FAM149A

Član A proteina sa sličnošću sekvence 149, znan i kao MSTP119, MST119 i DKFZP564J102, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM149A sa hromosoma 4.^[5] Dobro je konzerviran u primata, pasa, goveda, miševa, pacova i kokošiju. Ima jedan paralog, FAM149B.

FAM149A
Identifikatori
Aliasi	FAM149A
Vanjski ID-jevi	MGI: 2387177 HomoloGene: 27540 GeneCards: FAM149A
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 4 (čovjek)[1] Bend 4q35.1 Početak 186,104,419 bp[1] Kraj 186,175,337 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 8 (miš)[2] Bend 8|8 B1.1 Početak 45,789,754 bp[2] Kraj 45,835,328 bp[2]
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	25854	212326
Ensembl	ENSG00000109794	ENSMUSG00000070044
UniProt	A5PLN7	Q8CFV2
RefSeq (mRNK)	NM_001006655 NM_015398 NM_001350178 NM_001350179 NM_001367768 NM_001395294	NM_153535
RefSeq (bjelančevina)	NP_001006656 NP_056213 NP_001337107 NP_001337108 NP_001354697	NP_705763
Lokacija (UCSC)	Chr 4: 186.1 – 186.18 Mb	Chr 8: 45.79 – 45.84 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Pregled

FAM149A se nalazi u normalnom srčanom tkivu ]]Homo sapiens]] i dostavljen je Centru za molekularnu medicinu za kardiovaskularne bolesti 1999. Dakle, ovo ukazuje da mora imati važnu ulogu u normalnoj regulaciji funkcija srca. Međutim, prema Nacionalnom centru za informacije u biotehnologiji (NCBI) nije pronađen nikakav izvještaj o varijacijama ili informacije od kliničkog značaja za ovaj gen. Prema osnovnom alatu za pretraživanje lokalnog poravnanja (BLAST), FAM149A je sličan cDNK-u FLJ32604 (98% pokrivanja upita), koji se nalazi u tkivu želuca i nema poznatu funkciju. FAM149A je također sličan cDNK FLJ58677-a (86% pokrivenosti upita), koji se nalazi u tkivu fetusnog bubrega bez poznate funkcije (informacija prema:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 773 aminokiseline, а molekulska težina 82.698 Da.^[6]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MKAAVLDLGS		LLAKLFETST		APPAGPSSRP		SGGAAAAGSG		GSRAGTPLGT
APTLLRALAP		DSPSASRRSP		APLLSSPYSR		GSAASRAAGA		VGTLLSWPSS
PRAGKAPPQP		PTPSGGGCSP		ARLVVPARPP		SGPGGVWAAL		PRNPLQPGPG
ERELGACVAP		GAGPRTLFLT		LPDIGEEGAS		DGDSGDGEAR		GLSEGRRRHG
FTVRSKDSLP		THFTRNVQKA		IDKYTCKSLS		SFSSSGSHTP		TGAHTSWSGS
ATQSSTTGSS		TERGSVYSWR		DDEFDEASSQ		SVQRLLWEVE		EMLFEGKVNP
QTQSLLAECG		EWTRRSLHLR		VLGRQLILPT		DKGVQHFQGS		TPASAVHRPP
LSACGHSSNI		RELCISGSQI		VPAALSASAL		PGPDDTGVAD		LTARSSLEEE
VYHVDGKIEE		YFAFDRKEDD		DECLEQKPAQ		PGRKWRKLGL		PPVSPRDCVK
DAVAAEVFDH		VWTNMVELLE		ELIRKHWETT		LTEGKKQRET		LKVAGNRFPH
VLVPHAHADG		ASGPPSGHAE		AHGISLASRL		NPPQIHHFSS		SFYSDMNGVM
TIQAKPLQRR		PAYFADRTQN		EKEDKASGGG		AGALSSAPHR		LGRASDTHGL
SPSAKKTPVP		WRLPSLASDS		QRLKTPNIYS		DEVLRGTKLP		TGVDHMASPL
VQTSRSRFPP		LVTETRGQNT		AVPGCRLVSY		RGRHLQNRVL		SAMPDGTERS
RLRERTATLE		RLSRPSTTHT		FRQSDTPRKS		SLTQMEFAAH		TWTGQSILTG
SQYVPKSFQR		TTLTFKRRFQ		VTS

