KDM2B

Ljudski gen KDM2B kodira enzimski protein lizin (K)-specifičma demetilaza 2B.^[5]

KDM2B
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 4O64
Identifikatori
Aliasi	KDM2B
Vanjski ID-jevi	OMIM: 609078 MGI: 1354737 HomoloGene: 13069 GeneCards: KDM2B
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 12 (čovjek)[1] Bend 12q24.31 Početak 121,429,096 bp[1] Kraj 121,581,023 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 5 (miš)[2] Bend 5|5 F Početak 123,008,728 bp[2] Kraj 123,127,886 bp[2]
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje sa DNK • rRNA binding • vezivanje iona cinka • dioxygenase activity • vezivanje iona metala • histone demethylase activity • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity • vezivanje sa RNK • oxidoreductase activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding Ćelijska komponenta • nukleoplazma • Jedarce • PcG protein complex • jedro • hromosom Biološki proces • GO:1904089 negative regulation of neuron apoptotic process • midbrain-hindbrain boundary morphogenesis • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • lateral ventricle development • histone H2A monoubiquitination • negative regulation of neural precursor cell proliferation • hindbrain development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • third ventricle development • positive regulation of cell growth • embryonic camera-type eye morphogenesis • histone H3-K36 demethylation • Spermatogeneza • forebrain development • positive regulation of stem cell population maintenance • initiation of neural tube closure • midbrain development • fourth ventricle development • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	84678	30841
Ensembl	ENSG00000089094	ENSMUSG00000029475
UniProt	Q8NHM5	Q6P1G2
RefSeq (mRNK)	NM_001005366 NM_032590	NM_001003953 NM_001005866 NM_013910 NM_001378863 NM_001378864 NM_001378865
RefSeq (bjelančevina)	NP_001005366 NP_115979	NP_001003953 NP_038938 NP_001365792 NP_001365793 NP_001365794
Lokacija (UCSC)	Chr 12: 121.43 – 121.58 Mb	Chr 5: 123.01 – 123.13 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Tkivna i subćelijska distribucija

KDM2B je široko i visoko eksprimiran u embrionskim tkivima (posebno u razvoju centralnog nervnog sistema kičmenjaka). Ekspresija KDM2B je također zadržana u većini organa kod odraslih.^[6] Protein je prisutan u nukleoplazmi i obogaćen je u jedarcetu, gdje veže transkribiranu regiju ribosomske RNK (rRNK), kako bi potisnuo transkripciju gena ribosomske RNK koja inhibira rast i proliferaciju ćelija.^[7]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.336 aminokiselina, a molekulska težina 152.615 Da.^[8].

10		20		30		40		50
MAGPQMGGSA		EDHPPRKRHA		AEKQKKKTVI		YTKCFEFESA		TQRPIDRQRY
DENEDLSDVE		EIVSVRGFSL		EEKLRSQLYQ		GDFVHAMEGK		DFNYEYVQRE
ALRVPLIFRE		KDGLGIKMPD		PDFTVRDVKL		LVGSRRLVDV		MDVNTQKGTE
MSMSQFVRYY		ETPEAQRDKL		YNVISLEFSH		TKLEHLVKRP		TVVDLVDWVD
NMWPQHLKEK		QTEATNAIAE		MKYPKVKKYC		LMSVKGCFTD		FHIDFGGTSV
WYHVFRGGKI		FWLIPPTLHN		LALYEEWVLS		GKQSDIFLGD		RVERCQRIEL
KQGYTFFIPS		GWIHAVYTPV		DSLVFGGNIL		HSFNVPMQLR		IYEIEDRTRV
QPKFRYPFYY		EMCWYVLERY		VYCVTQRSHL		TQEYQRESML		IDAPRKPSID
GFSSDSWLEM		EEEACDQQPQ		EEEEKDEEGE		GRDRAPKPPT		DGSTSPTSTP
SEDQEALGKK		PKAPALRFLK		RTLSNESEES		VKSTTLAVDY		PKTPTGSPAT
EVSAKWTHLT		EFELKGLKAL		VEKLESLPEN		KKCVPEGIED		PQALLEGVKN
VLKEHADDDP		SLAITGVPVV		TWPKKTPKNR		AVGRPKGKLG		PASAVKLAAN
RTTAGARRRR		TRCRKCEACL		RTECGECHFC		KDMKKFGGPG		RMKQSCIMRQ
CIAPVLPHTA		VCLVCGEAGK		EDTVEEEEGK		FNLMLMECSI		CNEIIHPGCL
KIKESEGVVN		DELPNCWECP		KCNHAGKTGK		QKRGPGFKYA		SNLPGSLLKE
QKMNRDNKEG		QEPAKRRSEC		EEAPRRRSDE		HSKKVPPDGL		LRRKSDDVHL
RKKRKYEKPQ		ELSGRKRASS		LQTSPGSSSH		LSPRPPLGSS		LSPWWRSSLT
YFQQQLKPGK		EDKLFRKKRR		SWKNAEDRMA		LANKPLRRFK		QEPEDELPEA
PPKTRESDHS		RSSSPTAGPS		TEGAEGPEEK		KKVKMRRKRR		LPNKELSREL
SKELNHEIQR		TENSLANENQ		QPIKSEPESE		GEEPKRPPGI		CERPHRFSKG
LNGTPRELRH		QLGPSLRSPP		RVISRPPPSV		SPPKCIQMER		HVIRPPPISP
PPDSLPLDDG		AAHVMHREVW		MAVFSYLSHQ		DLCVCMRVCR		TWNRWCCDKR
LWTRIDLNHC		KSITPLMLSG		IIRRQPVSLD		LSWTNISKKQ		LSWLINRLPG
LRDLVLSGCS		WIAVSALCSS		SCPLLRTLDV		QWVEGLKDAQ		MRDLLSPPTD
NRPGQMDNRS		KLRNIVELRL		AGLDITDASL		RLIIRHMPLL		SKLHLSYCNH
VTDQSINLLT		AVGTTTRDSL		TEINLSDCNK		VTDQCLSFFK		RCGNICHIDL
RYCKQVTKEG		CEQFIAEMSV		SVQFGQVEEK		LLQKLS

