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河内源氏
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河内源氏是清和源氏的一支，当时以河内国（今大阪府东部）作为根据地。被武士称作“源氏”的一般指的就是河内源氏。此外，与伊势平氏“平正盛 - 平忠盛 - 平清盛”一脉被称作“平家”相对应，古时河内源氏也会被称作“源家”[1]。
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起源
河内源氏的始祖是以摄津国・多田庄为根据地的源满仲的三子・源赖信。源赖信的长兄则是摄津源氏的始祖・源赖光，次兄是大和源氏的始祖・源赖亲。源赖信任河内守期间，以该国石川郡为根据地拓展势力，后世称河内源氏 。
衰退
后三年之役被朝廷认定为私合战，源义家及其郎党没有获得任何奖赏。
宽治5年(1091年)6月，源义纲与其兄长源义家差点展开合战。见此，朝廷禁止源义家郎党入京，并禁止百姓向源义家进献庄园。
宽治8年(1094年)3月，源义纲的郎党成功追讨在出羽国作乱的平师妙，源义纲因此获封从四位下。
承德2年(1098年)，长年无官的源义家获封正四位下，并成为白河上皇的殿上人。
康和三年(1101年)，源义家次子・源义亲在九州作乱，遭到流放。
嘉承元年(1106年)6月，源义家四男・源义国在常陆与其叔父・源义光爆发合战。同年7月，源义家去世。
嘉承三年(1108年)正月，因杀害出云国目代，源义亲遭平正盛诛杀。
天仁2年(1109年)二月，继任河内源氏家督的源义家三男・源义忠遭暗杀，而后，被当作是嫌疑人的源义纲惨遭灭族。
源义忠死后，源义亲之子(一说为源义家之子)・源为义继任家督。源为义官职只停留在检非违使，没有当过受领，至其55岁时才获封从五位下，为此，源为义接近前关白・藤原忠实，成为其家臣。与之相对，源为义长子・源义朝成为鸟羽上皇的亲信，31岁就获封从五位下・下野守。
久寿2年(1155年)8月，源义朝长子・源义平在武藏国袭击源为义次男(有一说认为是嫡子)・源义贤(大藏合战)，源为义及源义朝的对立已表面化。
在东国，源赖义三男・源义光及其后代在甲斐国、陆奥南部、常陆北部扩张势力，源义国及其子孙在上野、下野活动。源义朝则是在关东南部活动，大藏合战后，将其势力扩展至关东北部。
保元元年(1156年)7月，鸟羽上皇去世，后白河天皇及崇德上皇就继承问题有所纷争。平清盛、源义朝、源义康(河内源氏义国流・足利氏)等为后白河阵营旗下的武士，而源为义率领源赖贤、源为朝等几个儿子作为崇德方的武士参战，最终，后白河方取得胜利，史称保元之乱。此役后，源义朝稳固其河内源氏嫡流的地位，也因战功被任命为左马头，并允许昇殿。
平治元年(1159年)12月，趁平清盛离京之际，源义朝联合藤原信赖，袭击当时主导朝政的后白河上皇亲信・信西，并拘禁后白河上皇和二条天皇，然平清盛迅速回京，拥护二条天皇，成为朝廷的“官军”，击败源义朝及其同党，史称平治之乱。战后，源义朝企图逃往东国，在尾张国遭到暗杀；长男・源义平潜伏于京城，企图刺杀平清盛，最终被捕而后斩首；次男・源朝长身受重伤，在逃亡途中去世；三男・源赖朝被流放至伊豆国；五男・源希义、七男・阿野全成、八男・义円、九男・源义经因年龄较小，没有参战，源希义流放至土佐国，后三者被送入寺庙。
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再兴
平治之乱后，以平清盛为首的平家确立起其朝廷唯一官军的地位，平清盛官位扶摇直，仁安2年(1167)2月，平清盛获封从一位，就任太政大臣，平家一门多人位列公卿，收获知行国、受领、庄园无数。平清盛更与后白河院及摄关家结为姻亲，扩大其于朝堂上的影响力。后白河上皇及其他公卿虽企图挑战平清盛，然经过鹿谷阴谋及治承三年政变，多位公卿被流放，后白河上皇也遭到幽禁，最终，治承4年(1180年)2月，平清盛外孙・安德天皇登上皇位。
治承4年(1180)4月，后白河上皇第三皇子・以仁王与摄津源氏・源赖政合谋，以源为义十男・源行家为使者，向全国武士发送征讨平家的令旨，史称以仁王举兵。借此，源赖朝在妻家・北条氏等南关东武士的拥戴下，以镰仓为基地，举起反旗；源义贤次男・源义仲于信浓举兵，而后进军北陆；河内源氏义光流・甲斐源氏・武田信义、安田义定则将势力扩展至信浓、远江、骏河；源行家及源为义三男・源义广则四处征战；河内源氏义光流・山本义经、柏木义兼兄弟党也于近江举兵。河内源氏以外，各地反平家的势力也纷纷举兵，摄津、美浓、尾张、若狭、越前、加贺、伊予、丰后、肥后等地皆有武士起事。治承5年(1181)闰二月，平清盛病逝。
治承·寿永之乱前期，源赖朝统整关东大小各武士团，同为河内源氏义国流的足利氏及新田氏先后加入源赖朝麾下，源赖朝也成功镇压与其对立的河内源氏义光流・佐竹氏，而河内源氏义光流・信浓平贺氏原先与源义仲合作，后加入赖朝阵营。
源义仲在北陆接连打了几场胜仗后，寿永2年(1183年)7月与源义广、源行家、安田义定等反平家武士上洛，平家仓皇逃出京都。然源义仲后续出征西国的平家战事不利，且介入天皇家的继承问题，之后更幽禁后白河上皇(法住寺合战)，源义仲声势大减；于此期间，朝廷赋予源赖朝对东海道及东山道公领和庄园支配权(寿永二年十月宣旨)。而后，源赖朝派遣其六弟・源范赖及源义经率领东国武士上洛，源义仲不敌，享年31岁；作为人质留在镰仓的源义仲嫡男・源义高也被诛杀；源义广在伊势国与御家人展开合战，遭斩首。
寿永3年(1184年)2月，赖朝军、甲斐源氏、近畿武士所组成的联军在摄津国大败平家，史称一之谷之战。然，畿内的局势仍然不稳定，平家残党仍就在此作乱，源义经为专心维持畿内地区的治安，延后追讨平家。东国方面，源赖朝以追讨义仲残党名义，大举入侵甲斐、信浓等国，并以“居功自傲，且有乱世之志”为由，诛杀甲斐源氏・一条忠赖；甲斐源氏本就难谓团结，部分比较亲源赖朝，有些则独立意识较强，源赖朝巧妙利用其分裂状态，压制甲斐源氏。
寿永3年(1184年)8月，源赖朝以源范赖为总大将，率领东国武士西征，但由于缺乏船只，范赖军无法跨越关门海峡，对彦岛或九州进行攻克，使范赖军长期滞留于长门国；而后范赖军陷入兵粮不济的困境，军队士气低下，直到隔年年初，源范赖接受九州武士的支援，成功渡海，讨伐当地平家势力。
元历2年(1185年)2月，源义经率近畿武士奇袭平家大本营赞岐国・屋岛，平家逃至彦岛。平家失去了濑户内海的制海权，且腹背受敌，然平家仍拒绝和平谈派，3月，在关门海峡的坛之浦之战，平家彻底坏灭，一门多人殉死，二位尼・平时子带著安德天皇跳海身亡。
因其战功，源赖朝获封从二位，且基于源赖朝推举，大内惟义被任命为相模守，足利义兼被任命为上总介，山名义范被任命为伊豆守，加贺美远光被任命为信浓守，安田义资被任命为越后守，源义经被任命为伊予守，再加上一之谷之战后被奖赏的源范赖・三河守、平贺义信・武藏守，河内源氏一门多人获赏。
镰仓时代
元历2年(1185)4月，源赖朝近侍・梶原景时控诉源义经，5月，源义经带著平家俘虏前往镰仓，《吾妻镜》记载源赖朝禁止源义经进入镰仓，兄弟两人关系已恶化，源赖朝更没收源义经20馀处领地。源义经被任命为伊予守后，根据先例，应辞去检非违使的职务，然源义经兼任检非违使，滞留于京都，且越来越亲近后白河上皇。后，源赖朝在伊予国的国衙领设置地头，插手源义经国务。
源行家随源义仲上洛后，在和泉及河内活动，因拒绝臣服于源赖朝，源赖朝欲追讨之，源行家故拉拢源义经，文治元年(1185年)10月13日，两人向后白河上皇索取追讨源赖朝的宣旨；10月16日，再次请求下旨；10月17日，土佐坊昌俊袭击源义经；10月18日，取得追讨源赖朝的宣旨。源赖朝闻此，率大军至骏河国・黄瀬川；源义经企图号召近畿武士，但少有人响应，只得逃离京都，见此，朝廷改为下达追讨源义经及源行家的宣旨。
源赖朝派使者进京向后白河上皇问责，更以追捕源义经、源行家等人为由，在诸国设置守护、地头，史称“文治敕许”。
源义经等人原先欲乘船前往九州，然遭遇暴风雨，而后潜伏于近畿地区。文治2年(1186年)5月，源行家在和泉国被御家人诛杀。而后，源义经同党陆续被追讨，源义经逃往奥羽地区，接受奥州藤原氏庇护。因承受不了源赖朝的持续施压，文治5年(1189年)闰4月，奥州藤原氏四代当主・藤原泰衡诛杀源义经(衣川之战)。7月，源赖朝率大军亲征奥州藤原氏，藤原泰衡不敌，向北逃亡，于途中被家臣杀害，史称奥州合战；此役中，源赖朝可谓是动员全日本御家人，依《吾妻镜》文治5年(1189年)9月4日条记载，在陆奥国・阵冈(今岩手县・紫波郡・紫波町)集结的军队足足有28万4千骑。
