熊本県の二級水系一覧では、熊本県を流れる水系のうち、熊本県が管理する二級水系を記述する。2000年4月1日現在、81水系、148河川ある。
リストの順序は、北から南に、河口の位置を基準にして並んでいる。島嶼部の河川は末尾にまとめ、それぞれの島内で反時計回りに並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
さらに見る 水系名, 河川延長(km) ...
| 水系名 | 河川延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口所在地 | 備考 |
| 関川 |
[注 1]17.75 | 47.78 | 2 | 大牟田市 | [注 2] |
| 浦川 |
7.60 | 13.84 | 2 | 長洲町 | |
| 菜切川 |
8.92 | 21.12 | 2 | 長洲町 | |
| 宮崎川 |
2.80 | 7.34 | 1 | 長洲町 | |
| 行末川 |
4.91 | 23.82 | 3 | 長洲町、玉名市 | |
| 境川 |
6.50 | 11.80 | 1 | 玉名市 | |
| （菊池川） |
71 | 996 | 68 | 玉名市 | 一級水系 |
| 唐人川 |
2.60 | 16.31 | 2 | 玉名市 | |
| 河内川 |
7.00 | 16.80 | 1 | 熊本市 | |
| 坪井川 |
22.69 | 141.70 | 9 | 熊本市 | |
| （白川） |
74 | 480 | 16 | 熊本市 | 一級水系 |
| 除川 |
3.13 | 5.94 | 1 | 熊本市 | よけがわ |
| 千間江湖川 |
4.96 | 2.20 | 1 | 熊本市 | せんげんえごがわ |
| （緑川） |
76 | 1100 | 59 | 熊本市、宇土市 | 一級水系 |
| 網津川 |
4.40 | 11.20 | 1 | 宇土市 | |
| 網田川 |
3.60 | 9.60 | 1 | 宇土市 | おうだがわ |
| 波多川 |
6.95 | 10.50 | 2 | 宇城市 | |
| 郡浦川 |
6.90 | 8.80 | 1 | 宇城市 | こうのうらがわ |
| 里浦川 |
2.50 | 3.50 | 1 | 宇城市 | |
| 底江川 |
2.00 | 2.40 | 1 | 宇城市 | |
| 大見川 |
1.50 | 3.70 | 1 | 宇城市 | |
| 西浦川 |
1.20 | 2.20 | 1 | 宇城市 | |
| 長崎川 |
2.50 | 3.50 | 1 | 宇城市 | |
| 浦上川 |
3.10 | 6.60 | 1 | 宇城市 | |
| 大野川 |
7.00 | 25.40 | 3 | 宇城市 | |
| 五丁川 |
5.20 | 6.10 | 3 | 宇城市 | |
| 八枚戸川 |
4.60 | 10.50 | 2 | 宇城市 | |
| 砂川 |
11.81 | 28.30 | 4 | 宇城市 | |
| 八間川 |
6.94 | 18.65 | 1 | 宇城市 | |
| 氷川 |
20.50 | 148.60 | 3 | 氷川町、八代市 | |
| 鏡川 |
3.87 | 10.65 | 1 | 八代市 | |
| 大鞘川 |
13.10 | 34.59 | 4 | 八代市 | |
| 水無川 |
16.82 | 18.82 | 1 | 八代市 | |
| （球磨川） |
115 | 1880 | 82 | 八代市 | 一級水系 |
| 流藻川 |
7.66 | 25.80 | 1 | 八代市 | りゅうそうがわ |
| 二見川 |
5.80 | 24.82 | 2 | 八代市 | |
| 赤松川 |
2.10 | 2.90 | 1 | 芦北町 | |
| 田浦川 |
2.30 | 6.30 | 1 | 芦北町 | |
| 宮の浦川 |
0.70 | 2.20 | 1 | 芦北町 | |
| 小田浦川 |
1.87 | 4.30 | 3 | 芦北町 | |
| 佐敷川 |
16.70 | 67.00 | 4 | 芦北町 | |
| 湯の浦川 |
13.40 | 42.50 | 4 | 芦北町 | |
| 女島川 |
1.20 | 5.70 | 1 | 芦北町 | |
| 津奈木川 |
2.89 | 16.20 | 2 | 津奈木町 | |
| 小津奈木川 |
3.20 | 16.40 | 1 | 津奈木町、水俣市 | |
| 水俣川 |
16.55 | 132.50 | 5 | 水俣市 | |
| 坂口川 |
1.20 | 2.60 | 1 | 水俣市 | |
| 袋川 |
0.80 | 7.50 | 1 | 水俣市 | |
| 境川 |
1.10 | 7.40 | 1 | 水俣市、出水市 | |
| 七ツ割川 |
1.50 | 1.00 | 1 | 上天草市 | 大矢野島 |
| 合津川 |
2.80 | 4.60 | 1 | 上天草市 | 上島 |
| 今泉川 |
3.70 | 5.60 | 1 | 上天草市 | 上島 |
| 教良木川 |
8.70 | 29.00 | 3 | 上天草市 | 上島 |
| 楠甫川 |
1.77 | 7.40 | 1 | 天草市 | くすぼがわ、上島 |
| 上津浦川 |
4.30 | 6.10 | 3 | 天草市 | 上島 |
| 下津浦川 |
2.60 | 9.90 | 2 | 天草市 | 上島 |
| 白洲川 |
2.50 | 3.70 | 2 | 天草市 | 上島 |
| 河内川 |
9.60 | 23.80 | 3 | 天草市 | 上島 |
| 浦川 |
6.30 | 11.00 | 2 | 天草市 | 上島 |
| 目玉川 |
1.10 | 0.90 | 1 | 天草市 | 上島 |
| 岩下川 |
1.80 | 2.95 | 1 | 上天草市 | 上島 |
| 亀川 |
9.90 | 23.00 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 町山口川 |
3.50 | 10.30 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 広瀬川 |
9.80 | 22.50 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 隅田川 |
2.44 | 4.10 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 中洲川 |
1.50 | 6.60 | 2 | 天草市 | 下島 |
| 内野川 |
11.10 | 28.80 | 6 | 天草市 | 下島 |
| 松原川 |
2.40 | 6.80 | 1 | 苓北町 | 下島 |
| 上津深江川 |
1.70 | 7.48 | 1 | 苓北町 | 下島 |
| 志岐川 |
6.10 | 9.50 | 1 | 苓北町 | 下島 |
| 都呂々川 |
5.00 | 13.60 | 1 | 苓北町 | とろろがわ、下島 |
| 下津深江川 |
8.60 | 34.70 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 高浜川 |
4.20 | 25.30 | 2 | 天草市 | 下島 |
| 大江川 |
2.10 | 5.67 | 3 | 天草市 | 下島 |
| 今富川 |
2.30 | 9.85 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 一町田川 |
13.60 | 67.73 | 5 | 天草市 | 下島 |
| 路木川 |
4.13 | 10.30 | 3 | 天草市 | 下島 |
| 早浦川 |
2.30 | 13.21 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 亀浦川 |
1.10 | 7.70 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 桜川 |
1.60 | 5.16 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 久玉川 |
1.50 | 2.13 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 中田川 |
2.00 | 2.60 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 流合川 |
4.40 | 15.30 | 1 | 天草市 | 下島 |
| 大宮地川 |
7.00 | 32.00 | 2 | 天草市 | 下島 |
| 方原川 |
8.60 | 10.40 | 1 | 天草市 | ほうばるがわ、下島 |
閉じる