三重県の二級水系一覧では、三重県を流れる水系のうち、三重県が管理する二級水系を記述する。2002年5月1日現在、74水系、193河川ある。
リストの順序は、北から南に、河口の位置を基準にして並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 河川延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口所在地 | 備考 |
| 員弁川 |
35.862 | | 34 | 桑名市、川越町 | いなべがわ |
| 朝明川 |
25.294 | | 5 | 川越町 | |
| 海蔵川 |
18.725 | | 2 | 四日市市 | |
| 三滝川 |
23.255 | | 5 | 四日市市 | |
| 天白川 |
9.850 | | 2 | 四日市市 | てんぱくがわ |
| （鈴鹿川） |
38 | 323 | 46 | 四日市市 | 一級水系 |
| 金沢川 |
2.570 | | 2 | 鈴鹿市 | かなさいがわ |
| 堀切川 |
4.674 | | 2 | 鈴鹿市 | |
| 中ノ川 |
21.321 | | 3 | 鈴鹿市、津市 | |
| 田中川 |
4.953 | | 2 | 津市 | |
| 志登茂川 |
14.755 | | 5 | 津市 | |
| 安濃川 |
16.600 | | 6 | 津市 | |
| 岩田川 |
11.803 | | 4 | 津市 | |
| 相川 |
6.028 | | 2 | 津市 | |
| （雲出川） |
55 | 550 | 40 | 津市、松阪市 | 一級水系 |
| 碧川 |
1.909 | | 1 | 松阪市 | あおがわ |
| 三渡川 |
7.621 | | 5 | 松阪市 | |
| 阪内川 |
18.525 | | 3 | 松阪市 | |
| 金剛川 |
9.875 | | 6 | 松阪市 | |
| （櫛田川） |
85 | 461 | 68 | 津市、松阪市 | 一級水系 |
| 中川 |
1.690 | | 1 | 松阪市 | なかのがわ |
| 笹笛川 |
6.980 | | 1 | 明和町 | |
| 大堀川 |
4.131 | | 1 | 明和町、伊勢市 | |
| 江川 |
2.775 | | 1 | 伊勢市 | |
| 外城田川 |
8.050 | | 3 | 伊勢市 | ときだがわ |
| （宮川） |
91 | 920 | 55 | 伊勢市 | 一級水系 |
| 堀通川 |
0.625 | | 1 | 鳥羽市 | |
| 紙漉川 |
0.580 | | 1 | 鳥羽市 | |
| 加茂川 |
9.102 | | 5 | 鳥羽市 | |
| 大吉川 |
0.600 | | 1 | 鳥羽市 | おきつがわ |
| 藤谷川 |
0.400 | | 1 | 志摩市 | |
| 磯部川 |
6.528 | | 7 | 志摩市 | |
| 日出川 |
1.550 | | 1 | 志摩市 | |
| 東海川 |
2.150 | | 1 | 志摩市 | |
| 前川 |
4.667 | | 1 | 志摩市 | |
| 西川 |
3.370 | | 3 | 志摩市 | |
| 迫子川 |
3.240 | | 1 | 志摩市 | |
| 清水川 |
2.300 | | 1 | 志摩市 | |
| 檜山路川 |
2.800 | | 1 | 志摩市 | |
| 南張川 |
2.700 | | 2 | 志摩市 | |
| 神津佐川 |
1.350 | | 3 | 南伊勢町 | こんさがわ |
| 泉川 |
1.300 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 五ヶ所川 |
2.754 | | 2 | 南伊勢町 | |
| 中ノ谷川 |
0.500 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 伊勢路川 |
6.253 | | 5 | 南伊勢町 | |
| 大川 |
0.330 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 大江川 |
2.213 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 河内川 |
2.320 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 村山川 |
5.106 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 小方川 |
1.960 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 古和川 |
3.499 | | 1 | 南伊勢町 | |
| 奥川 |
1.877 | | 2 | 大紀町 | |
| 小名倉川 |
1.560 | | 1 | 紀北町 | |
| 片上川 |
2.150 | | 1 | 紀北町 | |
| 赤羽川 |
10.427 | | 5 | 紀北町 | |
| 大瀬川 |
1.400 | | 1 | 紀北町 | |
| 元谷川 |
2.800 | | 2 | 紀北町 | |
| 船津川 |
11.045 | | 5 | 紀北町 | |
| 銚子川 |
13.760 | | 8 | 紀北町 | |
| 北川 |
0.780 | | 1 | 尾鷲市 | |
| 中川 |
3.927 | | 1 | 尾鷲市 | |
| 矢ノ川 |
4.100 | | 2 | 尾鷲市 | |
| 田海道川 |
0.600 | | 1 | 尾鷲市 | |
| 沓川 |
1.000 | | 1 | 尾鷲市 | |
| 八十川 |
0.695 | | 1 | 尾鷲市 | |
| 小浜川 |
0.700 | | 1 | 尾鷲市 | |
| 古川 |
4.780 | | 1 | 尾鷲市 | |
| 逢川 |
0.460 | | 1 | 熊野市 | |
| 湊川 |
0.950 | | 1 | 熊野市 | |
| 里川 |
0.632 | | 2 | 熊野市 | |
| 熊野宮川 |
1.280 | | 1 | 熊野市 | |
| 西郷川 |
0.930 | | 1 | 熊野市 | にしごがわ |
| 井戸川 |
3.653 | | 3 | 熊野市 | |
| 志原川 |
3.900 | | 2 | 熊野市、御浜町 | |
| 市木川 |
9.668 | | 1 | 御浜町 | |
| 尾呂志川 |
12.909 | | 4 | 御浜町 | |
| 井田川 |
4.043 | | 1 | 御浜町 | |
| 神内川 |
4.411 | | 1 | 紀宝町 | |
| （新宮川） |
103 | 2360 | 103 | 紀宝町、新宮市 | 一級水系 |
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