兵庫県の二級水系一覧では、兵庫県を流れる水系のうち、兵庫県が管理する二級水系を記述する。2004年4月1日現在、92水系、350河川ある。
リストの順序は、河口の位置を基準に、瀬戸内海沿岸を大阪府境から西へ、日本海沿岸を京都府境から西へ、淡路島の河川を島の北端から時計回り、の順番に並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 流路延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口のある自治体 | 備考 |
| 蓬川 |
2.416 | | 1 | 尼崎市 | よもがわ |
| 武庫川 |
65.709 | | 46 | 尼崎市、西宮市 | |
| 新川 |
2.381 | | 1 | 西宮市 | |
| 東川 |
5.289 | | 2 | 西宮市 | |
| 洗戎川 |
1.855 | | 1 | 西宮市 | あらいえびすがわ |
| 夙川 |
4.125 | | 1 | 西宮市 | しゅくがわ |
| 堀切川 |
0.812 | | 1 | 西宮市 | |
| 宮川 |
3.070 | | 1 | 芦屋市 | |
| 芦屋川 |
4.542 | | 1 | 芦屋市 | |
| 高橋川 |
1.410 | | 3 | 神戸市東灘区 | |
| 天上川 |
2.509 | | 2 | 神戸市東灘区 | |
| 住吉川 |
3.600 | | 2 | 神戸市東灘区 | |
| 西獺川 |
2.460 | | 1 | 神戸市東灘区 | にしうそがわ |
| 天神川 |
2.875 | | 1 | 神戸市東灘区 | |
| 石屋川 |
2.682 | | 2 | 神戸市東灘区 | |
| 高羽川 |
2.035 | | 1 | 神戸市東灘区 | |
| 都賀川 |
1.790 | | 3 | 神戸市灘区 | |
| 西郷川 |
2.322 | | 4 | 神戸市灘区 | |
| 西谷川 |
2.520 | | 1 | 神戸市中央区 | |
| 生田川 |
1.790 | | 7 | 神戸市中央区 | |
| 鯉川 |
1.725 | | 3 | 神戸市中央区 | |
| 宇治川 |
2.265 | | 2 | 神戸市中央区 | |
| 新湊川 |
4.665 | | 5 | 神戸市長田区 | |
| 妙法寺川 |
6.975 | | 3 | 神戸市須磨区 | |
| 千森川 |
1.925 | | 2 | 神戸市須磨区 | |
| 一の谷川 |
0.690 | | 1 | 神戸市須磨区 | |
| 塩屋谷川 |
3.460 | | 2 | 神戸市垂水区 | |
| 福田川 |
7.410 | | 2 | 神戸市垂水区 | |
| 山田川 |
3.835 | | 1 | 神戸市垂水区 | |
| 朝霧川 |
2.690 | | 1 | 明石市 | |
| 明石川 |
20.985 | | 6 | 明石市 | |
| 谷八木川 |
3.505 | | 1 | 明石市 | |
| 赤根川 |
4.305 | | 1 | 明石市 | |
| 瀬戸川 |
4.110 | | 2 | 明石市 | |
| 喜瀬川 |
8.380 | | 1 | 播磨町 | |
| 泊川 |
1.420 | | 1 | 加古川市 | |
| （加古川） |
96.000 | 1730 | 130 | 加古川市、高砂市 | 一級水系 |
| 法華山谷川 |
15.947 | | 2 | 加西市、加古川市、 高砂市 | ほっけさんたにがわ |
| 天川 |
18.720 | | 2 | 高砂市、姫路市 | |
| 西浜川 |
1.941 | | 1 | 姫路市 | |
| 八家川 |
4.480 | | 1 | 姫路市 | やかがわ |
| 市川 |
77.554 | | 26 | 姫路市 | いちかわ |
| 野田川 |
3.635 | | 2 | 姫路市 | |
| 船場川 |
11.572 | | 2 | 姫路市 | |
| 夢前川 |
39.667 | | 9 | 姫路市 | ゆめさきがわ |
| 汐入川 |
3.380 | | 1 | 姫路市 | |
| 大津茂川 |
18.608 | | 4 | 太子町、 姫路市 | |
| （揖保川） |
70.000 | 810 | 47 | 姫路市 | 一級水系 |
| 富島川 |
2.295 | | 2 | たつの市 | |
| 亀の尾川 |
0.977 | | 1 | 相生市 | |
| 大谷川 |
1.348 | | 1 | 相生市 | |
| 苧谷川 |
4.455 | | 5 | 相生市 | おこくがわ |
| 佐方川 |
1.715 | | 2 | 相生市 | |
| 千種川 |
72.155 | | 57 | 赤穂市 | |
| 大津川 |
6.735 | | 7 | 赤穂市 | |
| （円山川） |
68.000 | 1300 | 97 | 豊岡市 | 一級水系 |
| 竹野川 |
21.218 | | 8 | 豊岡市 | |
| 須井川 |
2.300 | | 1 | 豊岡市 | |
| 安木川 |
1.900 | | 1 | 香美町 | |
| 佐津川 |
13.509 | | 2 | 香美町 | |
| 上計川 |
1.500 | | 1 | 香美町 | あげがわ |
| 香住谷川 |
2.109 | | 1 | 香美町 | |
| 矢田川 |
34.691 | | 13 | 香美町 | |
| 長谷川 |
1.745 | | 1 | 香美町 | |
| 西川 |
1.700 | | 1 | 香美町 | |
| 岸田川 |
23.852 | | 15 | 新温泉町 | |
| 大栃川 |
2.291 | | 1 | 新温泉町 | |
| 結川 |
2.150 | | 1 | 新温泉町 | むすぶがわ |
| 長谷川 |
0.373 | | 1 | 淡路市 | |
| 茶間川 |
1.800 | | 1 | 淡路市 | |
| 楠本川 |
3.600 | | 1 | 淡路市 | |
| 浦川 |
4.549 | | 1 | 淡路市 | |
| 砂川 |
0.600 | | 1 | 淡路市 | |
| 老松川 |
0.400 | | 1 | 淡路市 | |
| 佐野川 |
2.500 | | 1 | 淡路市 | |
| 生穂川 |
3.150 | | 1 | 淡路市 | |
| 大谷川 |
1.560 | | 1 | 淡路市 | |
| 志築川 |
2.200 | | 2 | 淡路市 | |
| 岩戸川 |
4.960 | | 1 | 洲本市 | |
| 洲本川 |
8.084 | | 9 | 洲本市 | |
| 天川 |
1.690 | | 1 | 洲本市 | |
| 本庄川 |
6.850 | | 3 | 南あわじ市 | |
| 塩屋川 |
5.250 | | 1 | 南あわじ市 | |
| 津井川 |
5.700 | | 1 | 南あわじ市 | |
| 三原川 |
11.127 | | 20 | 南あわじ市 | |
| 鳥飼川 |
4.749 | | 4 | 洲本市 | |
| 都志川 |
8.536 | | 3 | 洲本市 | |
| 山田川 |
4.000 | | 1 | 淡路市 | |
| 覗川 |
1.000 | | 1 | 淡路市 | のぞきがわ |
| 郡家川 |
15.927 | | 1 | 淡路市 | |
| 新川 |
3.790 | | 1 | 淡路市 | |
| 室津川 |
2.240 | | 2 | 淡路市 | |
| 育波川 |
2.509 | | 1 | 淡路市 | |
| 富島川 |
1.910 | | 1 | 淡路市 | |
| 野島川 |
3.755 | | 1 | 淡路市 | |
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