Gen

FAM149A sastoji se od 2.721 baznog para i 482 aminokiseline i nalazi se na hromosomskoj regiji 4q35.1. Pokreće se na pozitivnom lancu hromosoma 4. Na istom hromosomu, u blizini nalaze se i drugi geni, uključujući TLR3, CYP4V2, FLJ38576, ORAOV1P1 i SORBS2.^[7]

Protein

Primarne sekvenca

Kao što je ranije rečeno, FAM149A se sastoji od 482 aminokiseline. Aminokiseline koje imaju ulogu u translaciji gena FAM149A u protein FAM149A prikazane su ispod, zajedno sa odgovarajućim parovima baza. Protein se nalazi između bp 534. i 1982. bp.

Aminokiseline koje grade protein kojeg proizvodi gen FAM149A.

Posttranslacijske modifikacije

Postoje programi koji se koriste za određivanje posttranslacionih modifikacija u FAM149A.^[8] U nastavku, navedeni su testovi i rezultati za svaki.

NetPhos: Određuje predviđena mjesta fosforilacija unutar datog proteina, koja se javljaju na serinima, tirozinima i treoninima. Date su ocjene koje ukazuju na kvalitet predviđene lokacije. „Dobar“ rezultat je bliži 1,0, dok je nizak bliži nuli. Rezultati: Predviđena mesta fosforilacije: Ser: 20 Thr: 16 Tyr: 2 Sve ove predviđene lokacije imale su rezultate iznad 0,514, većina između 0,8 – 0,9. Generirana slika:

Rezultati FAM149A iz NetPhos

Sulfinator: Koristi se za predviđanje mjesta sulfacije tirozina nastalih dok proteini prolaze kroz sekretorni put. Nema rezultata za FAM149A. Stoga ne postoje mjesta za sulfaciju tirozina.

NetAcet: Predviđa mjesta acetilacija N-terminala.
Evo rezultata:

Rezultati FAM149A iz NetAcet

Prema NetAcetu, ne postoje N-terminalne acetilacijske lokacije za FAM149A.

SUMOplot/SUMOsp: Koristi se za predviđanje potencijalnih sumoilacijskih mjesta. Ovo može objasniti veće molekulne težine od očekivanih na SDS gelovima zbog vezivanja SUMO-proteina.

Rezultate je u nastavku:

Rezultati FAM149A-a u SUMOplot

Sekundarna struktura

Sekundarna struktura proteina FAM149A temelji se na lokalnoj trodimenzijskoj strukturi. Analizirane strukture uključuju α-heliks, β-lanac, β-list i uprtedenu zavojnicu. Rezultati su dobijeni korištenjem GOR4 i PELE-a^[9] iz Biology WorkBench. GOR4 je pojednostavljena verzija, a PELE upoređuje predviđene strukture iz ostalih programa.

Sekundarna struktura FAM149A od GOR4-a, preko Biology WorkBench 1.

Sekundarna struktura FAM149A od GOR4-a, preko Biology WorkBench 2.

Ekspresija

Na osnovu grafikona na desnoj strani, najviši nivoi ekspresije javljaju se u trigeminusnoj gangliji, gornjoj vratnoj gangliji, prtetkomorskokomorskom čvoru (srcu) i bubrezima. Međutim, čini se da je barem mala količina izražena u gotovo svim tkivima u ljudskom tijelu. Koristeći iste mikročipove koje pruža Bio GPS,^[10] utvrđeno je da ekspresija FAM149A varira kroz opadanje endometrija tokom menstruacije. Ovo otvara novi put za moguće istraživanje funkcije gena.

FAM149A-ekspresija 1

FAM149A-ekspresija 2

FAM149A-ekspresija 3

Pretraga je izvršena na Allenovom Atlasu mozga pomoću FAM149A. Prema nivoima ekspresije koje obezbeđuje Atlas, FAM149A nije eksprimiran u značajnim nivoima u mozgu miša. Međutim, uz vizuelno posmatranje figure, FAM149A može se naći u ventralnom zadnjem kompleksu talamusa. Ovo se može vidjeti kao tamna okomita linija u centru sagitalnog dijela mozga na slici ispod. Kao poređenje, ekspresija proteina, aktina, koristi se da pokaže kako izgleda mišji mozak s visokim nivoom ekspresije.^[11]

