FASTQ格式

FASTQ格式是一种保存生物序列（通常为核酸序列）及其测序质量得分信息的文本格式。序列与质量得分皆由单个ASCII字符表示。

该格式最初由维尔康姆基金会桑格研究所开发，旨在将FASTA格式序列及其质量数据集成在一起。而目前，FASTQ格式已经成为了保存高通量测序结果的事实标准。^[1]

格式

FASTQ文件中，一个序列通常由四行组成：

• 第一行以@开头，之后为序列的标识符以及描述信息（与FASTA格式的描述行类似）
• 第二行为序列信息
• 第三行以+开头，之后可以再次加上序列的标识及描述信息（可选）
• 第四行为质量得分信息，与第二行的序列相对应，长度必须与第二行相同

以下为一个包含单个序列的FASTQ文件示例：

@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65

其中!为最低质量、~则为最高质量。以下字符从左到右代表从低到高的质量得分的：

 !"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~

字符与对应的ASCII码如下：

十进制	图形
33	!
34	"
35	#
36	$
37	%
38	&
39	'
40	(
41	)
42	*
43	+
44	,
45	-
46	.
47	/
48	0

十进制	图形
49	1
50	2
51	3
52	4
53	5
54	6
55	7
56	8
57	9
58	:
59	;
60	<
61	=
62	>
63	?
64	@

十进制	图形
65	A
66	B
67	C
68	D
69	E
70	F
71	G
72	H
73	I
74	J
75	K
76	L
77	M
78	N
79	O
80	P

十进制	图形
81	Q
82	R
83	S
84	T
85	U
86	V
87	W
88	X
89	Y
90	Z
91	[
92	\
93	]
94	^
95	_
96	`

十进制	图形
97	a
98	b
99	c
100	d
101	e
102	f
103	g
104	h
105	i
106	j
107	k
108	l
109	m
110	n
111	o
112	p

十进制	图形
113	q
114	r
115	s
116	t
117	u
118	v
119	w
120	x
121	y
122	z
123	{
124	|
125	}
126	~

最初桑格研究所的FASTQ格式允许序列与质量信息分成多行保存。但一般不推荐采用这种方式，因为第一、第三行开头的@与+符号同样也可能出现在质量信息中，可能会造成信息提取的困难。

参见

• FASTA格式