佐賀県の二級水系一覧では、佐賀県を流れる水系のうち、佐賀県が管理する二級水系を記述する。2005年（平成17年）3月現在、60水系、174河川ある。
リストの順序は、有明海沿岸を北東から南西へ、玄海灘沿岸を西から東へ、河口の位置を基準に並んでいる。島嶼部の河川は最下部に記載している。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 河川延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口所在地 | 備考 |
| （筑後川） |
143 | 2863 | 235 | 福岡県柳川市、佐賀市 | 一級水系 |
| （嘉瀬川） |
57 | 368 | 51 | 佐賀市 | 一級水系 |
| 福所江 |
| | 3 | 佐賀市、小城市 | |
| （六角川） |
47 | 341 | 79 | 小城市、白石町 | 一級水系 |
| 福富川 |
| | 1 | 白石町 | |
| 只江川 |
| | 1 | 白石町 | |
| 廻里江川 |
| | 3 | 白石町 | |
| 塩田川 |
| | 24 | 白石町、鹿島市 | |
| 鹿島川 |
| | 8 | 鹿島市 | |
| 石木津川 |
| | 2 | 鹿島市 | |
| 浜川 |
| | 3 | 鹿島市 | |
| 西葉川 |
| | 1 | 鹿島市 | さえがわ |
| 母ヶ浦川 |
| | 1 | 鹿島市 | ほうがうらがわ |
| 音成川 |
| | 1 | 鹿島市 | |
| 黒木川 |
| | 1 | 鹿島市 | |
| 嘉瀬の浦川 |
| | 1 | 鹿島市 | |
| 龍宿浦川 |
| | 1 | 鹿島市 | やのうらがわ |
| 飯田川 |
| | 2 | 鹿島市 | |
| 江福川 |
| | 1 | 鹿島市 | |
| 伊福川 |
| | 1 | 太良町 | |
| 江岡川 |
| | 1 | 太良町 | |
| 早垣川 |
| | 1 | 太良町 | |
| 多良川 |
| | 3 | 太良町 | |
| 嫁川 |
| | 2 | 太良町 | |
| 糸岐川 |
| | 3 | 太良町 | |
| 小田川 |
| | 1 | 太良町 | |
| 破瀬ノ浦川 |
| | 1 | 太良町 | |
| 休石川 |
| | 1 | 太良町 | いけすがわ |
| 亀之浦川 |
| | 1 | 太良町 | |
| 田古里川 |
| | 1 | 太良町 | |
| 今里川 |
| | 1 | 太良町、諫早市 | |
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| | | | |
| 志佐川 |
| | 4 | 長崎県松浦市 | 長崎県境へ流出。 |
| 佐代川 |
| | 2 | 伊万里市 | |
| 楠久川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 後川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 里川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 脇野川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 有田川 |
| | 24 | 伊万里市 | |
| 伊万里川 |
| | 11 | 伊万里市 | |
| 木須川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 黒塩川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 拝川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 立川 |
| | 1 | 伊万里市 | |
| 波多津川 |
| | 2 | 伊万里市 | |
| 田野新田川 |
| | 1 | 唐津市 | |
| 座川 |
| | 2 | 唐津市、玄海町 | そぞろがわ |
| 有浦川 |
| | 8 | 玄海町 | |
| 石田川 |
| | 1 | 玄海町 | |
| 浜野浦川 |
| | 1 | 玄海町 | |
| 八田川 |
| | 1 | 玄海町 | |
| 志礼川 |
| | 4 | 玄海町 | |
| 浦町川 |
| | 1 | 唐津市 | |
| 野元川 |
| | 1 | 唐津市 | |
| 潟川 |
| | 3 | 唐津市 | |
| 江頭川 |
| | 1 | 唐津市 | |
| 呼子川 |
| | 1 | 唐津市 | |
| 橋本川 |
| | 2 | 唐津市 | |
| 浦川 |
| | 1 | 唐津市 | |
| 佐志川 |
| | 2 | 唐津市 | |
| （松浦川） |
47 | 446 | 80 | 唐津市 | 一級水系 |
| 玉島川 |
| | 18 | 唐津市 | |
| 那珂川 |
| | 2 | 福岡市中央区、博多区 | 福岡県境へ流出。 |
|
| | | | |
| 大泊川 |
| | 1 | 唐津市 | 加唐島 |
| 河内川 |
| | 1 | 唐津市 | 馬渡島 |
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