建久元年(1190年)11月，源赖朝上洛，与后白河上皇及摄政・九条兼实讨论国家大事，朝廷更任命源赖朝为权大纳言、右近卫大将。建久3年(1192年)7月，朝廷册封源赖朝为征夷大将军。建久10年(1199)正月13日，源赖朝去世。
源赖朝年方18岁的嫡男・源赖家继任家督。建仁3年(1203年)年中，阿野全成及其三男・阿野赖全因涉嫌谋反而遭诛杀。9月，身为源赖家乳母兼外戚的有力御家人・比企氏遭北条氏及其盟友灭族(比企能员之变)，源赖家长男・一幡也在此役中身亡，而后源赖家被罢黜并遭到幽禁，隔年7月去世。
源赖家被罢黜后，源赖朝次男・源实朝继任家督。建历元年(1213年)2月，有御家人企图拥立源赖家三男・荣实为将军，然事迹败露，多人被捕(泉亲衡之乱)；建保2年(1214年)11月，先前和田合战败北的和田残党拥立荣实，在京都起事，遭幕府军镇压，荣实后自害。
建保6年(1218年)，源实朝超越其父亲，任右大臣、左近卫大将。建保7年(1219年)1月27日，于鹤冈八幡宫举行的右大臣拜贺仪式中，源实朝被源赖家次男・公晓刺杀，公晓而后也被诛杀。同年2月，阿野全成四男・阿野时元在骏河国举兵，意图获赐宣旨支配东国，遭幕府军镇压；3月，阿野全成五男・道晓被迫自害。承久2年(1220年)4月，源赖家四男・禅晓因涉嫌与公晓同谋，遭诛杀。
因源实朝并无子嗣，朝廷与幕府达成妥协，由既是藤原北家・九条流，又是源赖朝同母妹・坊门姬的曾孙・三寅下向镰仓，为四代将军・藤原赖经。据《明月记》记载，嘉禄2年(1226年)正月，御家人・佐佐木信纲前往藤原氏的氏寺・春日大社，询问藤原赖经是否可改姓源氏，遭天意否准。宽喜2年(1230年)12月，藤原赖经与源赖家女儿・竹御所结婚，四年后，竹御所难产而死，此也标志著源赖朝直系血脉断绝。
源氏将军三代而亡，加上幕府制度渐趋完善，逐渐形成执权及评定众来主导幕政。而后，北条氏压倒其他有力御家人，集中权力，进入所谓得宗专制的年代。
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相较于其他御家人，源氏一门在镰仓时代前期有较高之地位，谓之门叶。
- 甲斐源氏・安田义定、安田义资父子，前者于建久5年(1194年)8月，怀疑有谋反之心，诛杀；后者于建久4年(1193年)11月，因女房艳书之事，诛杀。
- 信浓平贺氏，以信浓国・佐久郡・平贺乡(今长野县・佐久市)为根据地。2代当主・平贺义信，平治之乱时就追随源义朝，源赖朝对其相当敬重，尊为门叶笔头；长男・大内惟义，身兼近畿多国守护，去世后，其子・大内惟信继承其势力，然在承久3年(1221年)的承久之乱时加入后鸟羽上皇方，后被流放西国；四男・平贺朝雅，源赖朝犹子，镰仓幕府初代执权・北条时政女婿，京都守护，镇压元久元年(1204年)4月平家馀党在伊势、伊贺的叛乱，且受后鸟羽上皇青睐，元久2年(1205年)7月，北条时政发动政变，欲立平贺朝雅为将军，失败，平贺朝雅遭诛杀。
- 足利氏，起源于下野国・足利庄。足利氏长期与北条氏联姻，在比企氏、和田氏、三浦氏、安达氏等有力御家人相继失势后，在镰仓时代后期，颇受北条氏重用，地位堪比北条氏庶流。镰仓时代末期，后醍醐天皇计画倒幕，且恶党四处作乱，第8代当主・足利尊氏原先受命讨伐西国的反幕府方，然足利尊氏阵前倒戈，攻陷幕府局京都的据点・六波罗探题。在镰仓幕府体制下，足利氏只系一御家人，然室町时代开始强调其源氏嫡流的特性。
- 新田氏，起源于上野国・新田庄。家祖・源义重为足利氏家祖・足利义康兄长，自称源义家嫡孙，系因不敌源义仲，才归顺于源赖朝。新田氏与幕府关系疏远，地位比不上足利氏，一度甚至比世良田氏、岩松氏等庶流还低，镰仓时代晚期本家才逐渐恢复权威。第8代当主・新田义贞拥戴足利尊氏嫡子・千寿丸，攻陷镰仓。
- 甲斐源氏・武田信义原与源赖朝为同盟，但之后逐渐形成上对下的从属关系。其长男・一条忠赖遭诛杀；三男・板垣兼信不受源赖朝待见；四男・武田有义得罪过源赖朝，之后更受叛乱牵连而失势；五男・武田信光及同族的加贺美远光较得源赖朝青睐，发展较好。甲斐源氏在东山道颇有势力，承久之乱时，幕府兵分三路出征京都，并任命武田信光及加贺美远光次男・小笠原长清为其中一路的总大将；战后，两人皆因战功被任命为西国的守护，武田信光任安艺国守护，小笠原长清任阿波国守护。两家也都跟随足利尊氏、新田义贞倒幕。
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南北朝
正庆年(1333年)4月27日，足利尊氏在丹波国・篠村八幡宫对幕府举起反旗。5月7日，足利尊氏与倒幕派攻陷六波罗探题。5月8日，新田义贞在上野国・新田庄举兵。5月9日，六波罗探题残党在近江国・番场遭倒幕派包围，集体自害。5月22日，新田义贞攻陷镰仓，北条氏及其同党集体自害。5月25日，少贰氏、大友氏、岛津氏攻陷幕府于九州的据点・镇西探题。5月26日，长门探题降伏。以北条氏为中心的镰仓幕府灭亡。
镰仓幕府灭亡后，大觉寺统・后醍醐天皇推行建武新政，然因不合时宜，招致多人反感。建武2年(1335年)7月，北条氏残党攻陷由足利尊氏同母弟・足利直义镇守的镰仓，史称中先代之乱。见此，足利尊氏请求就任征夷大将军、总追捕使讨伐北条残党，遭否准，最终，足利尊氏未经敕准就出征，并迅速夺回镰仓，后醍醐天皇在事后封其为征东将军。后醍醐天皇命足利尊氏回京，足利尊氏犹豫不决，然足利直义态度果断，拒不回京，并以清君侧为由，发布追讨新田义贞的檄文。后醍醐天皇命新田义贞追讨足利尊氏，足利尊氏将政务及军事委托予足利直义，表示隐退，然新田义贞步步进逼，足利尊氏只得重回战场，击退新田义贞，而后更攻入京都，后醍醐天皇仓皇逃至近江。
足利尊氏攻占京都没多久，就被击退，逃往九州。足利尊氏得到当地武士的支援，持明院统・光严上皇更予其院宣，命讨伐新田义贞，足利尊氏夺回京都，后醍醐天皇再次逃至近江。足利尊氏拥立光明天皇，后醍醐天皇与其议和，返回京都，新田义贞强烈反对，携恒良亲王、尊良亲王前往北陆。据《梅松论》记载，后醍醐天皇亲信・楠木正成看出同为河内源氏，足利尊氏较新田义贞有人望，曾劝其舍弃后者，与前者讲和，遭否准。
建武3年/延元元年(1336年)12月，后醍醐天皇携三神器逃离京都，至大和国・吉野，并恢复自身皇位及年号。朝廷分裂成北朝・持明院统・京都，以及南朝・大觉寺统・吉野两派，史称南北朝时代。新田义贞一行人在北陆遭遇暴风雪及粮草不足等困境，后遭到尊氏方武士袭击，不敌，尊良亲王自害，恒良亲王被捕；历应元年/延元3年(1338年)闰7月，新田义贞战死于越前。
南朝在多线战场失利，再加上后醍醐天皇于历应元年/延4年(1339年)闰8月去世，南朝声势可谓是每况愈下。北朝方面，朝廷于历应元年/延元3年(1338年)8月任命足利尊氏为征夷大将军。足利尊氏与足利直义共掌幕府，当世称二人为“两将军”。然幕府内部分裂成足利直义及足利尊氏重臣・高师直两派，贞和5年/正平4年(1349年)8月，足利直义被迫隐退，足利尊氏嫡子・足利义诠代替足利直义行使政务，而四男・足利基氏东去镰仓，足利基氏及其后代作为镰仓公方管理东国。后，足利直义养子・足利直冬在九州举兵，足利直义则逃出京都，号召全国武士讨伐高师直及其同党，更私自与南朝议和。观应2年/正平6年(1351年)年初，足利直义在战场上击败足利尊氏，以高师直出家为条件和谈，史称观应扰乱。
然足利直义与反直义派武士的矛盾仍在，观应2年/正平6年(1351年)7月足利直义逃往越前。10月，足利尊氏与南朝议和，废除北朝天皇、年号，南朝下达追讨足利直义的纶旨，史称正平一统。足利直义不敌足利尊氏，正平7年（1352）正月投降，2月，足利直义突然去世，然足利直冬等直义派武士仍不愿投降足利尊氏，不少人决定归顺南朝。闰2月，南朝进军京都，新田义贞次男・新田义兴及三男・新田义宗攻陷镰仓，南北朝和谈已破裂，幕府迅速夺回京都及镰仓。
此后，南北朝就京都进行多次攻防战，延文3年/正平13年(1358年)4月，足利尊氏去世，足利义诠继任家督。同年10月，新田义兴在武藏国战败身亡。延文3年/正平13年(1358年)至贞治2年/正平18年(1363年)，许多反北朝武士归顺幕府，南朝已无法进行大规模的军事行动，不过南朝在近畿及九州仍有相当大的势力。
贞治6年/正平22年(1367年)12月，足利义诠去世，年方10岁的嫡子・足利义满继任家督，足利氏庶流・细川赖之接任管领，掌握幕政。细川赖之加强对近畿南朝势力的压迫，更任命足利氏庶流・今川了俊为九州探题，镇压九州南朝势力。然，基于以足利氏庶流・斯波义将为首的反赖之派的压力，足利义满罢免细川赖之，史称康历政变。足利义满借由各家臣的不合，使他们相互牵制，增强自身政治独立性，并强化中央集权，而后在土岐康行之乱、明德之乱、应永之乱中削弱土岐氏、山名氏、大内氏等外样家臣的实力。