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Struktura

Protein KDM2B ima nekoliko domena, uključujući JmjC domen, koji ima aktivnost histon-demetilaze demetilirajući trimetilirani Lys-4 i dimetilirani Lys-36 histona H3.^[7][9] KDM2B posebno prepoznaje i veže nemetiliranu DNK na CpG-otocima preko svog domena vezanja ZF-CxxC DNK.^[10] KDM2B posljedično regrutira nekanonski polikombni represivni kompleks 1.1 (ncPRC1) na nemetilirane CpG otoke, direktnom interakcijom sa BCOR i PCGF1^[11] što dovodi do mono-ubikvililacije histona H2A na K119 i represije gena.^{[12][13][14][15][16]}

Funkcija

Ovaj gen kodira člana porodice proteina F-kutije, koju karakterizira motiv od približno 40 aminokiselina. Proteini F-kutije čine jednu od četiri podjedinice kompleksa ubikvitinskih proteinskih ligaza zvanog SCF (SKP1-kulin-F-kutija), koji funkcioniraju u fosforilacijski zavisnoj ubikvitinaciji. Proteini F-kutije su podijeljeni u 3 klase: Fbws koji sadrže domene WD-40, Fbls koji sadrže leucin-bogate ponavljanja i Fbxs koji sadrže ili različite module interakcije protein-protein ili bez prepoznatljivih motiva. Protein kodiran ovim genom pripada klasi Fbls. Za ovaj gen pronađeno je više alternativnih prerađenih varijanti transkripta , ali priroda nekih varijanti u cijeloj dužini nije utvrđena.^[5]

Kao dio kompleksa ncPRC1.1, utvrđeno je da se KDM2B brzo i prolazno regrutira na mjesta oštećenja DNK na način ovisan o PARP1 i bezvremeno, kako bi se podsticala mono-ubikvitinacija histona H2A na K119 uz istodobno lokalno smanjenje razine H2A i povećanje H2A.Z. Ovi događaji podstiču transkripcijsku represiju na lezijama DNK, signalizaciju prekida dvostrukih lanaca i popravak homologne rekombinacije. Aktivnost kompleksa ncPRC1.1 na lezijama DNK bila je neophodna za pravilno regrutiranje dva kanonska kompleksa PRC1 (cPRC1.2 i cPRC1.4), definirana njihovim PCGF podjedinicama, MEL18 i BMI1. Stoga aktiviranje kompleksa ncPRC1.1 predstavlja rani i kritični regulatorni korak u popravci homologne rekombinacije.^[17]

Klinićki značaj

Gubitak KDM2B dovodi do ozbiljnih razvojnih nedostataka (defekti rasta u mozgu, uključujući neuspjeh zatvaranja nervne cijevi i kraniofacijalne malformacije, hematopoetski razvoj) što dovodi do smrtnosti embriona^[18]