高知県の二級水系一覧では、高知県を流れる水系のうち、高知県が管理する二級水系を記述する。2001年3月31日現在、97水系、268河川ある。
リストの順序は、東から西に、河口の位置を基準にして並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 河川延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口所在地 | 備考 |
| 小池川 |
2.750 | 3.63 | 1 | 東洋町 | |
| 河内川 |
3.100 | 5.36 | 1 | 東洋町 | |
| 生見川 |
1.650 | 2.01 | 1 | 東洋町 | |
| 相間川 |
2.200 | 3.23 | 1 | 東洋町 | |
| 野根川 |
14.250 | 47.98 | 4 | 東洋町 | 徳島県境より流入 |
| 入木川 |
4.900 | 10.38 | 1 | 室戸市 | ゆるぎがわ |
| 佐喜浜川 |
12.500 | 40.46 | 3 | 室戸市 | |
| 弥ヶ谷川 |
0.400 | 6.20 | 1 | 室戸市 | |
| 尾崎川 |
3.100 | 7.93 | 2 | 室戸市 | |
| 椎名川 |
1.350 | 3.52 | 1 | 室戸市 | |
| 室津川 |
8.700 | 19.88 | 1 | 室戸市 | |
| 奈良師川 |
2.350 | 2.46 | 1 | 室戸市 | |
| 岩谷川 |
1.250 | 1.06 | 1 | 室戸市 | |
| 元川 |
8.200 | 11.46 | 1 | 室戸市 | |
| 盲堂谷川 |
0.700 | 0.91 | 1 | 室戸市 | |
| 津以谷川 |
0.400 | 0.94 | 1 | 室戸市 | |
| 東ノ川 |
9.150 | 21.46 | 1 | 室戸市 | |
| 西ノ川 |
16.750 | 33.21 | 1 | 室戸市 | |
| 黒茂谷川 |
1.170 | 0.72 | 1 | 室戸市 | |
| 羽根川 |
16.850 | 49.41 | 2 | 室戸市 | |
| 加僧谷川 |
1.700 | 2.33 | 1 | 室戸市 | |
| 赤木谷川 |
1.200 | 2.03 | 1 | 室戸市 | |
| 須川川 |
6.200 | 11.92 | 1 | 奈半利町 | |
| 長谷川 |
4.800 | 6.46 | 1 | 奈半利町 | |
| 奈半利川 |
56.100 | 311.34 | 11 | 奈半利町、田野町 | |
| 安田川 |
29.350 | 111.16 | 15 | 安田町 | |
| 東谷川 |
1.820 | 4.03 | 2 | 安田町 | |
| 名村川 |
14.800 | 13.77 | 1 | 安芸市 | |
| 伊尾木川 |
42.100 | 139.62 | 5 | 安芸市 | |
| 安芸川 |
26.700 | 143.49 | 11 | 安芸市 | |
| 穴内川 |
4.800 | 12.19 | 1 | 安芸市 | |
| 赤野川 |
13.400 | 32.32 | 2 | 安芸市 | |
| 和食川 |
4.900 | 22.77 | 3 | 芸西村 | わじきがわ |
| 夜須川 |
7.650 | 19.34 | 2 | 香南市 | |
| 香宗川 |
20.550 | 58.80 | 13 | 香南市 | |
| （物部川） |
71 | 508 | 35 | 香南市 | 一級水系 |
| 浜改田川 |
1.200 | 2.36 | 1 | 南国市 | |
| 東沢川 |
2.000 | 2.45 | 1 | 南国市 | |
| 十市川 |
5.100 | 5.54 | 1 | 高知市 | |
| 下田川 |
10.450 | 17.90 | 4 | 高知市 | |
| 国分川 |
21.100 | 157.80 | 26 | 高知市 | |
| 鏡川 |
30.800 | 170.0 | 13 | 高知市 | |
| 竹島川 |
1.300 | 1.54 | 1 | 高知市 | |
| 西谷川 |
0.500 | 1.22 | 1 | 高知市 | |
| 新川川 |
11.750 | 39.77 | 14 | 高知市 | |
| （仁淀川） |
124 | 1560 | 166 | 高知市 | 一級水系 |
| 中口川 |
1.000 | 0.73 | 1 | 土佐市 | |
| 萩谷川 |
2.000 | 2.55 | 1 | 土佐市 | |
