PyMOL

PyMOL je odprtokodni, vendar lastniški^[2] sistem molekularne vizualizacije, ki ga je ustvaril Warren Lyford DeLano. Sprva ga je komercializiralo podjetje DeLano Scientific LLC, ki se ukvarja z ustvarjanjem uporabnih orodij, ki naj bi bila univerzalno dostopna znanstvenim in izobraževalnim skupnostim. Trenutno ga trži Schrödinger, Inc. PyMOL lahko ustvari visokokakovostne 3D slike majhnih molekul in bioloških makromolekul, kot so beljakovine.

PyMOL

PyMOL logo
Avtor	Warren Lyford DeLano
Razvijalec	Schrödinger, Inc.
Začetna izdaja	2000 (2000)
Stabilna izdaja	1 februar 2025
Programski jezik	C, C++, Python
OS	večplatformski: macOS, Unix, Linux, Windows
Okolje	IA-32, x86-64
Razpoložljivi jeziki	angleščina
Tip	Molekularno modeliranje
Licenca	Originalno Python License,[1] now proprietary[2]
Spletno mesto	pymol.org/2/

PyMOL je eno redkih večinoma odprtokodnih orodij za vizualizacijo modelov, ki so na voljo za uporabo v strukturni biologiji. Del imena Py se nanaša na program napisan v programskem jeziku Python.

Barve elementov

PyMOL uporablja barvanje kroglic po elementih.

p p u Periodni sistem elementov, ki za ozadje uporablja PyMOL barve elementov[3]
①	VodikH#e5e5e5																		He­lijHe#d8ffff
②	Li­tijLi#cc7fff	Beri­lijBe#c2ff00												BorB#ffb5b5	OgljikC#33ff33	Du­šikN#3333ff	Ki­sikO#ff4c4c	FluorF#b2ffff	NeonNe#b2e2f5
③	Na­trijNa#aa5cf2	Magne­zijMg#8aff00												Alumi­nijAl#bfa5a5	Sili­cijSi#f0c79f	Fos­forP#ff7f00	ŽveploS#e5c53f	KlorCl#1ef01e	ArgonAr#7fd0e2
④	KalijK#8f3fd3	Kal­cijCa#3cff00		Skan­dijSc#e5e5e5	TitanTi#bfc2c7	Vana­dijV#a5a5aa	KromCr#8a99c7	Man­ganMn#9c7ac7	Žele­zoFe#e06633	KobaltCo#f08f9f	Ni­keljNi#4fd04f	BakerCu#c77f33	CinkZn#7c7faf	GalijGa#c28f8f	Germa­nijGe#668f8f	ArzenAs#bd7fe2	SelenSe#ffa000	BromBr#a52929	Krip­tonKr#5cb7d0
⑤	Rubid­ijRb#6f2eaf	Stron­cijSr#00ff00		ItrijY#94ffff	Cirko­nijZr#94e0e0	Nio­bijNb#72c2c8	Molib­denMo#54b5b5	Teh­nicijTc#3a9d9d	Rute­nijRu#248f8f	Ro­dijRh#097c8c	Palad­ijPd#006984	SrebroAg#bfbfbf	Kad­mijCd#ffd88f	IndijIn#a57472	Kosi­terSn#667f7f	Anti­monSb#9d62b5	TelurTe#d37a00	JodI#940094	Kse­nonXe#419daf
⑥	Ce­zijCs#57168f	Ba­rijBa#00c800		Lute­cijLu#00aa24	Haf­nijHf#4cc2ff	Tant­alTa#4ca5ff	Volf­ramW#2194d5	Re­nijRe#267caa	OsmijOs#266695	IridijIr#165487	Plat­inaPt#d0d0e0	ZlatoAu#ffd023	Živo­srebroHg#b7b7d0	TalijTl#a5544c	SvinecPb#575961	Biz­mutBi#9d4fb5	Polo­nijPo#aa5c00	AstatAt#744f44	RadonRn#418295
⑦	Fran­cijFr#410066	Ra­dijRa#007c00		Lavren­cijLr#c70066	Rader­fordijRf#cc0059	Dub­nijDb#d0004f	Si­borgijSg#d80044	Bor­ijBh#e00037	Ha­sijHs#e5002e	Majt­nerijMt#ea0026	Darm­štatijDs–	Rent­genijRg–	Koper­nicijCn–	Nihon­ijNh–	Flerov­ijFl–	Moskov­ijMc–	Liver­morijLv–	TenesTs–	Oga­nesonOg–
				Lan­tanLa#6fd3ff	CerijCe#ffffc7	Praze­odimPr#d8ffc7	Neo­dimNd#c7ffc7	Prome­tijPm#a2ffc7	Sama­rijSm#8fffc7	Evro­pijEu#61ffc7	Gadoli­nijGd#44ffc7	Ter­bijTb#2fffc7	Dispro­zijDy#1effc7	Hol­mijHo#00ff9c	ErbijEr#00e574	TulijTm#00d351	Iter­bijYb#00bf37
				Aktin­ijAc#6faafa	Tor­ijTh#00baff	Protak­tinijPa#00a0ff	UranU#008fff	Neptu­nijNp#007fff	Pluto­nijPu#006aff	Ameri­cijAm#545cf2	KirijCm#775ce2	Berkel­ijBk#8a4fe2	Kalifor­nijCf#a036d3	Ainštaj­nijEs#b21ed3	Fer­mijFm#b21eba	Mende­levijMd#b20ca5	Nobel­ijNo#bd0c87

Galerija

• Primer nekaterih funkcij za urejanje molekul PyMOL, rotacije diedrske vezi in interaktivne molekularne relaksacije z Sculpting mode. o so uporabne funkcije za pripravo vhodne geometrije za programsko opremo kvantne kemije
• 
  Struktura istih beljakovin (TEV proteaza - PDB: 1LVB​) upodobljena na različne načine.

Glej tudi

• Seznam brezplačnih in odprtokodnih programskih paketov