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Im Folgenden sind die in Japan vorkommenden Reptilien nach Systematik sortiert gelistet. Insgesamt finden sich in Japan 97 Reptilienarten, darunter 13 Schildkrötenarten, 46 Schlangenarten und 38 Echsenarten. Fast die Hälfte der Reptilienarten sind in Japan endemisch (insgesamt 48: 2 Schildkröten-, 23 Schlangen- und 23 Echsenarten) und einige andere weisen endemische Unterarten auf.[1]
Angegeben wird von der Ordnung bis zur Art jeweils der Trivialname (falls vorhanden) und Taxon sowie teilweise der japanische Name. Die ausschließlich in Japan vorkommenden Arten sind in Fettdruck hervorgehoben. Mögliche Unterarten sind nicht aufgelistet.
In der jüngeren biologischen Vergangenheit Japans gab es mit dem China-Alligator und der ausgestorbenen GavialartToyotamaphimeia machikanensis mindestens zwei Krokodilarten.[9]
Masaya Iijima, Keiichi Takahashi, Yoshitsugu Kobayashi: The oldest record of Alligator sinensis from the Late Pliocene of Western Japan, and its biogeographic implication. Journal of Asian Earth Sciences, Volume 124, 1. Juli 2016, S. 94–101, doi:10.1016/j.jseaes.2016.04.017, abgerufen am 26. Januar 2022
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