Lieder på programmet.[3][4].
Ett urval av inspelade verk
Tillsammans med Elvis Costello gav Anne Sofie von Otter 2001 ut For the Stars, ett album i popgenren som belönades med det holländska musikpriset Edison Award.
Under 2006 kom I Let the Music Speak, ett andra album i popgenren med musik av Benny Andersson och Björn Ulvaeus från deras tid i Abba.
Året därpå gav hon ut albumet Terezín/Theresienstadt med musik som skrivits av kompositörer som satt fängslade i nazisternas koncentrationsläger i Theresienstadt innan de transporterades till dödslägret i Auschwitz. Hon har förklarat att materialet har speciell personlig betydelse för henne eftersom hennes far Göran von Otter, som var svensk diplomat i Berlin under andra världskriget, förgäves försökt få Utrikesdepartementet att reagera på den information som han fått från Kurt Gerstein om de nazistiska dödslägren.
2005 – Mahler: Kindertotenlieder med Wiener Philharmoniker/Pierre Boulez (Deutsche Grammophon)
2005 – Music for a While – Baroque Melodies med Jakob Lindberg, Anders Ericson och Jory Vinikour (Deutsche Grammophon)
2006 – Reflection sånger av Clara Schumann, med Hélène Grimaud (Deutsche Grammophon)
2008 – Verk av Laci Boldemann, Hans Gefors, Anders Hillborg med Göteborgs Symfoniker/Kent Nagano (Deutsche Grammophon)
2009 – Bach: Alto and Soprano Arias from Cantatas and Oratorios med Concerto Copenhagen/Lars Ulrik Mortensen (Archiv)
2010 – Ombre de mon amant – franska barockarior med Les Arts Florissants/William Christie (Deutsche Grammophon)
2011 – Berlioz: Les nuits d'été / Harold en Italie. Les Musiciens du Louvre-Grenoble. Dir. Marc Minkowski (Naive)
2012 – A Summer’s Day – Swedish Romantic Songs av Erik Gustaf Geijer, Franz Berwald, Adolf Fredrik Lindblad med flera Bengt Forsberg, piano, Fredrik Zetterström, baryton (BIS)
2012 – Sogno Barocco / Baroque Dream med Sandrine Piau, Susanna Sundberg och Cappella Mediterranea/Leonardo Garcia Alarcón (Naive)
1995 – Mahler: Symfoni nr 8 med Berliner Philharmoniker/Claudio Abbado (Deutsche Grammophon)
1995 – Beethoven: Symfoni nr 9 med Luba Orgonasova, Anthony Rolfe Johnson, Gilles Cachemaille, Monteverdi-kören och Orchestre Revolutionaire et Romantique/John Eliot Gardiner (Archiv)
2007 – Terezín/Theresienstadt med musik komponerad av offer för förintelsen, Bengt Forsberg (piano), Christian Gerhaher, Gerold Huber (piano) med flera (Deutsche Grammophon)