Еннер, який походив із фермерської родини в Сундгау (Ельзас), спочатку брав уроки малювання у Шарля Гуцвіллера (1810—1900) в Альткірші. Пізніше він перейшов до Школи витончених мистецтв у Страсбурзі, щоб вивчати живопис у майстерні Габріеля-Крістофа Герена (1790—1846). У 1846 році Еннер переїхав до Парижа і став студентом тамтешньої Школи витончених мистецтв, спочатку під керівництвом Мішеля Мартена Дроллінга, а з 1851 року під керівництвом Франсуа-Едуара Піко. Протягом цього часу він працював здебільшого над портретами, серед яких була його родина та інші люди з його дому в Ельзасі.
Заохочений своїми вчителями, Ееннер взяв участь у виставці у Французькій академії 1858 року. Завдяки своїй роботі «Адам і Єва знаходять труп Авеля» він здобув Римську премію, яка включала навчальний візит до вілли Медічі в Римі. Еннер залишився в Італії до 1865 року і присвятив себе переважно вивченню творів Тиціана і Корреджо. У цей час він спеціалізувався на зображенні оголених жіночих фігур на тлі пейзажів, обриси яких розмиті в напівтемряві чи сутінках.
Після повернення до Парижа Еннер присвятив себе малюванню портретів, а також міфологічних жіночих постатей. Завдяки його реалістичному стилю малювання ці портрети були дуже популярні серед публіки «кінця віку».
Сьогодні багато його робіт можна побачити в Музеї Жана-Жака Еннера в Парижі. Однією з найвідоміших його робіт є портрет жінки в ельзаському народному строї«L'Alsace. Elle Attend» («Ельзас. Вона чекає»), що була намальована у 1871 році від імені групи дружин промисловців Танна, які подарували її Леону Гамбетті. Зображення символізувало втрачений Ельзас і стало дуже популярним у Третій республіці.[13]
У 1876 році Луї Пастер замовив Еннеру зобразити його дочку Марію-Луїзу. Пастер відвідував багато зустрічей, тому що любив побалакати з Еннером, пізніше Еннер також написав портрет самого Пастера. Вони стали друзями, тож Еннер відвідував Пастера в його рідному місті Арбуа.
Цнотлива Сусанна або Сусанна в лазні (1864), Музей д'Орсе
Étienne Bricon: Psychologie d'art.Les maîtres de la fin du siècle. Editions May, Paris 1900.
Charles Grad: Jean-Jacques Henner.Biographie. Berger-Levrault, Nancy 1887.
Isabelle de Lannoy: Musée National Jean-Jacques Henner.Catalogue des peintures. Réunion des Musées Nationaux, Paris 2003, ISBN 2-7118-4676-8.
Pauline Pierson (Hrsg.): J. J. Henner, la jeunesse d'un peintre.De 1847 à 1864, du Sundgau à la Villa Medici. Edition du Rhin, Steinbrunn-le-Haut 1989, ISBN 2-86339-059-7 (Katalog der Ausstellung Musée des Beaux-Arts, Mulhouse 1989/90).
Albert Soubies: J.-J. Henner.Notes biographiques. Flammarion, Paris 1925