EGR1

EGR-1 (skraćenica od engleskog naziva Early Growth Response protein 1 = protein odgovora na rani faktor rasta ) znan i kao ZNF268 (engleska skraćenica za protein cinkovog prsta 268) ili NGFI-A (engleska skraćenica za protein A induciran fakrorom rasta) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom EGR1.

EGR1
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 4R2A, 4R2C, 4R2D, 4X9J
Identifikatori
Aliasi	EGR1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 128990 MGI: 95295 HomoloGene: 56394 GeneCards: EGR1
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 5 (čovjek)[1] Bend 5q31.2 Početak 138,465,479 bp[1] Kraj 138,469,303 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 18 (miš)[2] Bend 18 B1|18 18.76 cM Početak 34,992,876 bp[2] Kraj 34,998,037 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje sa DNK • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • vezivanje iona metala • transcription factor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • histone acetyltransferase binding • nucleic acid binding • hemi-methylated DNA-binding • double-stranded methylated DNA binding • vezivanje iona cinka • promoter-specific chromatin binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Ćelijska komponenta • nukleoplazma • jedro • citoplazma Biološki proces • regulation of apoptotic process • cellular response to organic substance • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • glomerular mesangial cell proliferation • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • response to glucose • transcription by RNA polymerase II • BMP signaling pathway • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • response to insulin • interleukin-1-mediated signaling pathway • cellular response to mycophenolic acid • T cell differentiation • type I interferon signaling pathway • positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation • cellular response to gamma radiation • regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to hypoxia • skeletal muscle cell differentiation • cellular response to heparin • regulation of protein sumoylation • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • cellular response to interleukin-8 • response to hypoxia • response to ischemia • estrous cycle • positive regulation of hormone biosynthetic process • regulation of progesterone biosynthetic process • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901313 positive regulation of gene expression • circadian regulation of gene expression • locomotor rhythm • ritmički proces • circadian temperature homeostasis • positive regulation of neuron death • positive regulation of tau-protein kinase activity Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	1958	13653
Ensembl	ENSG00000120738	ENSMUSG00000038418
UniProt	P18146	P08046
RefSeq (mRNK)	NM_001964	NM_007913
RefSeq (bjelančevina)	NP_001955	NP_031939
Lokacija (UCSC)	Chr 5: 138.47 – 138.47 Mb	Chr 18: 34.99 – 35 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

EGR-1 je transkripcijski faktor. Nazvan je i Krox-24, TIS8 i ZENK. Prvobitno je otkriven kod miševa.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 543 aminokiselina, а molekulska težina 57.507 Da.^[5]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MAAAKAEMQL		MSPLQISDPF		GSFPHSPTMD		NYPKLEEMML		LSNGAPQFLG
AAGAPEGSGS		NSSSSSSGGG		GGGGGGSNSS		SSSSTFNPQA		DTGEQPYEHL
TAESFPDISL		NNEKVLVETS		YPSQTTRLPP		ITYTGRFSLE		PAPNSGNTLW
PEPLFSLVSG		LVSMTNPPAS		SSSAPSPAAS		SASASQSPPL		SCAVPSNDSS
PIYSAAPTFP		TPNTDIFPEP		QSQAFPGSAG		TALQYPPPAY		PAAKGGFQVP
MIPDYLFPQQ		QGDLGLGTPD		QKPFQGLESR		TQQPSLTPLS		TIKAFATQSG
SQDLKALNTS		YQSQLIKPSR		MRKYPNRPSK		TPPHERPYAC		PVESCDRRFS
RSDELTRHIR		IHTGQKPFQC		RICMRNFSRS		DHLTTHIRTH		TGEKPFACDI
CGRKFARSDE		RKRHTKIHLR		QKDKKADKSV		VASSATSSLS		SYPSPVATSY
PSPVTTSYPS		PATTSYPSPV		PTSFSSPGSS		TYPSPVHSGF		PSPSVATTYS
SVPPAFPAQV		SSFPSSAVTN		SFSASTGLSD		MTATFSPRTI		EIC

Funkcija

Protein kodiran ovim genom pripada porodici EGR proteina Cys₂ njegovog tipacinkovog prsta₂ To je jedarni protein i funkcionira kao regulator transkripcije. Proizvodi ciljnih gena koje aktivira potrebni su za diferencijaciju i mitogenezu. Studije sugeriraju da se radi o tumor-supresorskom genu.^[6]