| 灰方川 |
2.200 | 4.01 | 1 | 須崎市 | |
| 塩間川 |
0.670 | 1.19 | 1 | 須崎市 | しわいがわ |
| 出見川 |
1.600 | 2.84 | 2 | 須崎市 | |
| 摺木川 |
0.694 | 1.18 | 1 | 須崎市 | |
| 奥浦川 |
2.800 | 9.00 | 2 | 須崎市 | |
| 中の谷川 |
0.450 | 1.73 | 1 | 須崎市 | |
| 桜川 |
6.050 | 31.61 | 5 | 須崎市 | |
| 御手洗川 |
4.050 | 10.01 | 3 | 須崎市 | みたらいがわ |
| 新荘川 |
25.000 | 104.25 | 4 | 須崎市 | |
| 安和川 |
1.288 | 5.85 | 1 | 須崎市 | あわがわ |
| 久礼川 |
5.050 | 40.96 | 2 | 中土佐町 | |
| 大坂谷川 |
5.300 | 11.66 | 1 | 中土佐町 | |
| 上ノ加江川 |
3.900 | 15.79 | 1 | 中土佐町 | |
| 小矢井賀川 |
1.600 | 3.29 | 1 | 中土佐町 | |
| 矢井賀川 |
1.200 | 3.06 | 1 | 中土佐町 | |
| 志和川 |
2.650 | 8.51 | 1 | 四万十町 | |
| 後川 |
4.100 | 7.34 | 1 | 四万十町 | |
| 伊与木川 |
17.750 | 64.14 | 7 | 黒潮町 | |
| 伊田川 |
4.950 | 5.29 | 1 | 黒潮町 | |
| 有井川 |
5.550 | 8.68 | 1 | 黒潮町 | |
| 蜷川 |
5.850 | 21.76 | 3 | 黒潮町 | みながわ |
| 東分川 |
1.000 | 1.44 | 1 | 黒潮町 | |
| 湊川 |
5.850 | 15.13 | 1 | 黒潮町 | |
| 加持川 |
7.550 | 21.13 | 4 | 黒潮町 | かもちがわ |
| 蛎瀬川 |
12.850 | 22.97 | 2 | 黒潮町 | かきせがわ |
| 田野浦川 |
0.700 | 0.89 | 1 | 黒潮町 | |
| 西間川 |
1.000 | 0.93 | 1 | 黒潮町 | |
| 淵の川 |
1.200 | 2.17 | 1 | 黒潮町 | |
| （四万十川） |
196 | 2270 | 319 | 四万十市 | 一級水系 |
| 立石川 |
3.750 | 7.16 | 1 | 土佐清水市 | |
| 布川 |
6.850 | 12.96 | 2 | 土佐清水市 | |
| 下ノ加江川 |
25.600 | 93.31 | 17 | 土佐清水市 | |
| 鍵掛川 |
4.000 | 7.48 | 1 | 土佐清水市 | |
| 久百々川 |
4.458 | 10.70 | 1 | 土佐清水市 | |
| 大岐川 |
2.600 | 4.95 | 1 | 土佐清水市 | |
| 以布利川 |
2.500 | 2.87 | 1 | 土佐清水市 | |
| 浦尻川 |
1.500 | 2.84 | 1 | 土佐清水市 | |
| 加久見川 |
7.650 | 9.31 | 1 | 土佐清水市 | |
| 益野川 |
10.450 | 21.10 | 3 | 土佐清水市 | |
| 三崎川 |
7.500 | 25.75 | 2 | 土佐清水市 | |
| 宗呂川 |
17.650 | 43.32 | 2 | 土佐清水市 | |
| 貝ノ川川 |
16.300 | 22.70 | 2 | 土佐清水市 | |
| 小才角川 |
10.050 | 5.71 | 1 | 大月町 | |
| 才角川 |
7.500 | 6.05 | 1 | 大月町 | |
| 大浦川 |
1.100 | 1.81 | 1 | 大月町 | |
| 周防形川 |
3.800 | 8.91 | 2 | 大月町 | |
| 頭集川 |
6.300 | 11.36 | 1 | 大月町 | |
| 平山川 |
2.000 | 2.83 | 1 | 大月町 | |
| 福良川 |
10.300 | 40.11 | 5 | 宿毛市 | |
| 伊与野川 |
14.950 | 30.57 | 2 | 宿毛市 | |
| 松田川 |
36.300 | 134.31 | 5 | 宿毛市 | |
| 与市明川 |
2.900 | 5.86 | 1 | 宿毛市 | |
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