PALB2

Partner i lokalizator BRCA2, znan i kao PALB2 ili FANCN, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PALB2 sa hromosoma 16.^[5][6][7]

PALB2
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 2W18, 3EU7
Identifikatori
Aliasi	PALB2
Vanjski ID-jevi	OMIM: 610355 MGI: 3040695 HomoloGene: 11652 GeneCards: PALB2
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 16 (čovjek)[1] Bend 16p12.2 Početak 23,603,160 bp[1] Kraj 23,641,310 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 7 (miš)[2] Bend 7|7 F2 Početak 121,706,485 bp[2] Kraj 121,732,208 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje sa DNK • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine Ćelijska komponenta • nukleoplazma • jedro Biološki proces • animal organ morphogenesis • somitogenesis • post-anal tail morphogenesis • cellular response to DNA damage stimulus • DNA recombination • mesoderm development • negative regulation of apoptotic process • in utero embryonic development • multicellular organism growth • embryonic organ development • inner cell mass cell proliferation • GO:0100026 Popravka DNK • double-strand break repair via homologous recombination Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	79728	233826
Ensembl	ENSG00000083093	ENSMUSG00000044702
UniProt	Q86YC2	Q3U0P1
RefSeq (mRNK)	NM_024675	NM_001081238 NM_001289842 NM_001289843 NM_001289844 NM_001289845 NM_172744
RefSeq (bjelančevina)	NP_078951	NP_001074707 NP_001276771 NP_001276772 NP_001276773 NP_001276774
Lokacija (UCSC)	Chr 16: 23.6 – 23.64 Mb	Chr 7: 121.71 – 121.73 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.186 aminokiselina, a molekulska težina 131.295 Da.^[5]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MDEPPGKPLS		CEEKEKLKEK		LAFLKREYSK		TLARLQRAQR		AEKIKHSIKK
TVEEQDCLSQ		QDLSPQLKHS		EPKNKICVYD		KLHIKTHLDE		ETGEKTSITL
DVGPESFNPG		DGPGGLPIQR		TDDTQEHFPH		RVSDPSGEQK		QKLPSRRKKQ
QKRTFISQER		DCVFGTDSLR		LSGKRLKEQE		EISSKNPARS		PVTEIRTHLL
SLKSELPDSP		EPVTEINEDS		VLIPPTAQPE		KGVDTFLRRP		NFTRATTVPL
QTLSDSGSSQ		HLEHIPPKGS		SELTTHDLKN		IRFTSPVSLE		AQGKKMTVST
DNLLVNKAIS		KSGQLPTSSN		LEANISCSLN		ELTYNNLPAN		ENQNLKEQNQ
TEKSLKSPSD		TLDGRNENLQ		ESEILSQPKS		LSLEATSPLS		AEKHSCTVPE
GLLFPAEYYV		RTTRSMSNCQ		RKVAVEAVIQ		SHLDVKKKGF		KNKNKDASKN
LNLSNEETDQ		SEIRMSGTCT		GQPSSRTSQK		LLSLTKVSSP		AGPTEDNDLS
RKAVAQAPGR		RYTGKRKSAC		TPASDHCEPL		LPTSSLSIVN		RSKEEVTSHK
YQHEKLFIQV		KGKKSRHQKE		DSLSWSNSAY		LSLDDDAFTA		PFHRDGMLSL
KQLLSFLSIT		DFQLPDEDFG		PLKLEKVKSC		SEKPVEPFES		KMFGERHLKE
GSCIFPEELS		PKRMDTEMED		LEEDLIVLPG		KSHPKRPNSQ		SQHTKTGLSS
SILLYTPLNT		VAPDDNDRPT		TDMCSPAFPI		LGTTPAFGPQ		GSYEKASTEV
AGRTCCTPQL		AHLKDSVCLA		SDTKQFDSSG		SPAKPHTTLQ		VSGRQGQPTC
DCDSVPPGTP		PPIESFTFKE		NQLCRNTCQE		LHKHSVEQTE		TAELPASDSI
NPGNLQLVSE		LKNPSGSCSV		DVSAMFWERA		GCKEPCIITA		CEDVVSLWKA
LDAWQWEKLY		TWHFAEVPVL		QIVPVPDVYN		LVCVALGNLE		IREIRALFCS
SDDESEKQVL		LKSGNIKAVL		GLTKRRLVSS		SGTLSDQQVE		VMTFAEDGGG
KENQFLMPPE		ETILTFAEVQ		GMQEALLGTT		IMNNIVIWNL		KTGQLLKKMH
IDDSYQASVC		HKAYSEMGLL		FIVLSHPCAK		ESESLRSPVF		QLIVINPKTT
LSVGVMLYCL		PPGQAGRFLE		GDVKDHCAAA		ILTSGTIAIW		DLLLGQCTAL
LPPVSDQHWS		FVKWSGTDSH		LLAGQKDGNI		FVYHYS

