和歌山県の二級水系一覧では、和歌山県を流れる水系のうち、和歌山県が管理する二級水系を記述する。2006年現在、85水系、316河川ある。
リストの順序は、大阪府境から三重県境まで反時計回りに、河口の位置を基準にして並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 流路延長(km)[1] | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口のある自治体 | 備考 |
| 清水川 |
0.5 | | 1 | 和歌山市 | |
| 阿振川 |
1 | | 1 | 和歌山市 | |
| 堤川 |
2.35 | | 1 | 和歌山市 | |
| （紀の川） |
136 | 1750 | 181 | 和歌山市 | 一級水系 |
| 亀の川 |
12.849 | | 2 | 和歌山市 | |
| 日方川 |
6.6 | | 1 | 海南市 | |
| 加茂川 |
10.38 | | 4 | 海南市 | |
| 小原川 |
2.27 | | 1 | 海南市 | |
| 小島川 |
0.258 | | 1 | 海南市 | |
| 有田川 |
67.2 | 467.8 | 38 | 有田市 | |
| 出合川 |
0.46 | | 1 | 湯浅町 | |
| 山田川 |
7.031 | | 4 | 湯浅町 | |
| 広川 |
18.664 | 52.5 | 3 | 湯浅町、広川町 | |
| 江上川 |
2.88 | | 1 | 広川町 | |
| 西広川 |
0.9 | | 1 | 広川町 | |
| 前田川 |
1.23 | | 1 | 由良町 | |
| 由良川 |
6.825 | | 1 | 由良町 | |
| 比井川 |
0.8 | | 1 | 日高町 | |
| 産湯川 |
2 | | 1 | 日高町 | |
| 南出川 |
2 | | 1 | 日高町 | |
| 日高川 |
114.745 | 651.8 | 54 | 美浜町、御坊市 | |
| 王子川 |
6.809 | | 2 | 御坊市 | |
| 壁川 |
1.7 | | 1 | 御坊市 | |
| 野島川 |
2.023 | | 1 | 御坊市 | |
| 上野川 |
2.254 | | 2 | 御坊市 | |
| 楠井川 |
2.963 | | 1 | 御坊市 | |
| 津井川 |
1.5 | | 1 | 印南町 | |
| 印南川 |
12.615 | | 4 | 印南町 | いなみがわ |
| 富の川 |
1.4 | | 1 | 印南町 | |
| 切目川 |
34.582 | 75.6 | 10 | 印南町 | |
| 西岩代川 |
3.206 | | 1 | みなべ町 | |
| 東岩代川 |
3.615 | | 1 | みなべ町 | |
| 南部川 |
24 | 96.5 | 13 | みなべ町 | |
| 埴田川 |
0.83 | | 1 | みなべ町 | はねだがわ |
| 堺川 |
0.65 | | 1 | みなべ町 | |
| 井原川 |
0.8 | | 1 | 田辺市 | |
| 芳養川 |
15.281 | | 5 | 田辺市 | はやがわ |
| 左会津川 |
13.366 | 84.7 | 11 | 田辺市 | |
| 橋谷川 |
0.6 | | 2 | 田辺市 | |
| 名喜里川 |
1.63 | | 2 | 田辺市 | |
| 出井川 |
0.5 | | 1 | 田辺市 | |
| 新川 |
2.7 | | 1 | 田辺市 | |
| 仙波谷川 |
0.6 | | 1 | 田辺市 | |
| 安久川 |
3.5 | | 1 | 白浜町 | あくがわ |
| 富田川 |
33.618 | 254.1 | 27 | 白浜町 | |
| 袋川 |
1.3 | | 1 | 白浜町 | |
| 見草川 |
0.8 | | 1 | 白浜町 | |
| 朝来帰川 |
3.52 | | 1 | 白浜町 | あさらぎがわ |
| 市江川 |
0.39 | | 1 | 白浜町 | |
| 志原川 |
1.18 | | 1 | 白浜町 | |
| 日置川 |
56.945 | 414.9 | 20 | 白浜町 | ひきがわ |
| 伊古木川 |
0.9 | | 1 | 白浜町 | |
| 周参見川 |
13.273 | | 4 | すさみ町 | |
| 和深川 |
3.5 | | 1 | すさみ町 | |
| 江須の川 |
1.8 | | 1 | すさみ町 | |
| 江住川 |
1.5 | | 1 | すさみ町 | |
| 里野西池川 |
1.3 | | 1 | 串本町 | |
| 熊谷川 |
1.3 | | 1 | 串本町 | |
| 和深川 |
4.15 | | 2 | 串本町 | |
| 安指川 |
1.76 | | 1 | 串本町 | あざしがわ |
| 田子川 |
2.23 | | 1 | 串本町 | |
| 江田川 |
0.5 | | 1 | 串本町 | |
| 田並川 |
4.05 | | 2 | 串本町 | |
| 有田川 |
5.871 | | 2 | 串本町 | |
| 貝岡川 |
0.29 | | 1 | 串本町 | |
| 高富川 |
4 | | 1 | 串本町 | |
| 二色川 |
3 | | 1 | 串本町 | |
| 鬮野川 |
6.093 | | 1 | 串本町 | くじのかわ |
| 須賀川 |
0.37 | | 1 | 串本町 | 本州最南の二級水系 |
| 宮川 |
0.32 | | 1 | 串本町 | |
| 姫川 |
0.5 | | 1 | 串本町 | |
| 伊串川 |
1.5 | | 1 | 串本町 | |
| 神野川 |
1.6 | | 2 | 串本町 | このがわ |
| 古座川 |
40.4 | 356.0 | 24 | 串本町 | |
| 津荷川 |
4.3 | | 1 | 串本町 | つかがわ |
| 田原川 |
7.57 | | 2 | 串本町 | |
| 田無川 |
0.975 | | 1 | 那智勝浦町 | |
| 粉白川 |
0.36 | | 1 | 那智勝浦町 | こしろがわ |
| 太田川 |
24.272 | 108.3 | 9 | 那智勝浦町 | |
| 与根子川 |
2.15 | | 1 | 太地町 | |
| 二河川 |
4.6 | | 2 | 那智勝浦町 | にこうがわ |
| 天満川 |
1.73 | | 1 | 那智勝浦町 | |
| 那智川 |
7 | | 4 | 那智勝浦町 | |
| 狗子の川 |
2.5 | | 1 | 那智勝浦町 | くじのかわ |
| 長野川 |
1.83 | | 1 | 那智勝浦町 | |
| 佐野川 |
3.6 | | 3 | 新宮市 | |
| （新宮川） |
103 | 2360 | 103 | 新宮市、紀宝町 | 一級水系、熊野川 |
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