永德3年/弘和3年(1383年)，足利义满就任源氏长者及奖学院、淳和院别当，而后又被册封为准三宫，皆为河内源氏首例。明德3年/元中9年(1392年)，足利义满与南朝议和，南北朝统一，史称明德和约。
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室町时代
应永元年12月(1395年1月)，足利义满将征夷大将军之位让予嫡子・足利义持；同月，就任太政大臣，为河内源氏首例，足利义满时年37岁。应永10年(1403年)，明成祖册封足利义满为“日本国王”，赐予其刻有“日本国王之印”的印章及贸易用的勘合符。应永13年(1406年)12月，足利义满继室・日野康子被册封为后小松天皇的准母，隔年3月又获赐为女院・“北山院”。应永15年(1408年)4月，足利义满之子・足利义嗣按亲王的标准元服。
应永15年(1408年)5月，足利义满去世，朝廷欲追封其为太上天皇，遭足利义持谢绝。应永18年(1411年)9月，足利义持与明朝断交。足利义持异母弟・足利义嗣颇受足利义满宠爱，然足利义满急死，其存在对足利义持就是威胁，而后，足利义嗣因涉入东国的叛乱，遭幽禁，最终被杀害。相较于足利义满的专权，幕政自足利义持开始由幕府宿老会议主持。由于足利义持之子・足利义量早夭，又无其他男性继承人，应永35年(1428年)正月，足利义持病重，经幕府宿老决议，以足利义持四位出家的弟弟为候选人，用抽签的方式决定何者继任家督，最后由青莲院出家的义圆(即足利义教)获选。
足利义教任将军期间，欲提升将军权威，透过亲信牵制幕府宿老，并整肃诸家臣，仿效足利义满介入家臣的家督继承问题，削弱其实力，人称“万人恐怖”。足利义教在永享之乱及结城合战铲除第4代镰仓公方・足利持氏及其子嗣，并镇压南朝残党及九州的叛乱。然嘉吉元年(1441年)6月，与足利义教有芥蒂的守护大名・赤松满祐刺杀足利义教，史称嘉吉之乱。
足利义教急死，家督由年方8岁的长男・足利义胜继任，然嘉吉3年(1443年)7月，足利义胜病逝，由其年方8岁的五弟・足利义政继位。足利义政个性优柔寡断，幕政常朝令夕改。宽正5年(1464年)12月，足利义政因认其生男无望，故命出家的十弟・义寻(即足利义视)还俗，成为自己的继承人；然寛正6年(1465年)11月，足利义政正室・日野富子诞下男婴，即足利义尚，足利义视处境变得十分困窘。
因守护大名・山名氏欲挑战三管领之一的细川氏在幕府中的地位，又牵扯进馀下两家管领・斯波氏及畠山氏的家督继承纷争，幕府形成细川氏(东军)与山名氏(西军)两派，旷时多年的应仁之乱就在这前提下展开。足利义视原本是东军的总大将，然因其在幕府中的地位不保，而后改投西军。自应仁元年(1467年)正月的御灵合战开始，双方开始一系列的战事，原先只限于京都，但战火最终扩及至近畿、北陆、中国地区、九州等地。文明5年(1473年)12月，足利义政把将军之位让与年仅9岁的足利义尚，隔年4月，细川氏与山名氏单独议和，然战乱仍持续。文明9年(1477年)11月，西军正式解散，足利义视也离开京都。
应仁之乱使幕府的权威下降，并造成守护在京制的崩坏，各守护返回其领国以方便管理，守护代此阶层也因应仁之乱活跃的表现浮上舞台。文明19年(1487年)9月，足利义尚以强占寺社及奉公众(直属于将军的武士)的领地为由，号朝诸国守护，讨伐南近江大名・六角高赖。六角高赖躲进山中，足利义尚布阵于近江・钩之阵(今滋贺县・栗东市)，长享3年(1489年)3月在阵中病逝。
足利义尚并无子嗣，故当时将军的候补人选为足利义视之子・足利义稙，以及足利义政另一个外甥・足利义澄。幕府管领・细川政元，推举前者，然足利义政及日野富子支持足利义稙。延德2年(1490年)正月，足利义政去世。7月，朝廷正式任命足利义稙为将军。隔年正月，作为将军监护人的足利义视去世。足利义稙与细川政元等幕臣关系不睦，而后又得罪日野富子，处境艰钜。
延德3年(1491年)八月，因领地侵犯的问题未改善，足利义稙率军讨伐近江六角，六角高赖再度逃脱，足利义稙于隔年年底就班师回朝。明应2年(1493年)2月，足利义稙介入畠山家的内部纷争，出征河内，然4月，细川政元于京都举兵谋反，拥立足利义澄为将军，闰四月，足利义稙被捕，遭细川政元软禁，史称明应政变。
明应二年(1493年)6月，足利义稙趁夜逃离京都，先是投靠越中・神保氏，而后投奔越前・朝仓氏。明应8年(1499年)，足利义稙在比叡山・延历寺及朝仓氏的支援下，向京都进军，河内畠山氏也响应其号召，然不敌细川政元及其盟友，足利义稙逃往周防国，投靠当地大名・大内义兴。
细川政元当时可谓是权顷一时，世人称其为“半将军”。细川政元无娶妻生子，故收了三名养子，藤原北家・九条流出生的细川澄之、细川氏庶流・阿波守护家出生的细川澄元、细川氏庶流・野州家出生细川高国。细川政元家臣也因支持不同的养子而拉党结派，永正4年(1507年)6月23日，澄之派的家臣刺杀细川政元，史称永正错乱。
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公方，在古代及中世，为对天皇及将军的尊称。室町时代，幕府势力难以深入东国、奥羽、九州，传统豪族已扎根多年，幕府对其影响有限，为方便管理，故在当地设其驻外机构，通常由足利将军家庶流作为该管长官，当地豪族敬称之为公方。
- 足利尊氏四男・足利基氏及其后代作为镰仓公方管理东国，而足利尊氏生母的家族・上杉氏自贞治2年/正平18年(1363年)开始，把持关东管领之职，辅佐公方。然镰仓公方独立性愈来愈强，时常想挑战将军的地位。
- 观应之乱时，足利基氏企图调停双方的纷争，无果，足利基氏为避战退往安房国。
- 康历政变期间，第2代镰仓公方・足利氏满见幕府内部分裂，欲起兵肇事，经关东管领・上杉宪春以死相谏才作罢。
- 应永之乱期间，第3代镰仓公方・足利满兼欲响应大内氏的号召起兵，被关东管领・上杉宪定劝阻。
- 第4代镰仓公方・足利持氏与关东管领・上杉禅秀素有嫌隙，最终兵戎相见，足利持氏在幕府的支援下击败上杉禅秀。后，足利持氏扩张其势力，将军足利义持以足利持氏随意讨伐关东亲幕府势力为由，欲追讨之，最终两家媾和。因将军足利义持没有继承人，足利持氏僭妄将军之职，请求作其犹子，然最终由足利义教继任。见此，“正长”改元“永享”，足利持氏依然使用“正长”年号；不向将军一字拜领，擅自将嫡子取名“义久”；打压关东亲幕府势力，足利持氏用上述举动表达其不满。足利义教对此极为不满，追讨足利持氏，足利持氏不敌，偕同足利义久自害，史称永享之乱。结城氏等关东豪族拥立足利持氏遗儿・春王丸、安王丸，仍不敌幕府军，双双被诛杀，史称结城合战。
- 镰仓公方之位空缺有10年之久，此期间足利义教被暗杀，最终足利持氏遗儿・足利成氏在上杉氏及关东豪族的支持下就任镰仓公方。然享德3年12月(1455年1月)，足利成氏谋杀关东管领・上杉宪忠，此举导致足利成氏与上杉氏爆发大规模的合战。足利成氏离开镰仓，前往下总国・古河，以此为根据地对抗上杉氏。
- 足利成氏将大本营迁至下总・古河，为古河公方。
- 3代将军・足利义满将陆奥、出羽划分予镰仓公方管辖，时任公方・足利满兼派遣两位兄弟至奥羽就近管理，为篠川公方及稻村公方。
- 10代将军・足利义稙被罢黜，而后逃往越中，投奔越中守护代・神保氏，部分奉公众及奉行众也离开京都前往越中，北陆许多大名也表明支持足利义稙。足利义稙以越中・放生津为据点，向诸国大名发出御教书，呼吁上洛勤王，为越中公方(越中御所)。
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管领，辅佐足利将军家处理幕府政务，由足利氏庶流・斯波氏、细川氏、畠山氏三家担任，称三管领。
- 斯波氏，又称足利尾张家，三管领笔头。其嫡流・斯波武卫家任管领职，并世袭越前、尾张、远江三国守护。家臣有甲斐氏、织田氏、朝仓氏等。5代当主・斯波义将辅佐足利义诠、义满、义持三代将军，创造斯波氏的全盛期。然后面数代当主皆早逝，斯波氏嫡流断绝，由庶流・斯波义敏担任家督。斯波义敏与家臣不和，家臣拥戴足利氏庶流・涩川氏・斯波义廉担任家督。应仁之乱时，斯波义敏署东军，斯波义廉则属西军。应仁之乱后，12代当主・斯波义宽为越前国的控制权与家臣・朝仓氏开战，不敌；远江国也遭骏河守护・今川氏侵略大半。
- 细川氏，其嫡流・细川京兆家任管领职，并世袭摄津、丹波、赞岐・土佐守护。7代当主・细川赖之在康历政变中失势，然时任将军・足利义满为平衡各家臣，细川氏重回政治中枢。细川氏以团结著称，足利义政任将军时，斯波氏及畠山氏皆出现内哄，三管领呈现细川氏一家独大的局面。应仁之乱后，斯波氏及畠山氏仍积弱不振，外加各守护返回其领国，坐镇京都的12代当主・细川政元可谓是当时最大军事力量，后世称其为“京兆专制”。