Funkcija

Karakterizirani domeni PALB2

Rekombinacijski popravak oštećenja dvostrukog lanca DNK – neki ključni koraci. ATM (ATM) je protein-kinaza koju regrutuje i aktivira dvolančani prekidi DNK. Dvolančana oštećenja DNK također aktiviraju jezgarni kompleks Fanconijeve anemije (FANCA/B/C/E/F/G/L/M).^[8] Jezgarni kompleks FA monoubikvitinira nizvodno cilja na FANCD2 i FANCI.^[9] ATM aktivira (fosforilira) CHEK2 i FANCD2^[10] CHEK2 fosforilizira BRCA1.^[11] Ubikvitinirani su kompleksi FANCD2 sa BRCA1 i RAD51.^[12] Protein PALB2 djeluje kao čvorište,^[13] spajajući BRCA1, BRCA2 i RAD51 na mestu prekida dvolančane DNK, a također se vezuje za RAD51C, člana RAD51 paralognog kompleksa RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2). Kompleks BCDX2 je odgovoran za regrutaciju RAD51 ili stabilizaciju na mjestima oštećenja.^[14] RAD51 ima glavnu ulogu u homolognorekombinacijkom popravku DNK tokom popravke dvostrukog lanca. U ovom procesu, odvija se razmjena lanaca DNK zavisna od ATP-a, u kojoj jedan lanac napada lance uparene bazama homolognih molekula DNK. RAD51 je uključen u potragu za homologijom i fazama uparivanja lanaca u procesu.

Ovaj gen kodira protein koji funkcioniše u održavanju genoma (popravak dvostrukog lanca). Ovaj protein se veže i kolokalizira s proteinom ranog početka raka dojke 2 (BRCA2) u jedarnim žarištima i vjerovatno omogućava stabilnu unutarjedarnu lokalizaciju i akumulaciju BRCA2.^[5] PALB2 vezuje jedan lanac DNK i direktno stupa u interakciju s rekombinazom RAD51, kako bi stimulirao invaziju lanaca, vitalni korak homologne rekombinacije,^[15] PALB2 može funkcionirati sinergijski s himerom BRCA2 vanom piccolo ili piBRCA2), kako bi dalje promovirao invaziju niti.^[15]

Klinički značaj

Varijante gena PALB2 povezane su sa povećanim rizikom od razvoja raka dojke ^[16] veličine slične onoj povezanoj s mutacijama BRCA2 ^[17] a ćelije sa nedostatkom PALB2 osjetljive su na PARP inhibitore.^[15]

Naučnici iz Sol Goldman Centra za istraživanje raka pankreasa u Johns Hopkinsu nedavno su identificirali PALB2 kao gen osjetljivosti na porodični rak pankreasa. Ovo je utrlo put za razvoj novog genskog testa za porodice u kojima se rak pankreasa javlja u više članova porodice.^[18] Ambry je Testove za PALB2 razvili su Ambry Genetics ^[19] i Myriad Genetics^[20] koji su sada dostupni.

Profilaksna mastektomija treba biti razmotrena za žene koje su imale rak dojke i mutaciju PALB2.^[21][22]

Bialelne mutacije u PALB2 (također poznate kao FANCN), slične bialelnim mutacijama BRCA2, uzrokuju Fanconijevu anemiju.^[7]

Mutacije ovog gena povezane su s povećanim rizikom od raka jajnika, dojke i gušterače.^[23]

Mejoza

Mutirani PALB2 muški miševi imaju smanjenu plodnost.^[24] Čini se da je ova smanjena plodnost posljedica trošenja zametnih ćelija koje je rezultat kombinacije nepopravljenih prekida DNK tokom mejoze i defektne sinapse hromosoma X i Y. Čini se da je funkcija popravka oštećenja DNK putedm homologne rekombinacije tokom mejoze, posebno prekida dvostrukih lanaca. Interakcija PALB2-BRCA1 je vjerovatno važna za popravku takvih oštećenja tokom mejoze muškaraca.

Također pogledajte

• Fanconijeva anemija
• BRCA2
• Popravak DNK
• Gen supresije tumora