De instelling van de nieuwe grens tussen Duitsland en Polen, voorlopig aangeduid als Oder-Neissegrens. Het was echter niet duidelijk welke van de twee rivieren onder de naam Neisse bedoeld werd. De Sovjet-autoriteiten stelden de westelijke Neisse in als een voldongen feit. De Oder zou bij zijn monding in de Oostzee overschreden worden om de stad Stettin en omgeving onder Polen te kunnen laten vallen. De grens tussen Polen en de Sovjet-Unie bij de verdeling van de provincie Oost-Pruisen was eveneens kwestieus. De territoriale gezagsverhoudingen bleven na Potsdam onduidelijk en naast de autoriteit van het Sovjet-leger zouden Poolse milities hun gezag doen gelden, wat conflicten tussen beide opriep. Pas na de machtsovername door een Pools-communistische regering zouden deze verhoudingen geregeld worden.
De "repatriëring" onder "humane omstandigheden" van Duitsers die buiten de Duitse grenzen en in de door Polen en de Sovjet-Unie geannexeerde voormalige oostelijke Duitse provincies woonden. Daarnaast vaststelling van de aantallen mensen, behorend tot de Duitstalige minderheden (zie: Volksduitsers). die de overige staten van Midden-Europa mochten verdrijven, na het intrekken van hun burgerrechten. Resultaat was gewelddadige grootschalige etnische zuivering in Oost-Europa, die geen repatriëring noch een humane operatie bleek te worden. Zie: Verdrijving van Duitsers na de Tweede Wereldoorlog en Etnische zuivering.
Akkoord over herstelbetalingen. Het Westen verplichtte Duitsland tot herstelbetalingen in de vorm van Duits eigendom, industriële producten en werkkrachten. Stalin stelde voor om de Polen geen Duitse herstelbetalingen te geven omdat deze staat al Duits grondgebied mocht annexeren. Tot 1949 vond de ontmanteling van de Duitse industrie- en productiecentra plaats. Dit betekende in de zogenaamde Sovjetzone van Duitsland en ook in door Polen geannexeerd gebied, dat industriële installaties afgebroken en naar de Sovjet-Unie vervoerd mochten worden. Maar door de Koude Oorlog werd een volledige afbetaling onmogelijk. Het is overigens nog steeds onopgehelderd waarom de Verenigde Staten hun verzet tegen de door de Sovjet-Unie ingestelde Oder-Neissegrens zo plotseling opgaven. Nadat de Sovjet-Unie haar claim had laten vallen op een deel van de industriële ontmanteling van het Ruhrgebied, verviel namelijk de Amerikaanse eis dat alleen na overleg een nieuwe, voorlopige d.w.z. administratieve, grens ingesteld zou kunnen worden.
Alle andere zaken zouden zo snel mogelijk worden beslist op een definitieve vredesconferentie. De grens tussen Duitsland en Polen werd op de Conferentie van Potsdam niet definitief vastgelegd, maar was door de gedwongen verdrijving van Duitsers uit de voor de Sovjet-Unie een feitelijk gegeven. De westelijke geallieerden wilden pas tijdens de definitieve vredesconferentie de voorlopige 'administratieve' Oder-Neissegrens in een officiële grens omzetten. Deze vredesconferentie is er na het einde van de Tweede Wereldoorlog nooit gekomen. De Pools-Duitse Oder-Neissegrens is geleidelijk bilateraal erkend door akkoorden gesloten in 1950 (door de DDR), in 1970 door West-Duitsland en 1990 door het herenigde Duitsland.
De conferentie van Potsdam bleek dan ook de laatste conferentie te zijn tussen de geallieerde landen van de Tweede Wereldoorlog. Op deze conferentie werden ook de Japanse voorwaarden tot overgave bepaald, waarbij Japan het ultimatum kreeg van totale overgave: voldeed het land daaraan niet, dan zou het direct en totaal verwoest worden. Het woord atoombom werd hierbij niet gebruikt, waardoor de Japanners wellicht geen direct vermoeden kregen, van aard en omvang van destructie, die hen te wachten stond. Truman besliste, met een indirecte aanmoediging van Stalin, om het atoomwapen te gebruiken om een snel einde te maken aan de oorlog tegen Japan. Daarop werden twee atoombommen door de Amerikanen op Japan geworpen, respectievelijk op Hiroshima op 6 augustus en Nagasaki op 9 augustus1945.
De westerse geallieerde landen - en vooral de Britse leider Winston Churchill - stonden wantrouwig ten opzichte van de reële motieven van de Russische leider, maarschalk Stalin. Zij waren daarom blij de Russen niet meer nodig te hebben in de laatste strijd tegen Japan.
Stalin had intussen reeds communistische regeringen onder zijn invloed geïnstalleerd in Oost-Europa; door het verdwijnen van Churchill uit de wereldpolitiek als gevolg van diens verkiezingsnederlaag op 25 juli 1945 werd aan Stalin althans in Oost-Europa, nauwelijks meer tegenwicht geboden. Hierna groeide de kloof, of, in een uitdrukking van Churchill het IJzeren Gordijn tussen het Westen en het Oosten geleidelijk aan verder, en mondde zij uiteindelijk uit in de Koude Oorlog.