- 畠山氏，其嫡流・畠山金吾家任管领职，并世袭河内、纪伊、能登、越中守护。家臣有游佐氏、神保氏等。3代将军・足利义满为制衡斯波氏、细川氏，于应永5年(1398年)首次任用畠山氏作管领。畠山义就任第13代当主，此引起许多家臣不满，拥立其堂弟・畠山政长，双方在河内、大和等地大动干戈，而后更将战火延伸至京都，双方在京都・上御灵神社所展开的合战(即御灵合战)可谓是应仁之乱的导火线。应仁之乱时，畠山政长属东军，畠山义就属西军。应仁之乱后，两畠山继续于河内、大和斗争。10代将军・足利义稙支援畠山政长，出兵讨伐畠山义就嫡子・畠山义丰，然细川政元发动政变罢黜足利义稙，后发兵讨伐畠山政长，畠山政长兵败自尽，其子・畠山尚顺逃往纪伊。而后，畠山尚顺继续与畠山义丰争夺河内，最终畠山义丰兵败身亡。畠山尚顺更响应足利义稙号召，发兵勤王，然不敌细川政元，再度退回纪伊。永正元年(1504年)12月，畠山尚顺与畠山义丰嫡子・畠山义英议和，此举严重威胁到细川政元，故派其家臣入侵河内，两畠山不敌。
侍所，镰仓时代为统领将军家臣・御家人的机构，室町时代开始负责维护京都治安等工作，该机构长官・侍所头人，大抵由山名氏(新田氏庶流)、一色氏(足利氏庶流)、赤松氏(村上源氏)、京极氏(宇多源氏・佐佐木氏流)担任，称之为四职。
- 山名氏，山阴地区的守护大名。8代当主・山名时氏于观应之乱时支持足利直义，而后投诚南朝，直至正平18年/贞治2年(1363年)才归顺幕府。此后山名氏势力急速膨胀，坐拥11国守护职，号称“六分一殿”(以日本共66个令制国计算)，3代将军・足利义满利用明德之乱削弱山名氏，只保住3国守护职。之后山名氏凭借其于应永之乱及嘉吉之乱后讨伐赤松氏的战功，得到数国守护职。12代当主・山名宗全势力如日中天，成为许多大名依附之对象，应仁之乱也因其与细川氏的对立而展开。应仁之乱后，与赤松氏在播磨、备前、美作等地开战，不敌，山名氏势力大幅衰退。
- 一色氏，历任若狭、丹后、伊势等国守护。3代当主・一色范氏，于足利尊氏不敌亲后醍醐势力撤至九州时，被任命统领当地武士，视为初代九州探题，然其不敌九州南朝势力，最终遭撤换。8代当主・一色义贯因得罪5代将军・足利义教，被追讨，最终自害。应仁之乱时，9代当主・一色义直因与细川氏有嫌隙，加入西军。一色氏加入西军另一个原因是为了从东军的若狭武田氏手中夺回若狭国，致使应仁之乱后，若狭武田氏仍频繁与一色氏开战。
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- 吉良氏，御一家笔头，有“御所绝吉良继，吉良绝今川继”的俗说，家格可谓是高于斯波氏。分散于三河、奥州等地。
- 涩川氏，世袭九州探题。然九州大友氏等传统豪族势力庞大，外加以周防国为根据地的大内氏常常介入北九州，涩川氏的九州探题职可谓是有名无实。
- 今川氏，吉良氏庶流，世袭骏河守护。东海岛上的骏河国坐落在室町幕府与镰仓公方管辖范围的交接处，中世又称“关东国堺”，其战略地位尤之重要，也因此，身为骏河守护的今川氏常会介入关东的战事当中，上杉禅秀之乱、永享之乱、结城合战、享德之乱，皆作为幕府军参战。也因关东常有乱事，今川氏常驻于骏河国。8代当主・今川义忠征讨远江时意外战死，其长子・今川氏亲年龄尚幼，无法服人，有些家臣支持其堂兄・小鹿范满，上杉氏及堀越公方也在此时介入今川氏家族纷争，所幸今川氏亲伯父・伊势盛时出来主持大局，最终决定由小鹿范满暂代当主直至今川氏亲成年。文明19年(1487年)11月，伊势盛时杀害小鹿范满，今川氏亲正式成为家督。而后，今川氏亲入侵远江、三河；永正元年(1504)9月，更回应扇谷上杉家的求援，再联合当时已占有伊豆国的伊势盛时，击败山内上杉、古河公方联军。
- 仁木氏。仁木赖章、仁木义长兄弟党为足利尊氏亲信，一度掌有莫大的权势，足利尊氏去世后势力可谓是江河日下。仁木氏常任伊贺国守护，然其势力范围只限于伊贺郡。
- 足利尊氏派遣足利一门的吉良氏、畠山氏、石塔氏、斯波氏至奥羽地区的对抗南朝势力，而后，四家的后代在当地深耕发展。
- 细川・阿波守护家，细川氏有力庶流，又称细川赞州家，世袭阿波国守护。5代当主・细川成之嫡孙・细川澄元为细川京兆家12代当主・细川政元的养子。
- 能登畠山氏，畠山氏庶流。畠山金吾家第5代当主・畠山基国去世后，其嫡子・畠山满家因得罪3代将军・足利义满，故由次男・畠山满庆继任；足利义满去世后，畠山满庆自动将当主之位让予畠山满家，并从旁协助，在当时可谓是一大美谈。畠山满家将一领国・能登国交予畠山满庆来管理，其后代称能登畠山家，并世袭该国守护职。应仁之乱时，因支持畠山义就，故加入西军。明应9年(1500年)，能登畠山家爆发内乱，立场亲足利义稙的4代当主・畠山义元遭追放，其弟・畠山庆致任家督。永正3年(1506年)，越中、加贺国的净土真宗・本愿寺门徒发动一向一揆，波及整个北陆，能登畠山家最终镇压能登国内的一揆。
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- 武田氏，历经镰仓时代、南北朝、室町时代，在日本各地开枝散叶，分展出许多分家。
- 武田氏7代当主・武田信武追随足利尊氏，任甲斐守护，而后此职长期由甲斐武田氏把持。10代当主・武田信满受上杉禅秀之乱牵连，最终自害，此使甲斐守护代・迹部氏势力大涨，威胁到甲斐武田氏的地位；最终甲斐武田氏击败迹部氏，确立其守护权威。甲斐武田氏虽贵为守护职，然如穴山氏、大井氏等庶流常挑战其地位，甲斐武田氏与其各庶流展开数十年的征战。13代当主・武田信昌欲废除嫡子・武田信绳，拥立次子・油川信恵，许多庶流见机行事，支持武田信绳，此举使甲斐国爆发大规模的内战，后因发生明应地震双方才暂时停战。不久之后，武田信昌、武田信绳先后过世，年仅14岁的武田信绳嫡子・武田信虎就任家督。
- 安艺武田氏，安艺国分郡守护。镰仓时代，武田氏2代当主・武田信光任安艺守护后，武田氏就在此发展；南北朝时期，武田信武任安艺守护，其后代为安艺武田氏。以安艺国・佐东郡、安南郡、山县郡为根据地。应仁之乱时，为对抗时任安艺守护・山名氏，从属东军。应仁之乱后，屈服于周防大内氏的威势，暂时从属于其。
- 安艺武田氏4代当主・武田信繁嫡子・武田信荣受足利义教指示，追讨时任若狭、丹后守护・一色义贯，后因战功任若狭守护，后代为若狭武田氏。也因此，若狭武田氏与一色氏不和，时常交战。
- 上总武田氏，甲斐武田氏庶流。以上总国・庭南城、真里谷城为根据地，臣属于古河公方。
- 信浓小笠原氏，室町时代常任信浓守护。信浓国面积庞大，信浓小笠原氏的势力仅限于信浓国中部，北部信浓村上氏、诹访郡的诹访氏、南部的木曾氏等豪族仍保有相当之独立性。室町时代中期，信浓小笠原氏分裂成府中小笠原氏(嫡流)、松尾小笠原氏、铃冈小笠原氏三家，三家互相争斗，最终，府中小笠原氏联手松尾小笠原氏灭掉铃冈小笠原氏。
- 南部氏，甲斐源氏庶流。南部氏原为镰仓幕府御家人，后移居至奥羽，以陆奥国北部的糠部郡为根据地。糠部郡号称“九户四门”，分成大大小小各个区域，南部氏在当地繁衍，衍伸出数个分家，而以占据糠部郡中部的三户南部氏为宗家。室町时代，南部氏将出羽国北部的豪族・安东氏逐出日本本岛，势力扩展至津轻地方地方，而后更向南入侵，夺取鹿角、久慈、岩手、闭伊数郡。
- 佐竹氏，室町时代常任常陆守护，关东八屋形之一。治承・寿永之乱时，与源赖朝敌对，后虽然赦免之并成为御家人，然佐竹氏在镰仓幕府中地位不高。8代当主・佐竹贞义追随足利尊氏，首任常陆守护。室町时代，佐竹氏其一庶流・山入氏欲挑战佐竹宗家的地位，联合北关东豪族与佐竹宗家开战，持续近百年，佐竹宗家取得最终的胜利，但也因此元气大伤。
- 里见氏，新田氏庶流。原在美浓国活动，室町时代中后期落脚安房国，臣从于古河公方，支持其对上杉氏的战事。号称关东副帅，掌握强大的房总水军。
战国时代
永正4年(1507年)6月，支持细川澄之的细川家臣刺杀其养父・细川政元。而后，细川政元另两名养子・细川高国、细川澄元联合其他分家讨伐细川澄之及其党羽，细川澄之兵败身亡，细川澄元继任细川京兆家当主。然不久后，逃亡周防国的10代将军・足利义稙在西国大名・大内义兴的支援下上洛。闻此，细川澄元携时任将军・足利义澄逃离京都；细川高国则与细川澄元决裂，迎接足利义稙。最终，足利义稙复任将军，细川高国任右京大夫、管领，大内义兴任左京大夫、管领代。足利义澄、细川澄元后续企图反攻京都，无果，永正8年(1511年)8月爆发于京都北部的船冈山合战更是惨败，足利义澄而后病逝，细川澄元逃回其老巢・阿波国。
