HomoloGene
From Wikipedia, the free encyclopedia
Remove ads
HomoloGene, alat Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI), Sjedinjenih Država, sistem je za automatsko otkrivanje homologa (sličnosti koja se može pripisati podrijeklu od zajedničkog pretka) među označenim genima nekoliko potpuno sekvenciranih eukariotskih genoma.[1]
HomoloGene-ska obrada sastoji se od analize proteina iz ulaznih organizama. Sekvence se upoređuju pomoću BLAST-a, zatim se podudaraju i svrstavaju u grupe, koristeći taksonomsko stablo kreirano na temelju sličnosti sekvenci, gdje se prvo poklapaju srodniji organizmi, a zatim se na dodaju drugi. Poravnanja proteina mapiraju se natrag u njihove odgovarajuće sekvence DNK, a zatim se može izračunati metrika udaljenosti kao molekulske udaljenosti po modelu supstitucije (Jukes i Cantor, 1969), odnos Ka/Ks.
Sekvence se porede pomoću heurističkih algoritama za maksimiziranje rezultata globalno, a ne lokalno, u bipartitnom podudaranju . Zatim se izračunava statistički značaj svake komparacije. Sekvence se izrađuju po položaju i postavljaju se vrijednosti Ks kako bi se spriječilo grupiranje lažnih ortologa. „Paralozi“ se identificiraju pronalaženjem sekvenci koje su bliže datim vrstama od drugih vrsta.
Remove ads
Uključeni organizmi
Metazoa
Kičmenjaci
Beskičmenjaci
- Drosophila melanogaster,
- Anopheles gambiae,
- Caenorhabditis elegans
Gljive
- Saccharomyces cerevisiae,
- Schizosaccharomyces pombe,
- Kluyveromyces lactis,
- Eremothecium gossypii,
- Magnaporthe grisea,
- Neurospora crassa
Biljke
Dikotiledone
Monokotiledone
Protista
- Plasmodium falciparum.
Remove ads
Uključene baze podataka
- MGI: Projekt mišjeg genoma
- ZFIN: Mreža informacija o zebrici
- SGD: Baza podataka o genomu kvasaca
- COG: Baza podataka o klasterima ortolognih gena
- FlyBase:Baza podataka o genetici Drosophila melanogaster
- OMIM: Onlajn mendelovsko nasleđivanje kod čovjeka
Reference
Vanjski linkovi
Wikiwand - on
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Remove ads