京都府の二級水系一覧（きょうとふのにきゅうすいけいいちらん）では、京都府を流れる水系のうち、京都府が管理する二級水系を記述する。2010年（平成22年）4月時点で、36水系、89河川ある。
リストの順序は、河口の位置を基準に、福井県境から西に向かって並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 流路延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口のある自治体 | 備考 |
| 野原川 |
4.015 | 7.4 | 1 | 舞鶴市 | |
| 瀬崎川 |
0.920 | 1.7 | 1 | 舞鶴市 | |
| 大丹生川 |
2.800 | 5.9 | 1 | 舞鶴市 | おおにゅうがわ |
| 河辺川 |
5.400 | 15.0 | 1 | 舞鶴市 | |
| 朝来川 |
4.200 | 13.3 | 2 | 舞鶴市 | あせくがわ |
| 志楽川 |
6.352 | 15.3 | 3 | 舞鶴市 | しらくがわ |
| 祖母谷川 |
6.760 | 9.1 | 1 | 舞鶴市 | そぼだにがわ |
| 与保呂川 |
6.918 | 18.5 | 3 | 舞鶴市 | |
| 伊佐津川 |
16.910 | 75.0 | 7 | 舞鶴市 | |
| 高野川 |
5.536 | 14.3 | 2 | 舞鶴市 | |
| 福井川 |
1.500 | 5.2 | 1 | 舞鶴市 | |
| （由良川） |
146.000 | 1880.0 | 138 | 舞鶴市、宮津市 | 一級水系 |
| 大雲川 |
2.076 | 6.7 | 2 | 宮津市 | おくもがわ |
| 神子川 |
1.900 | 3.6 | 1 | 宮津市 | |
| 大膳川 |
0.750 | 2.0 | 1 | 宮津市 | |
| 大手川 |
3.290 | 28.2 | 2 | 宮津市 | |
| 宮川 |
1.900 | 1.4 | 1 | 宮津市 | |
| 野田川 |
12.764 | 103.4 | 9 | 与謝野町 | |
| 男山川 |
3.200 | 6.0 | 1 | 与謝野町 | |
| 三田川 |
1.800 | 2.3 | 1 | 与謝野町 | |
| 真名井川 |
0.622 | 1.0 | 1 | 宮津市 | |
| 畑川 |
2.418 | 5.5 | 1 | 宮津市 | |
| 世屋川 |
2.000 | 16.3 | 1 | 宮津市 | |
| 波見川 |
3.730 | 10.4 | 1 | 宮津市 | |
| 犀川 |
3.520 | 7.2 | 1 | 宮津市 | |
| 朝妻川 |
4.800 | 5.7 | 1 | 伊根町 | |
| 筒川 |
17.955 | 47.0 | 4 | 伊根町 | |
| 吉野川 |
2.700 | 11.0 | 1 | 京丹後市 | |
| 宇川 |
17.891 | 54.2 | 2 | 京丹後市 | |
| 竹野川 |
27.594 | 206.4 | 14 | 京丹後市 | |
| 樋越川 |
0.720 | 9.5 | 4 | 京丹後市 | 離湖を含む |
| 福田川 |
10.993 | 30.5 | 2 | 京丹後市 | |
| 木津川 |
3.790 | 15.3 | 2 | 京丹後市 | |
| 佐濃谷川 |
20.191 | 56.3 | 4 | 京丹後市 | |
| 川上谷川 |
9.772 | 44.0 | 4 | 京丹後市 | |
| 栃谷川 |
3.460 | 5.5 | 1 | 京丹後市 | |
| 久美谷川 |
4.335 | 15.3 | 4 | 京丹後市 | |
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