島根県の二級水系一覧では、島根県を流れる水系のうち、島根県が管理する二級水系を記述する。1998年4月1日現在、72水系、159河川ある。
リストの順序は、日本海沿岸を東から西へ河口の位置を基準に並んでいる。隠岐諸島の河川を最下部に記載している。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 流路延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口のある自治体 | 備考 |
| （斐伊川） |
153 | 2070 | 227 | 松江市、境港市 | 一級水系 [1] |
| 千酌川 |
1.17 | 5.2 | 1 | 松江市 | ちくみがわ |
| 千酌路川 |
1.89 | 2.7 | 1 | 松江市 | ちくみじがわ |
| 里路川 |
2.76 | 6.2 | 1 | 松江市 | |
| 澄水川 |
4.12 | 8.1 | 1 | 松江市 | しんじがわ |
| 森田川 |
2.80 | 6.1 | 1 | 松江市 | |
| 相代川 |
2.56 | 3.4 | 1 | 出雲市 | |
| 唐川川 |
4.77 | 13.6 | 2 | 出雲市 | |
| 猪目川 |
3.66 | 6.0 | 1 | 出雲市 | |
| 八千代川 |
1.42 | 5.5 | 1 | 出雲市 | |
| 堀川 |
11.36 | 40.0 | 3 | 出雲市 | |
| （神戸川） |
82.40 | 199.6 | 17 | 出雲市 | 一級河川、斐伊川水系[2] |
| 十間川 |
13.10 | 41.6 | 6 | 出雲市 | |
| 小田川 |
5.23 | 21.1 | 2 | 出雲市 | |
| 田儀川 |
9.09 | 66.3 | 1 | 出雲市 | |
| 波根川 |
2.58 | 10.4 | 1 | 大田市 | |
| 大原川 |
3.38 | 18.4 | 2 | 大田市 | |
| 静間川 |
20.33 | 173.3 | 6 | 大田市 | |
| 逢浜川 |
5.04 | 5.9 | 1 | 大田市 | |
| 宅野川 |
2.34 | 3.6 | 1 | 大田市 | |
| 潮川 |
7.04 | 21.3 | 3 | 大田市 | |
| 塩郷川 |
0.56 | 0.2 | 1 | 大田市 | |
| 湯里川 |
6.09 | 18.2 | 1 | 大田市 | |
| 小浜川 |
1.34 | 1.1 | 1 | 大田市 | |
| 福光川 |
6.22 | 18.2 | 2 | 大田市 | |
| 倉谷川 |
0.33 | 0.7 | 1 | 江津市 | |
| 大池川 |
1.51 | 1.2 | 1 | 江津市 | |
| 東川 |
1.57 | 2.2 | 1 | 江津市 | |
| （江の川） |
194 | 3900 | 293 | 江津市 | 一級水系 |
| 新川 |
2.16 | 4.9 | 1 | 江津市 | |
| 和木川 |
1.63 | 3.8 | 1 | 江津市 | |
| 水尻川 |
3.67 | 9.9 | 1 | 江津市 | すいじりがわ |
| 敬川 |
18.03 | 52.2 | 3 | 江津市 | うやがわ |
| 曲川 |
2.10 | 5.4 | 1 | 江津市 | |
| 久代川 |
4.17 | 5.8 | 1 | 浜田市 | |
| 唐鐘川 |
1.28 | 2.1 | 1 | 浜田市 | |
| 下府川 |
22.57 | 59.5 | 2 | 浜田市 | しもこうがわ |
| 浜田川 |
19.58 | 62.0 | 8 | 浜田市 | |
| 青川川 |
1.16 | 2.0 | 1 | 浜田市 | |
| 周布川 |
45.83 | 91.66 | 6 | 浜田市 | すふがわ |
| 三隅川 |
41.51 | 230.2 | 12 | 浜田市 | |
| 岡見川 |
7.56 | 13.9 | 1 | 浜田市 | |
| 土田川 |
3.76 | 10.0 | 1 | 益田市 | |
| 沖田川 |
13.91 | 46.3 | 3 | 益田市 | |
| 津田川 |
7.97 | 13.2 | 2 | 益田市 | |
| 遠田川 |
3.43 | 4.9 | 1 | 益田市 | |
| 益田川 |
29.80 | 126.7 | 11 | 益田市 | |
| （高津川） |
81 | 1090 | 92 | 益田市 | 一級水系 |
| 喜阿弥川 |
1.92 | 6.8 | 2 | 益田市 | |
| 二見川 |
2.50 | 2.2 | 1 | 益田市 | |
| 飯浦川 |
0.90 | 3.8 | 1 | 益田市 | |
| 八尾川 |
8.45 | 48.5 | 8 | 隠岐の島町 | |
| 加茂川 |
1.21 | 4.6 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 都万川 |
3.39 | 16.2 | 2 | 隠岐の島町 | |
| 那久川 |
2.72 | 8.4 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 油井川 |
1.79 | 4.7 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 長尾田川 |
1.62 | 3.5 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 重栖川 |
4.99 | 43.3 | 5 | 隠岐の島町 | |
| 代川 |
1.86 | 3.5 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 久見川 |
3.78 | 8.1 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 中村川 |
5.10 | 12.4 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 元屋川 |
3.38 | 6.2 | 1 | 隠岐の島町 | がんやがわ |
| 飯美川 |
1.19 | 2.1 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 春日川 |
3.88 | 10.1 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 卯敷川 |
1.80 | 3.0 | 1 | 隠岐の島町 | うずきがわ |
| 大久川 |
1.84 | 4.8 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 飯田川 |
1.23 | 2.5 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 東郷川 |
1.33 | 4.6 | 1 | 隠岐の島町 | |
| 諏訪川 |
2.44 | 3.7 | 1 | 海士町 | |
| 境川 |
1.37 | 2.6 | 1 | 海士町 | |
| 大川 |
1.14 | 1.2 | 1 | 海士町 | |
| 多井川 |
0.92 | 0.8 | 1 | 海士町 | |
| 美田川 |
2.50 | 4.5 | 2 | 西ノ島町 | |
| 三度川 |
0.56 | 2.6 | 1 | 西ノ島町 | みたべがわ |
| 横尾川 |
1.09 | 2.3 | 1 | 知夫村 | |
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