Para a história do barroco musical português: O Códice 8942 da B.N.L., Lisboa, Fundação Calouste Gulbenkian, 1980.
Sonatas para tecla do século XVIII, transcrição de Janine Moura, M. S. Kastner e Rui Vieira Nery, estudo de M. S. Kastner, Lisboa, Fund. Calouste Gulbenkian, 1982.
A música no ciclo da Bibliotheca Lusitana, Lisboa, Fundação Calouste Gulbenkian, 1984.
Manuscritos musicais: Polifonia: Catálogo, Arquivo Distrital de Viseu, com Miguel Sobral Cid, Viseu, A.D., 1986.
The Music Manuscripts in the Library of King D. João IV of Portugal (1604–1656): A Study of Iberian Music Repertoire in the Sixteenth and Seventeenth Centuries, Dissertação de Doutoramento, Universidade do Texas em Austin, 1990.
História da música [portuguesa], com Paulo Ferreira de Castro, Lisboa, Comissariado para a Europália 91, IN-CM, 1991.
Portugaliae Monumenta Organica: Órgãos de Portugal, texto Rui Vieira Nery, Lisboa, Academia de Música de D. João IV, 1992.
"António Carreira, o Velho, Fr. António Carreira e António Carreira, o Moço: Balanço de um Enigma por Resolver", in Livro de Homenagem a Macario Santiago Kastner, Lisboa, Fundação Calouste Gulbenkian, pp.405–430, 1992.
"O Vilancico Português do Século XVII: Um fenómeno Intercultural", in Portugal e o Mundo: O Encontro de Culturas na Música, Lisboa, Publicações Dom Quixote, pp.91–102, 1997.
"A Música na Sé de Évora como Instrumento Doutrinal", in Do Mundo Antigo aos Novos Mundos: Humanismo, Classicismo e Notícias dos Descobrimentos em Évora (1516-1624), ed. M. S. d. Cunha. Lisboa: Comissão Nacional para as Comemorações dos Descobrimentos, 1998.
"Os Concertados de Santa Cruz de Coimbra e a Problemática da Música de Câmara Instrumental Ibérica nos séculos XVI e XVII", Modus: Revista do Instituto Gregoriano de Lisboa, n.º 5, pp.89–103, 2001.
Modinhas, lunduns e cançonetas: Com acompanhamento de viola e guitarra inglesa: Séculos XVIII - XIX, sel., rev. e notas Manuel Morais, pref. Rui Vieira Nery, Lisboa, IN-CM., 2000.
Ao vivo no casino: Para uma história do fado, Lisboa, Público, 2004.
Para uma história do fado, Público, Corda Seca, 2004.
O fado agradecido a D. Maria Teresa de Noronha, Lisboa, EMI-Valentim de Carvalho, 2006.
Para uma história do fado, 2ª ed. rev., Lisboa, IN-CM, 2012.
Fados para a República, 1ª ed. Lisboa, IN-CM, 2012.
Fado: Um património vivo (A living heritage), trad. David Cranmer, Lisboa, CTT: Correios de Portugal, 2012.
Fado (com Carminho), Julião Sarmento, texto Rui Vieira Nery, trad. Sean Linney, fot. Fernando Piçarra, Filipa Braga, Lisboa, Projecto Travessa da Ermima, Mercador do Tempo, 2013.