以足利义稙为首，细川高国任管领，大内义兴给予军事支援所构成的新幕府可谓是相当不稳，三者时有嫌隙，最终，大内义兴以其领国・周防、长门不稳为由，返回西国。细川澄元见此，从四国率军上洛；细川高国原要携足利义稙逃离京都，然足利义稙不从，与少数近臣留于京都，抛弃细川高国，试图与细川澄元交好，然最终细川高国击败细川澄元，此役后，将军与管领的矛盾显著加深。永正18年(1521年)3月，足利义稙逃离京都，细川高国所幸拥立足利义澄长男・足利义晴为12代将军。足利义稙试图上洛，然少有大名响应，而后寄居于阿波国，世人称其为“岛公方”，并收足利义澄次男・足利义维为养子，大永3年(1523年)4月去世。
然新幕府尚未稳定就爆发内斗，细川高国听信谗言谋杀其手下重臣，此举使部分家臣背弃细川高国。另一方面，细川澄元去世，其手下重臣・三好元长拥立年幼的细川澄元嫡子・细川晴元，而后进军京都，并推举足利义维任将军。然细川高国快速反攻，足利义维等人撤退至和泉国・堺，号称堺公方。而后，双方在近畿地区对峙，直到享禄4年(1531年)6月，爆发于摄津国的天王寺之战，细川高国被捕，而后自害，细川晴元任当主，仍奉足利义晴为将军。
然不久后细川晴元家臣团发生内讧，三好元长与其他家臣不和，故联合细川高国之弟・细川晴国等反细川晴元武士举兵对抗之，更获得足利义维的支持。见此，细川晴元联合山科本愿寺，三好元长兵败自尽，足利义维被捕。然本愿寺不受细川晴元控制，借此机会在畿内扩张势力，细川晴元联合近江・六角氏等近畿势力好不容易将本愿寺逐至摄津国・大阪，本愿寺却选择与细川晴国联手，双方的战事而后陷入僵局。最终，天文5年(1536年)，细川晴元单独与本愿寺和解，细川晴国则兵败自尽；另一方面，以年幼的三好元长嫡子・三好长庆为当主的三好氏再度臣服于细川晴元。
然新幕府刚稳定下来，天文12年(1543年)，细川高国养子・细川氏纲举起反旗，细川晴元虽势力较大，然无法完全镇压细川氏纲，此使许多原先支持细川晴元的近畿势力改与细川氏纲合作，时任将军・足利义晴更与之暗通款曲。最终，三好长庆倒戈，支持细川氏纲，双方在摄津国多次交锋，细川晴元不敌，挟足利义晴及其长子・足利义辉投奔近江・六角氏，不久后足利义晴过世。
三好氏，小笠原氏庶流。小笠原氏2代当主・小笠原长经任阿波守护，其后代在阿波国发展，称阿波小笠原氏，三好氏为其中一支。南北朝、室町时代，细川氏常任四国地区的守护，当地豪族从属于其，三好氏成为细川・阿波守护家的家臣。阿波守护家出生的细川澄元成为管领・细川政元的养子后，身为家臣的三好氏逐渐接近权力中枢。
细川氏纲、三好长庆等人虽占据京都，然苦无将军，无大意名分。期间细川晴元试图反攻京都，甚至派遣刺客刺杀三好长庆，然皆无果。天文21年(1552年)1月，向来支持细川晴元的六角氏14代当主・六角定赖去世，其嫡子・六角义贤继位。而后六角氏改变其战略方针，越过细川晴元，单独与细川氏纲、三好长庆等人议和，最终足利义辉回京，细川氏纲正式继任细川京兆家当主并任管领职，细川晴元嫡子・细川昭元成为人质；细川晴元则逃往丹波国。三好长庆于此时脱离细川家，成为将军的直属家臣。
然过没多久，足利义辉就脱离三好长庆的掌控，逃离京都，呼吁细川晴元上洛勤王，此使细川晴元残党死灰复燃，重启战事。时至永禄元年(1558年)，双方接受六角义贤调停，足利义辉回京。而后，三好长庆扩张其势力，派遣其亲族入侵大和、和泉、河内、丹波等地，加上其原有的赞岐、阿波等地，势力范围包括近畿、四国东部、淡路，三好氏成为一大大名；细川晴元则与三好长庆议和，永禄6年(1563年)3月去世。
不过六角义贤又改战略方针，转而与三好长庆敌对，拥立细川晴元次男・细川晴之，更于永禄5年(1562年)3月的久米田之战中大败三好军，而后攻占京都。最终三好长庆与六角义贤议和，六角义贤主动退出京都。然三好长庆重夺京都过没多久，其嫡子・三好义兴及细川氏纲就相继去世，三好长庆改立其外甥・三好义继为继承人。而后，三好长庆更以有谋反之心为由诛杀其三弟・安宅冬康，加上更早病逝的四弟・十河一存及久米田之战中战死的二弟・三好实休，三好长庆向来倚重的各个亲族相继死去。永禄7年(1564年)7月，三好长庆去世。
眼见三好氏声势下降，足利义辉试图回复将军权威，更与全日本诸豪族联系，呼吁诸大名上洛。三好氏对此相当不乐见，永禄8年(1565年)5月，新当主・三好义继与家臣・三好三人众(三好长逸、三好宗渭、石成友通)、松永久通率军包围将军御所，逼迫将军就范，然足利义辉不从，三好军强攻将军御所，足利义辉战死，史称永禄之变。不久之后，受三好氏家臣・松永久秀控制的足利义辉同母弟・足利义昭脱离其掌控，逃至近江一带，而后投奔越前・朝仓氏。
三好义继因年幼，无法完全掌控其家臣，三好三人众与松永久秀不和，故率军包围三好义继居城，要求与松永久秀断交，甚至派兵袭击松永久秀。然，三好义继而后却支持松永久秀，指责三好三人众为逆贼。无大意名分的三好三人众拥立足利义维长子・足利义荣为14代将军，双方在近畿展开多次合战，都无法取得决定性的战果。然不久后，永禄11年(1568年)9月，掌控尾张、美浓、北伊势的大名・织田信长携足利义昭上洛。
永禄11年(1568年)7月，织田信长迎足利义昭至美浓，而后率军上洛。南近江大名・六角义贤不战自退，三好义继、松永久秀主动臣服，三好三人众作了零星抵抗后，携足利义荣逃至阿波国，10月，足利义昭任室町幕府第15代将军。然不久后，三好三人众反攻京都，甚至攻入足利义昭的居所，织田信长花费许多力气才将其击退，史称本圀寺之变。
以足利义昭给予正当性，织田信长给予军事支援所构建的新幕府可谓是相当不稳定，织田信长拒绝任管领、副将军，仿佛不想受幕府此体系约束。织田信长更与足利义昭订下规矩，以“殿中御掟九条”为基础，而后又有“追加法七条”，限制足利义昭与社会各阶层的联系及诉讼的审判权。足利义昭与织田信长貌合神离，织田信长长期在外征战，足利义昭却私自与诸大名通信，故又订下“五个条条书”，织田信长意图将足利义昭完全置于其掌控下。
元龟元年(1570年)4月，织田信长出征越前・朝仓氏，然其妹婿・北近江大名・浅井长政突然举兵反抗之。而后的姊川之战，织田、德川联军虽击败浅井、朝仓联军，却无法取得决定性的战果，此使南近江・六角、阿波・三好、比叡山延暦寺、石山本愿寺等势力相继起兵反抗织田信长，史称第一次信长包围网。织田信长受各势力压迫，甚至被浅井、朝仓联军切断回根据地美浓国・岐阜城的后路，最终在天皇、朝廷、足利义昭的调停下双方才暂时停战。
而后双方仍维持一定程度的战事，期间织田信长火烧比叡山，三好义继转投反信长联盟。元龟3年(1572年)末，织田信长发布“异见十条”，指责足利义昭怠慢政务、朝廷，及违背殿中御掟九条等约定，私自与诸大名联络；织田信长更与越后大名・上杉谦信结盟，期望可以牵制反信长联盟。东国方面，甲斐、信浓大名・武田信玄应本愿寺的请求，加入信长包围网，而后入侵织田信长盟友・德川家康的远江、三河，更在三方原之战大败德川军。武田信玄的胜利使反信长联盟士气高涨，足利义昭更与织田信长决裂，织田信长试图与之议和，甚至不惜使用武力逼足利义昭就范，最终在天皇的介入下两者才和谈。元龟4年(1573)7月，足利义昭逃至山城国・槇岛城，意图对抗织田信长，然织田信长迅速将其攻克，足利义昭遭追放。而后，织田信长大破浅井、朝仓，三好三人众兵败逃亡，三好义继自害，外加武田信玄不久前病逝退出战线，第二次信长包围网解体。
遭追放的足利义昭投身据守河内・若江城的三好义继，并呼吁中国地区大名・毛利氏上洛勤王。毛利氏选择与织田信长议和，织田信长愿意让足利义昭回京，足利义昭断然拒绝，但双方保证足利义昭的生命安全。织田信长原本打算拥立足利义昭嫡子・足利义寻，但最终决定让其出家。足利义昭离开若江城，先是前往堺，而后落脚纪伊国・由良。足利义昭与少数近臣逃亡在外，被百姓落武者狩，然因身无财产，被讥为“贫乏公方”。
织田信长而后完全镇压长岛一向一揆及越前一向一揆，更与德川家康联手于天正3年(1575)5月的长篠之战中大败武田军；然天正4年(1576年)2月，足利义昭逃往备后国・鞆，接受毛利氏庇护。经足利义昭居中协调，长尾上杉氏、毛利氏、武田氏、本愿寺等势力组成第三次信长包围网。双方在多线展开合战，然长尾上杉氏因上杉谦信急逝，两位养子爆发内战而退出战线；毛利氏在山阴、山阳的战事受阻；武田氏将重心放在关东；最终，天正8年(1580年)闰3月，反信长联盟的主事者・本愿寺接受天皇调停，与织田信长议和，而后于8月完全撤离大阪，第三次信长包围网瓦解。
天正10年(1582年)3月，织田信长联合德川家康及南关东大名・后北条氏，讨取甲斐武田氏，史称甲州征伐。然同年6月2日，织田信长及其嫡子・织田信忠在京都遭其家臣・明智光秀袭击，最终自害，史称本能寺之变。
