CARKD

Domen ugljikohidratne kinaze koji sadrži protein (skraćeno CARKD), kodiran genom CARKD, je ljudski protein nepoznate funkcije. Gen CARKD kodira proteine s predviđenim mitohondrijskim propeptidom (mCARKD), signalnim peptidom (spCARKD) ili niti jednim od njih (cCARKD). Analiza konfokusne mikroskopije transficiranih CHO (jajnika kineskog hrčka) pokazala je da cCARKD ostaje u citosolu, dok su mCARKD i spCARKD usmjereni na mitohondrije i endoplazmatski retikulum.^[6] Protein je konzerviran u mnogim vrstama, sa predvđenim ortolozima do eukariota, bakterija i arheja.

CARKD
Identifikatori
Aliasi	NAXD
Vanjski ID-jevi	OMIM: 615910 MGI: 1913353 HomoloGene: 6333 GeneCards: NAXD
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 13 (čovjek)[1] Bend 13q34 Početak 110,615,545 bp[1] Kraj 110,639,996 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 8 (miš)[2] Bend 8|8 A1.1 Početak 11,547,506 bp[2] Kraj 11,564,960 bp[2]
Ontologija gena Molekularna funkcija • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • ATP binding • ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity • lyase activity • ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity • molekularna funkcija Ćelijska komponenta • mitohondrija • mitochondrial matrix • ćelijska komponenta Biološki proces • NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway • GO:0022610 biološki proces • nicotinamide nucleotide metabolic process Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	55739	69225
Ensembl	ENSG00000213995	ENSMUSG00000031505
UniProt	Q8IW45	Q9CZ42
RefSeq (mRNK)	NM_001242881 NM_001242882 NM_001242883 NM_018210	NM_001190357 NM_001293661 NM_026995
RefSeq (bjelančevina)	NP_001229810 NP_001229811 NP_001229812 NP_060680	NP_001177286 NP_001280590 NP_081271 NP_001389565
Lokacija (UCSC)	Chr 13: 110.62 – 110.64 Mb	Chr 8: 11.55 – 11.56 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Karbohidratna kinaza
Kristalografska struktura navodne kinaze ugljikohidrata Bacillus subtilis (u boji duge, N-kraj = plava, C-kraj = crvena).[5]
Identifikatori
Simbol	Carb_kinase
Pfam	PF01256
Pfam klan	CL0118
InterPro	IPR000631
PROSITE	PDOC00806
SCOP2	1kyh / SCOPe / SUPFAM
Dostupne proteinske strukture: Pfam   strukture / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum sažetak strukture PDB 1kyh, 2ax3

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 347 aminokiselina, a molekulska težina 36.576 Da.^[7].

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MVTRAGAGTA		VAGAVVVALL		SAALALYGPP		LDAVLERAFS		LRKAHSIKDM
ENTLQLVRNI		IPPLSSTKHK		GQDGRIGVVG		GCQEYTGAPY		FAAISALKVG
ADLSHVFCAS		AAAPVIKAYS		PELIVHPVLD		SPNAVHEVEK		WLPRLHALVV
GPGLGRDDAL		LRNVQGILEV		SKARDIPVVI		DADGLWLVAQ		QPALIHGYRK
AVLTPNHVEF		SRLYDAVLRG		PMDSDDSHGS		VLRLSQALGN		VTVVQKGERD
ILSNGQQVLV		CSQEGSSRRC		GGQGDLLSGS		LGVLVHWALL		AGPQKTNGSS
PLLVAAFGAC		SLTRQCNHQA		FQKHGRSTTT		SDMIAEVGAA		FSKLFET

Simboli

Struktura

Gen

Ljudski gen CARKD ima 10 egzona i nalazi se na poziciji q34 hromosoma 13. Sljedeći geni su blizu CARKD -a na hromosomu:^[8]

• COL4A2: za A2 podjedinicu kolagena tipa IV
• RAB20: Potencijalni regulator prometa koneksina 43.
• CARS2: za mitohondrijsku cistienil-tRNK sintetazu 2
• ING1: za protein koji potiskuje tumore

Protein

Ovaj protein je dio natporodice fosfometilpirimidin-kinaza: ribokinaza / pfkB. Ovu porodicu karakterizira prisutnost domena koju dijeli porodica.^[9] CARKD sadrži domen karbohidratne kinaze porodice PF01256.^[9] Ova porodica je u srodstvu sa porodicama PF02210 i PF00294, što implicira da je to također ugljikohidrat-kinaza.

Predviđena svojstva

Pomoću bioinformatičkih analiza, predviđena su sljedeća svojstva CARKD-a:

• Molekulska težina: 41,4 KDal^[10]
• Izoelektrična tačka: 9,377^[11]
  • Ortolozi CARKD-a imaju visoko varijabilnu izoelektrične tačke.^[11]
• Posttranslacijske modifikacije: Predviđene su tri posttranslacijske modifikacije:
  • Modificirani fosfotirozinski ostatak ^[12]
  • Dva mjesta N-vezane glikozilacije ^[12]
• Signalni peptid i mjesto cijepanja signalnog peptida.^[13]

Funkcija

Tkivna distribucija

Čini se da je CARKD sveprisutno eksprimiran na visokim nivoima. Podaci o ekspresiji u ljudskom proteinu i mišjeg ortologa ukazuju na njegovu ekspresiju u gotovo svim tkivima.^[14][15] Jedan osebujan obrazac ekspresije CARKD -a je različito ispoljavanje tokom razvoja oligodendrocita. Njegova ekspresija je niža u matičnim ćelijama oligodendrocita nego u zrelim oligodendrocitima.^[16]

Vezujući partneri

Predviđeno je da je partner za vezivanje za CARKD, prekursor apolipoproteina A-1 ljudskih proteina (APOA1BP).^[17] Ovo predviđanje temelji se na istovremenoj pojavi u genomima i koekspresiji. Osim ovih podataka, ortolozi CARKD -a u Escherichia coli sadrže domen sličan APOA1BP-u. Ovo ukazuje na to da su dva proteina vjerojatno nastala od zajedničkog evolucijskog pretka i, prema teoriji analize kamena rozeta,^[18] mogući su partneri u interakciji čak i kod vrsta poput ljudi, gdje se dva proteina ne proizvode kao jedan polipeptid.

Klinički značaj

Na osnovu alela specifične ekspresije CARKD-a, CARKD može imati ulogu u akutnoj limfoblastnoj leukemiji.^[19] Osim toga, mikročipni podaci pokazuju da je CARKD reguliran prema gore u tumorima glioblastoma multiforme.^[20]