Gdy miał 16 lat, został współpracownikiem harcerskiego czasopisma „Na Przełaj”. W 1984 ukazał tam się jego artykuł pt. Nie róbcie sensacji[6] o homoseksualnejprostytutce, będący jednym z pierwszych w PRL-owskiej oficjalnej prasie artykułów poświęconych problemom osób homoseksualnych. W 1986 na łamach „Na Przełaj” opublikowano reportaż Szczygła i Ewy Żychlińskiej pt. Rozgrzeszanie[7][8], który zainicjował cykl redakcyjny na temat życia młodych gejów i lesbijek w Polsce[9]. W latach 80. XX wieku pracował również jako listonosz[10][11].
Dużą falę krytyki wywołał reportaż Onanizm polski[12], który w 1993 wydrukowała „Gazeta Wyborcza”, w świątecznym numerze. Tekst spowodował dyskusję, a wielu czytelników zwracało numer do redakcji (Szczygieł porusza tę sprawę w książce pt. Niedziela, która zdarzyła się w środę, w rozdziale Listy do onanisty).
W latach 1995–2001 był współprowadzącym programu Na każdy temat w Polsacie. Od 2001, kiedy skończył współpracę z telewizją, głównym tematem jego twórczości literackiej stała się historia i kultura Czech. Jego książka Gottland (2006) została bestsellerem roku 2007 w Czechach i zebrała przychylne recenzje w międzynarodowej prasie: „Wiener Zeitung” opisał ją jako „wielką literaturę pod płaszczem reportażu”, „Le Figaro” określił ją mianem „nie książki, a klejnotu”, a Uniwersytet w Lille uhonorował ją w 2009 nagrodą Prix Amphi przyznawaną za najlepszą książkę przetłumaczoną na francuski.
1997–1998 – wykładowca (reportaż) w Europejskim Studium Dziennikarstwa (Ecole Supérieure de Journalisme de Lille/Uniwersytet Warszawski)
2000–2003 i 2006–2008 – wykładowca reportażu w Instytucie Dziennikarstwa Uniwersytetu Warszawskiego
od 2002 – dziennikarz i reporter „Gazety Wyborczej”
od sierpnia 2004 do lutego 2012 – zastępca szefa dodatku „Duży Format” i zastępca kierownika działu reportażu „Gazety Wyborczej”
od 2010 – założyciel i członek zarządu Fundacji Instytut Reportażu oraz w jej ramach Polskiej Szkoły Reportażu i księgarni z literaturą faktu Wrzenie Świata
La vie est un reportage. Anthologie du reportage litteraire polonais, Montricher 2005
Von Minsk nach Manhattan. Polnische reportagen, Wiedeń 2006
Zaraz wracam, Wrocław 2008
Projekt mężczyzna, Wrocław 2009
Jest także odpowiedzialny za publikację antologii reportaży 20 lat nowej Polski w reportażach według Mariusza Szczygła wydanej w 2009 nakładem Wydawnictwa Czarne z Wołowca.
Nagroda Prymasa Polski i Fundacji Promocja Zdrowia (2000) za propagowanie zdrowego stylu życia
Nagroda „Melchior 2004 – Inspiracja Roku” w Ogólnopolskim Konkursie Reportażystów im. Melchiora Wańkowicza (za dorobek reporterski na tematy czeskie i czechosłowackie)
Nagroda im. Beaty Pawlak (2007) za książkę Gottland („za najlepsze dzieło dziennikarskie o obcych kulturach”)
Nagroda Warszawskiej Premiery Literackiej – Książka Stycznia 2007 za Gottland
Wyróżnienie Specjalne Krajowego Klubu Reportażu (2007) za Gottland („jeden z najlepszych reporterskich tomów wydanych w Polsce w okresie ostatnich kilkunastu lat”)
Nagroda Warszawskiej Premiery Literackiej – Książka Roku 2007 za Gottland
Prix Amphi 2008 – nagroda literacka za książkę Gottland, Lille (Francja)
Gratias Agit 2009 – nagroda Ministra Spraw Zagranicznych Republiki Czeskiej