织田信长去世后，其家臣・丰臣秀吉在山崎之战中击败明智光秀，而后靠著清洲会议取得织田政权的主导地位，在后续贱岳之战中击败政敌・柴田胜家、织田信孝、泷川一益等人。丰臣秀吉颇有统一天下之势，自比源赖朝，表示“日本之治，莫非超乎赖朝以来哉”，丰臣秀吉欲建立自己的政权，并展现成为天下人的雄心。虽然小牧、长久手之战中在战场上的失利，然丰臣秀吉战略上的胜利，使织田信雄及德川家康臣服。而后丰臣秀吉攻略纪伊(纪州征伐)，跨海平定四国・长宗我部氏(四国征伐)，西征九州・岛津氏(九州征伐)，东伐关东・后北条氏(小田原之战)，外加毛利氏、长尾上杉氏、奥羽的伊达氏、最上氏等诸国大名相继臣服，日本暂时性的统一。
足利义昭流亡在外期间，仍是名义上的征夷大将军，尚保有京都五山住持的任命权等权力。在丰臣秀吉与岛津氏的战役中，足利义昭应丰臣阵营请求，充当使者，劝降岛津氏。至天正16年(1588年)正月，足利义昭返回京都会见丰臣秀吉，表示臣服之意，而后出家，室町幕府可谓是灭亡。万历朝鲜之战期间，足利义昭作为丰臣秀吉的马回众，率500兵力，与其他大名坐镇进攻朝鲜的据点・肥前国名护屋城。庆长2年(1597年)8月去世，足利将军家正式灭亡。
丰臣秀吉统一日本后，开始其“唐入”的计画，以九州、中国、四国大名为主力，超过16万名将士陷入朝鲜战场的泥沼，史称万历朝鲜之役(日本称文禄・庆长之役；朝鲜王朝称壬辰倭乱及丁酉再乱)。另一方面，因丰臣秀吉无亲生男性子嗣，故由其外甥・丰臣秀次为继承人。然文禄2年(1593年)8月，丰臣秀赖诞生，此使丰臣秀次的地位变得相当不稳；最终，丰臣秀次因有谋反的嫌疑，被流放至高野山，而后自害。
丰臣一门众可谓是相当稀少，丰臣秀吉十分倚重的胞弟・丰臣秀长及另两名外甥・丰臣秀胜、丰臣秀保相继去世，养子・小早川秀秋、犹子・宇喜多秀家年纪尚轻。是故，丰臣秀吉晚年建立五大老、五奉行制度，期望可辅佐丰臣秀赖。庆长3年(1598年)8月，丰臣秀吉去世。五大老以德川家康及北陆大名兼丰臣秀吉好友・前田利家为尊，毛利辉元及上杉景胜次之，宇喜多秀家论年资及势力最弱，而筑前大名・小早川隆景早早去世。五奉行则是以石田三成为首，为丰臣秀吉提拔的行政人员。
丰臣秀吉去世后，德川家康开始拉党结派，甚至私下与大名通婚，不过丰臣政权仍维持一定的政治平衡。然庆长4年(1599年)闰3月，前田利家过世，过没多久，石田三成遭加藤清正、黑田长政等平时与之有嫌隙的大名袭击，史称七将袭撃事件，最终，石田三成被解除奉行一职。前田利家嫡子・前田利长被控有谋反的嫌疑，后屈服于德川家康；宇喜多氏因发生内讧而元气大伤；德川家康甚至介入岛津氏及毛利氏的内政。丰臣政权逐渐形成德川家康一家独大的状态。
庆长5年(1600年)6月，德川家康以拒绝上洛及有谋反嫌疑为由，率军讨伐上杉景胜，德川家康更从丰臣秀赖处获得军粮，成为代表丰臣政权的“官军”。德川家康一离开畿内，石田三成联合毛利辉元、宇喜多秀家等人占据大阪城，更掌控住丰臣秀赖。而后，双方皆打著“官军”的旗帜，近畿、北陆、四国、九州、奥羽皆爆发战事。8月，家康阵营攻克美浓・岐阜城，使局面对德川家康有利。9月15日，在美浓国・关原主战场，德川阵营取得胜利，地方上的战事也随之结束。上述战争史称关原之战。
德川家康，出生于松平氏，三河国的国人众。三河国东有今川氏，西有尾张・织田氏，松平氏夹在两强权之间，难以自立。至永禄3年(1560年)5月的桶狭间之战后，东海道大名・今川义元战死，今川氏势力衰退，德川家康平定三河，夺取远江，更与织田信长结盟，为其忠实盟友。最终，德川家康成为三河、远江、骏河、甲斐、南信浓大名，天正18年(1590年)，依丰臣秀吉之命转封关东的旧北条领，为200万石以上的大大名。德川家康年轻时以“松平”为苗字，“源氏”为姓。永禄9年(1566年)获封从五位下・三河守时，改以“德川”为苗字，“藤原氏”为姓。然《聚乐行幸记》记载，天正16年(1588年)，德川家康以“大纳言源家康”署名，又改以“源氏”为姓。关原之战后，德川家康取得吉良氏的祖谱以调整自家祖谱，任征夷大将军。德川家康自称为新田氏庶流・得川氏的后代，德川家康更于庆长16年(1611年)奏请天皇追封新田氏家祖・新田义重为镇守府将军。
关原之战结束后，德川家康代表丰臣政权论功行赏，宇喜多、毛利、长尾上杉等反家康大名遭到改易或减封；丰臣秀赖原领有220万石的藏入地也被削减为摄津、河内、和泉65万石；与丰臣秀吉关系密切但支持德川家康如福岛正则、加藤清正等大名获得两倍以上的石高，但大多被转封至西国；德川家康的子嗣及家臣也获得封赏，主要分布在中、东日本；德川家康自身则获得佐渡金山、石见银山等矿场及堺、长崎等商贸城市。关原之战后，虽五大老、五奉行体系已崩溃，然丰臣秀赖仍是名义上的武家领袖，德川家康只是其政权下一大老。
庆长8年(1603年)2月，德川家康任征夷大将军、源氏长者、奖学院及淳和院别当；两年后，将军之位传予嫡子・德川秀忠，此举意味著将军由德川氏世袭。德川家康而后移居骏河国・骏府，为大御所，在幕后处理政事。日本形成丰臣、德川的二头政治。庆长16年(1611年)3月，德川家康上洛面见天皇，并借此机会吁丰臣秀赖上洛，两人在京都・二条城会面；4月，德川家康在京都召见诸大名，并与之签属协定，第一条规定“应遵奉右大将家(即源赖朝)之后每代公方制定的法令”。
庆长19年(1614年)，德川家康因方广寺的铭文与丰臣秀赖产生纠纷。方广寺及京都大佛为丰臣秀吉所建，然因天灾遭毁损，于庆长19年(1614年)4月重建完成。丰臣秀赖家臣・片桐且元为供养仪式至德川家康处寻求其同意，原本已谈妥并订下日期，然德川家康突然下令延期。德川家康以方广寺铜钟铭文“国家安康，君臣丰乐”有诅咒德川家之嫌，故意刁难之。片桐且元原要对此事作调解，然德川家康使用反间计，使之失去丰臣阵营的信任，只得黯然离开丰臣家。上述史称方广寺钟铭事件。
德川家康破坏丰臣阵营内部团结，囤积大量火药、军粮，更动员从英国、荷兰商人手中购买的欧洲火炮，率20万大军包围丰臣秀赖居成・大阪城，史称大坂冬之阵。丰臣阵营仓皇应战，雇用大量浪人，真田信繁、长宗我部盛亲等失势的原大名也加入其中。丰臣阵营试图鼓动福岛正则等与之关系密切的大名勤王，无果，德川家康命他们留守德川家居城・江户城。围城从庆长19年(1614年)11月中旬至12月中旬，而后双方议和，以丰臣阵营拆除大阪城的二之丸、三之丸及回填壕沟为条件议和。
德川阵营未待丰臣阵营动手，就自行开始回填壕沟的工作，此举使丰臣阵营主战派大为不悦，故派人又开挖壕沟，并雇用更多浪人。德川家康向丰臣秀赖提议解雇浪人或转封，遭拒绝，是故，德川家康又派兵攻打大阪城，史称大坂夏之阵。因大阪城失去防御性，丰臣阵营展开野战，主动袭击德川阵营，甚至突入德川家康及德川秀忠本阵，然皆无功而返。庆长20年(1615年)5月8日，丰臣秀赖自尽，时年23岁，其子・国松被捕，在京都・六条河原斩首，其女・天秀尼则被送至镰仓・东庆寺出家为尼，丰臣家就此灭亡。元和2年(1616年)4月17日，德川家康病逝。
- 大崎氏11代当主・大崎义直与家臣团不和，后爆发大规模的内乱，最终在南陆奥豪族・伊达氏的介入下弭平战事，大崎义直收伊达氏14代当主・伊达稙宗次男・大崎义宣为养子，作为其继承人。之后伊达氏自身爆发内乱，伊达稙宗与其嫡子・伊达晴宗对立，此使奥羽诸势力皆受牵连，大崎义宣支持伊达稙宗，然因大崎义直及反伊达氏的家臣团的介入，大崎氏转而加入晴宗阵营，内乱以伊达稙宗隐退为结果，大崎氏也暂时回归其独立性，不受伊达氏压迫。时至12代当主・大崎义隆时期，面对的是自身家臣的反叛及伊达氏势力急速扩张，大崎氏臣服于伊达氏。然而后丰臣秀吉称霸日本，奥州仕置，丰臣秀吉以大崎氏没有参与小田原之战为由，没收其领地。丰臣秀吉在奥羽强行推行新政，使当地豪族心生不满，以旧大崎家臣为首起兵反抗，史称葛西大崎一揆，最后遭镇压，伊达氏转封至大崎氏旧领，大崎氏可谓是灭亡。
- 战国时代前中期，最上氏与伊达氏等势力皆保持友好关系，10代当主・最上义守更与伊达氏结为姻亲，然其嫡子・最上义光却对最上氏的战略方针有所不满，父子刀剑相向，最终最上义守隐居。最上义光击败寒河江氏、庶流・天童氏等势力，统一出羽国・最上郡、村山郡，更出兵庄内地区，与大宝寺氏对立，也介入大崎氏对伊达氏的战争，创造最上氏的全盛期。奥州仕置，最上氏的领地得以安赌。关原之战期间，最上义光因庄内地区的归属问题，与长尾上杉氏对立，面对超过百万石的长尾上杉氏，最上氏毫无抵抗能力，只剩居城・山形城等少数城池尚有抵抗馀地。然关原主战场德川阵营获得胜利，长尾上杉氏因此撤军，最上义光重夺旧土。一年后，经德川家康默许，最上义光入侵庄内地区，成功获得其所有权，最上氏成为超过50万石的大名。
