Betænkningen blev offentliggjort den 9. januar 2004. Betænkningen med forskellige forslag - bl.a. at staten overtog driften af hospitaler og med total afskaffelse af amter eller regioner - blev fremlagt den 14. januar 2004 i Vingstedcentret i Egtved Kommune med tilstedeværelse af næsten 1.000 politikere, embedsmænd, forvaltningsforskere og over 100 journalister. Der var flertal, efter Dansk Folkeparti gav sin støtte til regeringens reform den 24. juni 2004 i Strukturaftalen. Strukturreformen blev vedtaget af Folketinget den 16. juni 2005 og trådte i kraft den 26. juni 2005 med det første valg til de nye kommuner og regioner 15. november 2005.
Antallet af kommuner var umiddelbart før reformen blevet reduceret fra 275 til 271, da de 5 bornholmske kommuner og Bornholms Amtskommune efter en folkeafstemning tirsdag den 29. maj 2001 blev sammenlagt fra 1. januar 2003. Dette reducerede også antallet af amtskommuner til 13. Ærø Kommune indgik i strukturreformen og blev dannet 1. januar 2006 ved sammenlægning af 2 kommuner, så der var 270 kommuner, heraf de sammenlagte 2 og de ikke sammenlagte 268. 1. januar 2007 blev 238 kommuner sammenlagt til 66 nye kommuner, og 13 amtskommuner samt 3 kommuner (Bornholm, Frederiksberg og København) med amtsopgaver til 5 regioner. Derudover forblev 30 kommuner selvstændige efter 1. januar 2007 og blev således ikke sammenlagt med andre kommuner hverken umiddelbart før eller efter 1 januar 2007. Ertholmene indgik ikke i reformen, men administreres fortsat af Forsvarsministeriet.
Strukturreformen erstattede den struktur med kommuner og amtskommuner, der blev indført med Kommunalreformen i 1970 (se også Kommunalreform om tidligere kommunalreformer i Danmark). En oversigt over både den gamle og den nye struktur kan ses på siden om Danmarks kommuner. De sammenlagte kommuner opbyggedes i 2006 af et sammenlægningsudvalg, der bestod af den kommunalbestyrelse der var valgt ved kommunalvalget i november 2005. I disse kommuner var valgperioden for de gamle kommunalbestyrelser forlænget med et år, så den gamle struktur kunne fungere, mens den nye blev bygget op.