愛知県の二級水系一覧では、愛知県を流れる水系のうち、愛知県が管理する二級水系を記述する。（2006年4月1日現在、55水系、147河川）
リストの順序は、静岡県境から西に向かって、河口の位置を基準にして並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 流路延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口のある自治体 | 備考 |
| 池尻川 |
1.723 | 9.4 | 1 | 田原市 | |
| 精進川 |
0.809 | 5.7 | 1 | 田原市 | |
| 天白川 |
5.118 | 6.3 | 1 | 田原市 | てんぱくがわ |
| 免々田川 |
3.747 | 8.0 | 1 | 田原市 | めめだがわ |
| 新堀川 |
2.230 | 6.3 | 1 | 田原市 | |
| 今堀川 |
2.100 | 5.6 | 1 | 田原市 | |
| 今池川 |
4.280 | 12.5 | 1 | 田原市 | |
| 汐川 |
8.876 | 37.3 | 6 | 田原市 | |
| 蜆川 |
3.729 | 6.8 | 1 | 田原市 | しじみがわ |
| 紙田川 |
3.908 | 13.2 | 1 | 豊橋市 | |
| 境川 |
1.900 | 3.7 | 1 | 豊橋市 | |
| 梅田川 |
14.032 | 86.6 | 9 | 豊橋市 | 静岡県より流入 |
| 柳生川 |
5.307 | 27.8 | 3 | 豊橋市 | |
| （豊川） |
77.000 | 724.0 | 27 | 豊橋市 | 一級水系 |
| 佐奈川 |
14.429 | 35.1 | 2 | 豊橋市 | |
| 音羽川 |
12.477 | 63.7 | 5 | 豊川市 | |
| 御津川 |
4.336 | 8.9 | 1 | 豊川市 | みとがわ |
| 紫川 |
2.400 | 2.5 | 1 | 蒲郡市 | |
| 西田川 |
2.700 | 12.3 | 2 | 蒲郡市 | |
| 落合川 |
2.500 | 7.8 | 1 | 蒲郡市 | |
| 拾石川 |
6.833 | 11.1 | 1 | 蒲郡市 | |
| 八幡川 |
2.000 | 4.4 | 1 | 西尾市 | |
| 鳥羽川 |
0.900 | 3.5 | 1 | 西尾市 | |
| 矢崎川 |
8.055 | 16.7 | 1 | 西尾市 | |
| 北浜川 |
7.118 | 21.1 | 2 | 西尾市 | |
| （矢作川） |
118.000 | 1830.0 | 94 | 西尾市、碧南市 | 一級水系 |
| 蜆川 |
5.165 | 4.8 | 1 | 碧南市 | |
| 高浜川 |
2.400 | 60.1 | 8 | 高浜市 | |
| 前川 |
1.556 | 4.9 | 2 | 高浜市、刈谷市 | |
| 猿渡川 |
17.077 | 69.2 | 6 | 刈谷市 | |
| 境川 |
39.829 | 223.6 | 26 | 刈谷市、東浦町 | |
| 明徳寺川 |
3.022 | 6.0 | 1 | 東浦町 | |
| 豆搗川 |
2.246 | 3.6 | 1 | 東浦町 | まめつきがわ |
| 須賀川 |
1.955 | 3.8 | 1 | 東浦町 | |
| 稗田川 |
2.900 | 6.7 | 1 | 半田市 | |
| 阿久比川 |
9.965 | 31.0 | 5 | 半田市 | |
| 十ヶ川 |
5.250 | 8.6 | 2 | 半田市 | |
| 神戸川 |
4.471 | 12.1 | 1 | 半田市 | |
| 石川 |
2.615 | 5.1 | 1 | 武豊町 | |
| 堀川 |
3.100 | 4.2 | 1 | 武豊町 | |
| 新川 |
2.547 | 4.3 | 1 | 武豊町 | |
| 布土川 |
1.500 | 4.4 | 1 | 美浜町 | ふっとがわ |
| 新江川 |
1.150 | 7.8 | 1 | 美浜町 | |
| 大川 |
1.977 | 3.2 | 1 | 美浜町 | |
| 五宝川 |
2.670 | 3.5 | 1 | 美浜町 | |
| 山海川 |
1.142 | 3.9 | 1 | 南知多町 | |
| 内海川 |
2.877 | 11.3 | 1 | 南知多町 | |
| 山王川 |
2.420 | 7.1 | 1 | 美浜町 | |
| 稲早川 |
2.760 | 7.0 | 2 | 美浜町 | |
| 矢田川 |
6.198 | 16.2 | 2 | 常滑市 | やたがわ |
| 日長川 |
5.241 | 11.5 | 2 | 知多市 | |
| 信濃川 |
5.783 | 11.4 | 2 | 知多市、東海市 | |
| 大田川 |
3.851 | 18.9 | 3 | 東海市 | |
| 天白川 |
22.740 | 101.8 | 9 | 東海市、名古屋市（港区） | てんぱくがわ |
| 山崎川 |
12.040 | 28.2 | 1 | 名古屋市（港区） | |
| （庄内川） |
96.000 | 1010.0 | 76 | 名古屋市（港区） | 一級水系 |
| 日光川 |
41.034 | 296.2 | 14 | 飛島村 | |
| 筏川 |
4.220 | 37.4 | 1 | 飛島村、弥富市 | |
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