- 南部氏称霸奥羽北部数十载，时至24代当主・南部晴政及其继承人・南部晴继接连去世后，宗家・三户南部氏后继无人，庶流・南部信直及九户实亲争夺继承权，南部信直在以北氏等南部氏家臣及其他支流的支持下成为26代当主，此举使部分领主不满，转而支持九户实亲，南部氏一分为二。此刻，原臣属于南部氏的大浦为信趁著南部氏内讧，夺取津轻地区，成一独立势力，甚至获丰臣秀吉认可。奥州仕置，南部信直的领地得以安赌。不久后，如前所述，丰臣秀吉推行新政，促使奥羽各地爆发一揆，九户实亲兄长・九户政实趁机起兵作乱，而后遭到镇压，南部信直最终确立其地位。
- 二本松氏于战国时代受伊达氏、芦名氏等势力压迫，最终于伊达氏的大军压阵下，10代当主・二本松义纲交出二本松城，二本松氏可谓是灭亡。
- 甲斐武田氏
- 武田信虎任甲斐武田氏15代当主，其叔父・油川信惠欲争夺家督之位，甲斐国又陷入内乱。最终，武田信虎歼灭油川信惠，更使支持油川信惠的甲斐南部豪族・小山田氏向其臣服。武田信虎将居成移至甲斐中部的踯躅崎馆，而后迫降大井氏、今井氏、栗原氏、穴山氏等庶流，完成甲斐国的统一。确保甲斐国的安定后，武田信虎开始向外扩张势力，连年对南信浓用兵，介入关东的纷争，更与今川氏11代当主・今川义元结为姻亲，与之结盟对抗北条氏。然天文10年(1541年)6月，武田信虎至骏河国拜访女婿・今川义元，其嫡子・武田信玄与家臣团联手，封锁所有边境关口，放逐武田信虎。
- 完成无血政变后，武田信玄发兵信浓，诹访氏等南信浓豪族相继沦陷；信浓守护・小笠原氏不敌武田信玄的连年进犯，逃离信浓；北部的村上氏虽两度击败武田信玄，最终也不敌，投奔越后・长尾上杉氏；木曾氏则与武田信玄联姻，从属之。当时东国，武田信玄、今川义元及南关东大名・后北条氏为最大势力，三者因此互结姻亲，结为联盟关系，史称甲相骏三国同盟。武田信玄在信浓国扩张势力，侵犯到与之相邻的越后大名・上杉谦信的利益，两者于信浓北部的川中岛地区爆发五次合战，史称川中岛之战；然彼时上杉谦信的战略重心在关东，武田信玄成功保住该地的控制权。
- 永禄3年(1560年)5月，今川义元于桶狭间之战中战死，今川氏势力大幅衰退；5年后，武田信玄软禁其嫡子兼今川义元女婿・武田义信，后更入侵今川氏领国・骏河。后北条氏见武田信玄公然破坏同盟协定，与之开战，不过两者又因上杉谦信的威胁重归友好。于此期间，上杉谦信与德川家康、织田信长友好，此使武田信玄备感压力，故加入反信长联盟，展开西上作战，攻打德川家康，更在三方原之战大败德川、织田联军。然眼看德川家康的三河、远江已入手大半之际，武田信玄病重，武田全军退出战线，过不久，武田信玄在信浓国・驹场(今长野县・下伊那郡・阿智村)病逝，享年53岁。
- 武田信玄去世后，其接班人・武田胜赖持续与德川家康于三河、远江对峙，期间攻占远江战略要地・高天神城，而后更率大军进犯三河，企图夺取长篠城，然在之后的长篠之战中大败于织田、德川联军，多名家臣战死，甲斐武田氏元气大伤，面对织田、德川联盟转为守势。天正6年(1578年)3月，上杉谦信病逝，两名养子・上杉景胜及上杉景虎为争夺家督之位大打出手，上杉景虎出生后北条氏，故后北条氏期望武田胜赖基于两者之间的同盟关系支持上杉景虎，然武田胜赖却转而与上杉景胜和睦，此举使后北条氏与之交恶，武田胜赖转而与佐竹氏等北关东豪族结盟，对抗后北条氏。武田胜赖多次对上野国用兵，上野已如同其囊中物。然武田胜赖长年对外征战，又增加赋税，大失民心，武田军又在高天神城大败，使武田胜赖威信大失。武田胜赖为防范织田军而营建新居城・新府城，更企图与织田信长议和，无果。木曾氏、穴山氏率先倒戈，织田、德川、后北条三家围攻武田，武田将士不战而降，其五弟・仁科盛信固守的信浓・高远城一天就遭攻破，武田胜赖携其妻儿及少数家臣欲投奔小山田氏，然遭其背叛，拒武田胜赖等人入其领地，最终，武田胜赖及其嫡子・武田信胜双双自尽，甲斐武田氏灭亡。
- 信浓小笠原氏从原先的三强鼎立变成现今府中小笠原氏及松尾小笠原氏两强相对，而后至16代当主・小笠原长栋，完成信浓小笠原氏的统一，维持数年的和平。然之后，甲斐武田氏数次侵入南信浓地区，该地的诹访氏、高远氏危在旦夕，17代当主・小笠原长时派兵支援，不敌。不过甲斐武田氏在之后征伐村上氏的战事中踢到铁板，信浓各地反武田豪族士气大振，以信浓小笠原氏为中心组成联军，企图将甲斐武田氏逐出信浓，然在盐尻峠之战大败。之后甲斐武田氏入侵信浓小笠原氏领地，小笠原长时无法做有效的抵抗，只得藏身于山区打游击，最终逃至京都，指导时任将军・足利义辉弓法、马术。本能寺之变后，信浓国大乱，信浓小笠原氏趁此机会夺回其居城・松本城，而后从属德川家康，成为一小大名。
- 穴山氏，甲斐武田氏庶流，以甲斐国西南部的河内地方为根据地。因其领地接近骏河国，与今川氏关系友好，在对抗甲斐武田氏的侵略时，今川氏常予其支援，不过最终还是不敌甲斐武田氏，向之臣服。穴山氏与甲斐武田氏联姻，系少数成为甲斐武田氏・御一门众的庶流，并得以对外使用“武田”此一苗字。7代当主・穴山信君于长篠之战后，成为骏河国・江尻城的城代。然穴山信君却在之后暗通德川家康，背弃武田胜赖，甲斐武田氏在织田、德川、后北条围攻下灭亡，穴山信君臣服于织田信长，其领地得以安赌。本能寺之变时，穴山信君与德川家康在堺市游览，听闻消息后，穴山信君意图返回其领地，然在山城国的山林中遭落武者狩。穴山信君嫡子・穴山胜千代受德川家康庇护，并继承甲斐武田氏的名迹，然早逝。
- 古河公方
- 足利高基多次想挑战其父・2代古河公方・足利政氏，不过因山内上杉氏的介入而停手。然山内上杉家11代当主・上杉显定在征伐越后时战死，此使关东出现权力真空的情况。足利高基得下野宇都宫氏等北关东豪族支持，逼退其父，任3代古河公方；而其弟・足利义明却选择自立，将根据地移至下总国・小弓城，背后有上总武田氏、安房里见氏等房总半岛豪族拥护，史称其为小弓公方。古河公方与小弓公方为争夺嫡流之位而对立，4代古河公方・足利晴氏向后北条氏求援，在第一次国府台之战，古河公方、后北条联军痛击小弓公方，足利义明、嫡子・足利义纯、弟・足利基赖战死，小弓公方灭亡，足利义明遗儿・足利赖纯则由安房里见氏庇护。
- 足利晴氏之后与后北条氏结为姻亲，后北条氏在关东地区的发展取得正当性。后北条氏的举动严重危胁到山内、扇谷上杉氏，外加今川、武田不愿见后北条氏坐大，组成反后北条氏阵营，足利晴氏见此，转而与山内、扇谷上杉氏合作。在之后的河越城之战中，后北条氏大败两上杉、古河公方联军。其中扇谷上杉氏受到毁灭性的打击，不久后灭亡；扇谷上杉氏抵挡后北条氏的侵略几年后，不敌，投奔越后・长尾上杉氏；足利晴氏遭后北条氏软禁，被迫让位予其与后北条氏所生之子・足利义氏。
- 越后大名・上杉谦信以辅佐关东管领・山内上杉氏的名义，远征后北条氏，北关东各豪族响应，之后更包围后北条氏居城・小田原城。足利晴氏庶子・足利藤氏借此机会脱离后北条氏掌控，返回下总・古河，不过最终上杉谦信撤军，足利藤氏自立的计画失败。5代古河公方・足利义氏也与后北条氏联姻，然其子早夭，古河公方嫡流灭亡；其女・足利氏姫与小弓公方末裔成婚，后代为喜连川氏。
- 佐竹氏
- 佐竹氏15代当主・佐竹义舜成功击败庶流・山入氏后，趁陆奥南部的白河结城氏内乱，夺取连接关东及陆奥的依上保(今茨城县・久慈郡・大子町)。至16代当主・佐竹义笃时期，与其弟・部垂义元不和，再度陷入长达十年的内讧，不过佐竹义笃也借此机会增强其权威，团结家臣团；镇压住内乱后，佐竹义笃向外扩张势力，夺取白河结城氏的领地，并介入伊达氏的内斗。17代当主・佐竹义昭、18代当主・佐竹义重承继父祖打下的基础，将势力扩张至常陆南部、下野东部，江户氏、大掾氏、那须氏等豪族相继从属之；而面对后北条氏的威胁，佐竹氏多次响应上杉谦信的号召，对抗之。
- 然上杉谦信的大本营在越后，后北条氏选择与甲斐武田氏结盟，在上野国共同对抗上杉谦信。东国三强之间的合纵连横，外加上杉谦信将战略重心放在越中，使北关东豪族只得自身面对后北条氏的威胁，此使佐竹氏俨然成为对抗后北条氏的领袖，携下野宇都宫氏、下总结城氏、安房里见氏等领主反抗其压迫。
- 佐竹义重在之后的战事中成功迫降白河结城氏，将势力扩展至陆奥南部，创造佐竹氏的全盛期。然本能寺之变后，东国再度陷入大乱，面对后北条氏的威胁，许多北关东领主选择与其交好，脱离战线，佐竹氏的盟友可谓是越来越少；陆奥方面，伊达氏透过人取桥之战、郡山合战、折上原之战确立其陆奥中南部霸主的地位，白河结城氏等原先从属佐竹氏的豪族转而投靠伊达氏。佐竹氏遭南北夹击，于是联系当时统一西日本的丰臣秀吉，期望其入关东。丰臣秀吉率号称21万大军亲征，后北条氏不敌，最终灭亡；佐竹义重臣服于丰臣秀吉，领地得到安赌。佐竹氏作为丰臣政权旗下的大名，协助镇压奥羽地方的一揆；万历朝鲜之役中，19代当主・佐竹义宣无直接参战，仅率数千名兵力作为预备军，与其他大名坐镇肥前・名护屋城；同族的佐竹义久则率千馀名兵力亲赴战场。