Ekspresija proteina FAM149A u mišjem mozgu

Primjer ekspresije proteina aktin-beta u mozgu miša

Nivoi ekspresije proteina FAM149A u mozgu miša

Primjer ekspresije proteina aktin-beta u mozgu miša

EST profil

Podaci sa donje slike pokazuju da je FAM149A visoko eksprimiran u mozgu, živcima, gušterači, nadbubrežnim žlijezdama i bubrezima. Nema ga u srcu. Prema informacijama u drugoj tabeli, uobičajene komplikacije koje uključuju ekspresiju FAM149A odnose se na tumore nadbubrežne žlijezde, pankreasa, kolorektumske tumore i tumore jajnika.^[12]

EST profil za FAM149A

Varijante transkripcije

FAM149A ima dvije varijante transkripcije, varijantu transkripta 1 i varijantu transkripta 2. Obje kodiraju isti protein FAM149A. Razlike uključuju dodatne parove baza u 5' UTR-neprevedenom području, kao i 3' UTR netranslatiranoj regiji. Jedna od dvije razlike u stvarnom translatiranom području proteina je G umjesto A na bp 1.590 u varijanti 1 i bp 1.337. u varijanti 2. Druga razlika se sastoji od C umjesto A na bp 2214. u TV1 i bp 1961. u TV2.

Kompozicija

Kao što je gore navedeno, FAM149A se sastoji od 482 aminokiseline. Najčešća aminokiselina je serin koja čini 9,8% gena. Najrjeđe aminokiseline su triptofan i cistein, od kojih svaka čini samo 1,2% gena. Jedina ponavljajuća kombinacija aminokiselina u proteinu je SLAS koja se javlja od aminokiselina 234–237 i od 324–327. Osim toga, Izoelektrična tačka FAM149A je 9,891999.^[13]

Promotor

Slijede promotori gena FAM149A koje je obezbijedio ElDorado ^[14] and the sequence extracted from the information.

Segment	Startna lokacija	Stop-lokacija	Lanac	Dužina	Broj reference	Informacija
Promotorska regija	187065495	187066181	+	687 bp	GXP_210035	Promotor za GXT_23739713, GXT_23739714, GXT_2803949 Locus: FAM149A/GXL_175098
Primarni transkript	187065995	187093817	+	27283 bp	GXT_2803949, GXL_175098	FAM149A Homo sapiens, član A porodicw proteina sa sličnošću sekvence 149 (FAM149A), transkriptna varijanta 1, iRNK GeneID:25854/NM_015398

Slijedi formatirana verzija FAM149A promotora FASTA.

Promotorska regija FAM149A (FASTA format)

Homologija/evolucija

Paralozi i ortolozi

FAM149A ima jedan glavni paralog, FAM149B. Još se ne zna mnogo o FAM149B, osim njegovog članstva u cjelokupnoj porodici gena FAM149.

Ortolozi FAM149A uključuju BRTD i njegove četiri izoforme, ECCHC11 i ALMS1. Svi ovi geni se nalaze kod ljudi i imaju konzervirana područja sa FAM149A.

Vrsta	Uobičajenio ime	Pristupni broj	Dužina	Identitet proteina	Sličnost proteina	Datiranje divergencije (milioni godina)
Homo sapiens	Čovjek	NP_001073963.1	482aa	100%	100%	0
Pongo abelii	Orangutan	XP_002815398.2	481aa	93,2%	95,0%	15,7
Nomascus leucogenys	Sjeverni bjeloobrazni gibon	XP_004093218.1	482aa	92,7%	95,0%	20,4
Equus ferus caballus	Konj	XP_001490414.3	480aa	72,0%	81,0%	94,2
Taeniopygia guttata	Zebrasta zeba	XP_002193183	485aa	46,0%	62,0%	296
Monodelphis domestica	Oposum	XP_001368447.2	1133aa	19.5%	61.0%	162.6
Xenopus tropicalis	Zapadna kandžasta žaba	XP_002934449	427aa	22,0%	65,0%	371,2

Konzervirani domen

FAM149A ima konzervirani domen nepoznate funkcije (DUF) 3719. O DUF 3719 ima vrlo malo informacija. Nalazi se samo u eukariotskim organizmima i sastoji se od 70 aminokiselina. Postoji konzerviani motiv HLR sekvence pronađen u DUF 3719. Ispod je slika koja prikazuje DUF3719 na FAM149A.