Ima jasan obrazac ekspresije u mozgu, a pokazalo se da je njegova indukcija povezana s neuronskom aktivnošću. Nekoliko studija sugerira da ima ulogu u plastičnosti neurona.^[7]

EGR-1 je važan faktor transkripcije u formaciji memorija. Ima bitnu ulogu u reprogramiranju epigenetičkih moždanih neurona. EGR-1 regrutuje protein TET1 koji pokreće put demetilacije DNK.^[8] Uklanjanje oznaka metilacije DNK omogućuje aktivaciju nizvodnih gena. EGR-1, zajedno s TET1, koristi se za programiranje distribucije mjesta metilacije DNK mozga tokom njegovog razvoja, u učenju i dugoročnoj neuronskom plastičnosti. Takođe je utvrđeno da EGR-1 regulira ekspresiju VAMP2 (proteina važnog za sinapsne egzocitoze).^[9]

Osim svoje funkcije u živčanom sistemu, postoje značajni dokazi da EGR-1 zajedno sa svojim paralogom EGR-2 inducira u fibroznim bolestima, ima ključne funkcije u fibrinogenezi i neophodan je za eksperimentalno induciranu fibrozu kod miševa.^[10]

Može biti uključen i u funkciju jajnika.^[11]

Struktura

Domen koji veže DNK EGR-1 sastoji se od tri domena cinkovog prsta tipa Cys₂His₂. Struktura aminokiselina EGR-1 domena cinkovog prsta data je u ovoj tabeli, koristeći jednoznačni kod aminokiselina. Prsti od 1 do 3 označeni su sa f1 - f3. Brojevi se odnose na ostatke (aminokiseline) alfa-helikse (nema nule). Ostaci označeni sa "x" nisu dio cinkovih prstiju, već služe za njihovo povezivanje.

-1

1

2

3

4

5

6

7

8

9

x

x

x

x

x

f1

M

A

E

E

R

P

Y

A

C

P

V

E

S

C

D

R

R

F

S

R

S

D

E

L

T

R

H

I

R

I

H

T

G

Q

K

P

f2

F

Q

C

A

I

-

-

C

M

R

N

F

S

R

S

D

H

L

T

T

H

I

A

T

H

T

G

E

K

P

f3

F

A

C

D

I

-

-

C

G

R

K

F

A

R

S

D

E

R

K

R

H

T

K

I

H

L

R

Q

K

D

Simboli

Alanin (Ala, A), Arginin (Arg, R), Asparagin (Asn, N), Aspartat (Asp, D), Cistein (Cys, C), Glutamat (Glu, E), Glutamin (Gln, Q), Glicin (Gly, G), Histidin (His, H), Izoleucin (Ile, I), Leucin (Leu, L), Lizin (Lys, K), Metionin (Met, M), Fenilalanin (Phe, F), Prolin (Pro, P), Serin (Ser, S), Treonin (Thr, T), Triptofan (Trp, W), Tirozin (Tyr, Y), Valin (Val, V)

Kristalna struktura DNK vezana domenom cinkovog prsta EGR-1 riješena je 1991. godine, što je uveliko pomoglo rano istraživanje u domenama vezanja DNK za cinkove prste.^[12]

Ljudski protein EGR-1 sadrži (u neobrađenom obliku) 543 aminokiselina molekulske mase 57,5 kDa, a gen se nalazi na hromosomu 5.

Specifičnost vezivanja DNK

EGR-1 veže DNK sekvencu 5'-GCG TGG GCG-3'(i slične 5'-GCG GGG GCG-3').^[13][14] Položaj f1 veže 5 'G (prvi broj baze slijeva); položaj f1 3 prema drugoj bazi (C); pozicija f1 -1 veže se za treću poziciju (G); f2 položaj 6 do četvrte baze (T); i tako dalje.

Interakcije

Pokazalo se da EGR-1 stupa u interakcije sa:

• CEBPB,^[15]
• CREB-vezujući protein,^[16]
• EP300,^[16]
• NAB1,^[17]
• P53,^[18] i
• PSMA3^[19]

Također pogledajte

• Cinkov prst