- 佐竹义宣与石田三成关系友好，七将袭撃事件时，佐竹义宣就帮助石田三成逃离大阪城。关原之战期间，佐竹义宣欲支持反家康阵营，遭佐竹义重及家臣团反对，故佐竹氏合战期间并无具体作为；然关原之战后，佐竹义宣被以并无积极支持德川阵营、与反家康阵营联系等理由遭到转封，常陆54万石减封至出羽国・秋田20万石。
- 3代古河公方之弟・足利义明自立，称小弓公方，安房里见氏转而支持之。庶流出生的里见义尧击败4代当主・里见义丰，夺得家督之位，之后向外扩张势力，更介入上总武田氏的内乱，称霸房总半岛；第一次国府台之战，虽然小弓公方阵营大败，安房里见氏仍存续其实力。安房里见氏长期与佐竹氏联手对抗后北条氏，然战国时代后期爆发维持数年的内乱，势力衰退，转而与后北条氏和睦。丰臣秀吉崛起后，安房里见氏向其臣服，其领地部分得以安堵。
- 战国时期，上总武田氏时常爆发内讧，长期积弱不振，最终屈服于后北条氏。
- 今川氏
- 今川氏亲为取得征服远江国的大义名分，透过金援幕府任该国守护职。远江原守护・斯波氏试图抵抗之，最终今川氏亲还是将斯波势力逐出远江。今川氏亲去世后，其嫡子・今川氏辉年幼，由母亲・寿桂尼代为处理政务，并与称霸南关东的伊势盛时后代・后北条氏友好，共同对抗甲斐武田氏。然今川氏辉及其弟・今川彦五郎接连离奇暴毙，今川义元作为今川氏辉的胞弟为最有力的继承人选，不过部分家臣支持庶出的玄广惠探，举兵起事，史称花仓之乱。后北条氏派兵介入今川氏的纷争，支援今川义元确立其家督之位。然今川义元却转而与甲斐武田氏和睦，此举使后北条氏大怒，侵犯今川氏富士川以东的领地，今川义元在隐忍多年后，成功夺回其领地。后，今川氏、甲斐武田氏、后北条氏结成甲相骏三国同盟，今川义元再度将重心放至三河国。彼时尾张・织田氏也在向外扩张势力，今川氏在小豆坂之战及安城合战接连击败之，逐渐往三河、尾张边界逼近。今川义元因在东海道南部称霸，号称“东海到第一弓取”。永禄3年(1560年)5月，今川义元率大军亲征，在桶狭间之战遭织田信长突袭，战死于乱军之中。。
- 今川义元意外战死，使今川氏声势大减，三河、远江接连发生骚动。12代当主・今川氏真企图重塑今川氏的威信，然三河・松平氏已藉今川氏大乱之际统一三河国，并进犯远江，今川氏盟友・甲斐武田氏也背弃之，与松平氏交好，两者协议瓜分今川氏领地，今川氏真不敌，而后透过妻家・后北条氏的介入，引渡至后北条氏领地。之后今川氏真接受德川家康庇护，臣服于之，后代成为江户幕府的高家。
- 应仁之乱后，斯波氏为方便管理其领国・尾张、远江，常驻尾张国。13代当主・斯波义达携北远江豪族对抗今川氏的侵略，不敌，象征著远江已落入今川氏手中。后，斯波氏受其家臣兼尾张守护代・织田大和守家的庇护，成为尾张国的名义领导人。14代当主・斯波义统遭其家臣杀害，嫡男・斯波义银投奔织田氏庶流・弹正忠家出生的织田信长。战国时代斯波氏长期受家臣控制，已走向衰亡。
- 畠山尚顺与畠山义英因共同的敌人・细川政元被刺杀而再次决裂。畠山尚顺得细川高国支援，将畠山义英驱出河内；然细川澄元支持畠山义英，派遣其家臣入侵大和、河内，反遭畠山尚顺击杀。之后的两细川之乱中，两畠山也大打出手。然畠山尚顺一脉，称畠山尾州家，长期受家臣・游佐长教掌控，随意废立家督；另一方面，畠山义英之子・畠山义尧在三好元长对抗细川晴元的战事中，支持前者，最终兵败自尽，此一支・畠山总州家可谓是灭亡。游佐长教与三好长庆合作，击败细川晴元，游佐长教过世后，三好长庆发兵河内，与畠山尾州家争夺该国控制权，畠山氏不敌，逐渐步入衰亡。
- 细川氏冈去世后，细川昭元受三好政权拥立，继任细川京兆家当主，之后相继臣服织田信长、丰臣秀吉。曾经叱吒风云的细川京兆家经过长年的内斗后也步向衰亡。
- 肥后细川家
- 细川藤孝为细川氏庶流・和泉上守护家8代当主・细川元常的养子，是13代将军・足利义辉的近臣，擅和歌，也因此与公家关系良好。足利义辉战死后，细川藤孝拥护足利义昭，助其逃脱三好政权的掌控，并连系各大名上洛勤王。足利义昭与织田信长决裂，细川藤孝转而成为后者的家臣，并将自身的苗字改为“长冈”。细川藤孝与明智光秀为旧识，在攻略丹波、丹后的战事中，细川藤孝成为其与力，战后细川藤孝领有丹后部分土地；两者更结为姻亲，嫡子・细川忠兴娶明智光秀女儿・细川伽罗奢。本能寺之变后，明智光秀试图拉拢细川藤孝，予以拒绝。细川藤孝剃发出家，法号幽斎玄旨，并将家督之位让予细川忠兴。
- 细川忠兴臣服丰臣秀吉，其领地得以安堵，之后随丰臣秀吉南征北讨。万历朝鲜之役中，隶属于九番队，率3500兵力参战，参与第一次晋州城之战、第二次晋州城之战等战役。细川忠兴与石田三成等奉行不和，为袭击石田三成的七将之一；德川家康出征上杉景胜，细川忠兴也在阵中。然反德川阵营趁机占据大阪城，并企图抓各大名的妻小为人质，细川伽罗奢不从，最终自行烧毁宅邸，由家臣将其了断；反德川阵营又派兵攻打细川藤孝驻守的丹后・田边城，围城将近两个月，细川藤孝因其和歌的专长备受公家喜爱，时任天皇・后阳成天皇罕见介入战事，吁双方停战；细川忠兴则参与美浓・关原的主战事。战后，细川忠兴转封至丰前国・中津(今大分县・中津市)，成为近40万石的大名。
- 11代将军・足利义澄次男・足利义维，居于阿波国・平岛庄，世人称其为平岛公方。其后代成为阿波大名・蜂须贺氏的座上宾。
- 阿波・三好氏在战国初期崛起，将势力延伸至邻近的赞岐国及淡路国。三好长庆任当主后，重回畿内战场，故命二弟・三好实休辅佐细川・阿波守护家，管理阿波国；三弟・安宅冬康入主淡路・安宅氏，掌控淡路水军；四弟・十河一存入主东赞岐豪族・十河氏。而后的十数年间，三好氏陆续迫降香西氏、安富氏、讃岐香川氏等四国东部势力。然好景不长，三好长庆及其兄弟相继去世，四国东部由三好实休两名儿子・三好长治及十河存保掌控。而后织田信长携足利义昭上洛，三好长治、十河存保也率阿波、赞岐武士奔赴畿内，对抗织田信长。然三好长治、十河存保与旗下重臣・篠原长房素有嫌隙，发兵追讨之，迫使其在害。此举引发多米诺效应，讃岐香川氏、香西氏等豪族举兵反抗三好氏，名义上的主君・细川真之也背弃之，外加土佐・长宗我部氏统一土佐国，而后开始向阿波、赞岐进军，三好氏陷入大乱。三好长治之后遭家臣背叛而自害。长宗我部氏大举入侵阿波、赞岐，当地豪族纷纷倒戈；三好氏已如强弩之末，靠著居城・胜瑞城等少数城池勉强支撑。更有甚者，原本欲出兵四国的织田信长在本能寺之变中阵亡，长宗我部氏仿佛卸下拘束器，继续强攻阿波、赞岐。彼时丰臣秀吉称霸近畿，之后联合毛利氏进攻四国，长宗我部氏投降。战后，丰臣秀吉家臣・蜂须贺氏及仙石秀久分别领有阿波及赞岐大部分领地，十河存保只保有赞岐・十河3万石。当时岛津氏欲完成统一九州的霸业，十河存保随仙石秀久及长宗我部氏等四国众登陆丰后国以阻挡岛津氏的侵略，然在户次川之战大败，十河存保战死。
- 12代当主・山名宗全去世后，在山阴、山阳地区有庞大势力的山名氏各支失去向心力，各自为政。彼时，出云・尼子氏崛起，挑战大内氏在中国地区的霸权地位，备后山名家、伯耆山名家等支流被夹在两强之间，随波逐流；尼子氏东面，因幡山名家选择较合作之态度，宗家・但马山名家则顽强抵抗。之后，安艺・毛利氏兴起，取代大内氏、尼子氏，成为该地区的霸主，山名各支也相继屈服，但马山名家则联合其他反毛利势力对抗其入侵。毛利氏的东征，使之与当时称霸近畿的织田信长在势力范围上接触，但马山名家最终倒在当时还为织田信长的丰臣秀吉脚下。
- 安艺武田氏7代当主・武田元繁藉大内义兴拥护足利义值上洛之际，脱离其旗下，在安艺国扩张势力，然在有田中井手之战中，武田元繁败给安艺・毛利氏，更赔上自身性命。此后安艺武田氏联合出云・尼子氏对抗大内氏，然尼子氏在吉田郡山城之战中大败于大内、毛利联军，尼子氏在安艺国的影响力大幅下降，此也连带打击到安艺武田氏，不久后也走向灭亡。安艺武田氏末裔・安国寺惠琼为僧侣，出仕于毛利氏，负责外交方面的工作，关原之战时为反德川阵营的主事者之一，战后遭斩首。
- 与织田信长决裂的15代将军・足利义昭，经安国寺惠琼协调，携幕臣及若狭武田、近江六角等已失势的大名，转移至毛利氏的领地・备后国・鞆。足利义昭封时任毛利氏当家・毛利辉元为副将军，毛利氏两大支柱・吉川元春及小早川隆景也成为其近臣，足利义昭更依造室町幕府体制，将许多中国地区豪族封为外样众、御供众。在足利义昭及毛利氏的号召下，串联各方势力组成第三次信长包围网。后世将该毛利氏庇护下的政权称为鞆幕府。更有甚者认为，本能寺之变是由当时还在鞆的足利义昭所谋画，称为足利义昭黑幕说，然大多为无稽之谈。
系谱
世系图
相关条目
参考资料
参考书目
外部链接
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