Struktura proteina FAM149A sa DUF3719

Distribucija DUF3719 po vrstama

Iz Instituta Sanger, sljedeća slika prikazuje vrste u kojoj ova porodica postoji. Ljubičasta boja ukazuje da DUF3719 postoji samo u eukariotskim organizmima. Boje, poput zelene, ukazuju na to da DUF3719 postoji i u bakterijama. Kada se ovaj dijagram interaktivno koristi na web stranici, navodi da 23 vrste u eukariota imaju ovaj domen.^[15]

Filogenija

FAM149A se odvojio u periodu vladavine vodozemaca, prije oko 400 miliona godina, ptica prije 300 miliona godina i sisara, ne uključujući primate, prije 94 miliona godina. Divergiranje od primata posljednji put se dogodilo prije oko 5 miliona godina.^[16]

Konzervacija strukture gena među vrstama

ECR pretraživač pokazuje konzerviranje strukture gena FAM149A kod različitih vrsta.

Preko NCBI web stranice, dodatnih 1.000 baznih parova je dodano odabranoj regiji na hromosomu 4 koji sadrži FAM149A. Nakon što su početna i krajnja pozicija uspostavljene, prebačene su u ECR pretraživač kako bi se stvorilo poravnanje među drugim vrstama.

Prema raspoloživim rezultatima, unutar FAM149A postoji 14 egzona koji su konzervirani kod majmuna, pasa, miševa i oposuma. Kokoš, žaba i riba pokazuju malo ili nimalo konzerviranja. Unutar prvih 1.000 parova baza prije početka transkripcije, čini se da nema značajne konzervacije među vrstama. Samo pas sadrži ono što se smatra evolucijski konzerviranim regionom (ECR).^[17]

Interaktivni proteini

Vezna mjesta faktora transkripcije

Slijedi analiza promotorske regije za FAM149A. Pokazuje niz transkripcija mjesta vezanja faktora koja mogu imati snažan doprinos regulaciji ekspresije gena. Na slici ispod prikazane su lokacije mjesta vezanja. Ta mjesta analizirana su kako bi se pronašle sve moguće jedinstvene funkcije.

Mjesta vezanja transkripcijskih faktora FAM149A

Bilo je mnogo rezultata, ali su odabrani oni sa najvećom sličnošću i najvećom zastupljenošću, jer je najvjerovatnije da će biti prisutni na stvarnom genu. Porodice matriksa od interesa uključuju regulatornu regiju gena za Huntingtonovu bolest, nervni faktor rasta, jedarni respiratorni faktor, gen pleomorfnog adenoma, faktore transkripcije cinkovog prsta i E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa. Mnogi od njih su imali interakcije okretanja kompleksa cinkovih prstiju, što sugerira da bi to moglo biti važno za FAM149A.^[18]

Interaktivni proteini

Proteini koji su u interakciji sa FAM149A.

FAM149A has potential interactions with ZNF385D, C10orf10, PNMAL1, CPN2, C10orf72, VPS13D, and RBMS3.^[19] Na osnovu prethodnih istraživanja o mjestima vezivanja, mnogi su često sugerirali da su uključeni u proteine cinkovih prstiju. Prema rezultatima STRING, drugi najjači asocirajući protein je protein cinkovog prsta 385D. Međutim, ne može se zaključiti da su to jedini proteini koji djeluju u interakciji, jer se čini da postoji malo istraživanja koja uključuju interakcije FAM149A-a. Baza podataka o molekulnoj interakciji (MINT) korištena je kao dodatni izvor za proteinske interakcije. Međutim, FAM149A nije bio u bazi podataka. Na osnovu liste funkcionalnih partnera prema STRING-u, prvih pet također nema u bazi podataka MINT. Druga baza podataka interakcija, I2D Protein-Protein Interaction^[20] pokazala moguću interakciju sa proteinom PRKAG1, ali interakcija je bila slaba.

Ispod je lista proteina koji potencijalno stupaju u interakciju sa FAM149A.

Klinički značaj

Pridružene bolesti

Iako nije u potpunosti povezan, FAM149A je jedan od 15 gena kandidata za doprinos razvoju raka i displazijskih lezija.^[21] Isti rad je takođe zabilježio smanjenje regulacije gena tokom oralnog karcinoma, pružajući mogući put istraživanja.