PTPLAD1

Tirozinski fosfatazoliki protein PTPLAD1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom PTPLAD1.^[5][6][7] Sabbah et al. (2006) utvrdili su da promotorska regija PTPLAD1 sadrži proksimalne CG kutije i nekoliko mjesta vezivanja za faktore transkripcije.^[8] Patficia Hartz (2014) mapiraka je gen PTPLAD1 na [[hromosom 15|hromosomu 15, sekvenca 15q22.31. na osnovu poravnanja PTPLAD1 sekvence (GenBank AF161470) sa genomskom sekvencom (GRCh38).^[9] Dugolančane masne kiseline (LCFA) mogu se pretvoriti u vrlo dugolančane masne kiseline (VLCFA) pomoću enzima vezanih za endoplazmatski retikulum (ER) u četverostepenom ciklusu kondenzacije, redukcije, dehidracije i dalje redukcije, uz dodavanje 2 ugljika po ciklusu. PTPLAD1 pripada porodici enzima koji kataliziraju korak dehidracije sinteze VLCFA (sažetak Ikeda et al., 2008).

PTPLAD1
Identifikatori
Aliasi	HACD3
Vanjski ID-jevi	OMIM: 615940 MGI: 1889341 HomoloGene: 9494 GeneCards: HACD3
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 15 (čovjek)[1] Bend 15q22.31 Početak 65,530,418 bp[1] Kraj 65,578,349 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 9 (miš)[2] Bend 9|9 C Početak 64,894,265 bp[2] Kraj 64,928,975 bp[2]
Ontologija gena Molekularna funkcija • GO:0005097, GO:0005099, GO:0005100 GTPase activator activity • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • lyase activity • vezivanje enzima • 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity • 3-hydroxy-lignoceroyl-CoA dehydratase activity • 3-hydroxy-behenoyl-CoA dehydratase activity • 3-hydroxy-arachidoyl-CoA dehydratase activity • very-long-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity Ćelijska komponenta • integral component of membrane • Jedarna membrana • endoplasmic reticulum membrane • membrana • focal adhesion • Endoplazmatski retikulum • mitohondrija • citosol • integral component of endoplasmic reticulum membrane Biološki proces • positive regulation by virus of viral protein levels in host cell • lipid metabolism • small GTPase mediated signal transduction • fatty acid metabolic process • JNK cascade • fatty acid biosynthetic process • very long-chain fatty acid biosynthetic process • Rho protein signal transduction • fatty acid elongation • positive regulation of viral genome replication • Rac protein signal transduction • I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • GO:0032320, GO:0032321, GO:0032855, GO:0043089, GO:0032854 positive regulation of GTPase activity • sphingolipid biosynthetic process Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	51495	57874
Ensembl	ENSG00000074696	ENSMUSG00000033629
UniProt	Q9P035	Q8K2C9
RefSeq (mRNK)	NM_016395	NM_021345
RefSeq (bjelančevina)	NP_057479	NP_067320
Lokacija (UCSC)	Chr 15: 65.53 – 65.58 Mb	Chr 9: 64.89 – 64.93 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 362 aminokiseline, a molekulska težina 43.160 Da.^[10]

10		20		30		40		50
MENQVLTPHV		YWAQRHRELY		LRVELSDVQN		PAISITENVL		HFKAQGHGAK
GDNVYEFHLE		FLDLVKPEPV		YKLTQRQVNI		TVQKKVSQWW		ERLTKQEKRP
LFLAPDFDRW		LDESDAEMEL		RAKEEERLNK		LRLESEGSPE		TLTNLRKGYL
FMYNLVQFLG		FSWIFVNLTV		RFCILGKESF		YDTFHTVADM		MYFCQMLAVV
ETINAAIGVT		TSPVLPSLIQ		LLGRNFILFI		IFGTMEEMQN		KAVVFFVFYL
WSAIEIFRYS		FYMLTCIDMD		WKVLTWLRYT		LWIPLYPLGC		LAEAVSVIQS
IPIFNETGRF		SFTLPYPVKI		KVRFSFFLQI		YLIMIFLGLY		INFRHLYKQR
RRRYGQKKKK		IH

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Korištenje mišjeg Bind1 za ispitivanje cDNK biblioteke ljudskog mozga, Courilleau et al. (2000) klonirali PTPLAD1, koji su označili BIND1. Izvedeni protein od 370 aminokiselina ima značajnu sličnost sa PTPLA i p23 (PTGES3). Northern blot analiza otkrila je varijabilnu ekspresiju Bind1 u svim ispitivanim tkivima miša, s najvećom ekspresijom u sjemenicima, bubrezima, mozgu i jetri, a znatno nižom u skeletnim mišićima, slezeni i srcu. Ortolozi PTPLAD1 otkriveni su u C. elegans' (obla glista) i S. cerevisiae (kvasac) PCR-om biblioteke cDNK u ćelijama HEK293, Ikeda et al. (2008) klonirali su PTPLAD1, kojeg su označili kao HACD3. Izvedeni protein od 362 aminokiseline ima šest transmembranskih domena i PTP-sličan motiv između transmembranskih domena 2 i 3. Northern blot analizom otkrivena je varijabilna ekspresija prevladavajućeg transkripta HACD3 od 3,2 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, osim u leukocitima. Najjača ekspresija bila je u mozgu, bubrezima, jetri i posteljici. Epitop-označen kao HACD3 eksprimiran je u ER-u transficiranih HeLa ćelija.

Funkcija gena

Natrij-butirat je reverzibilni inhibitor histon-deacetilaze, što rezultira hiperacetilacijom histona i promjenama u ekspresiji gena da inducira diferencijaciju i inhibira proliferaciju ćelija. Korištenjem PCR analize diferencijalnog prikaza, Courilleau et al. (2000) otkrili su da natrij-butirat inducira ekspresiju mišjeg Bind1. Ljudski BIND1 je direktno stupio u interakciju s RAC1 u transficiranim ćelijama i potencirao RAC1-induciranu aktivaciju NFKB i JNK.^[11]

Koristeći analizu delecija, Sabbah et al. (2006) identificirali su elemente u ljudskom BIND1 promotoru koji su posredovali njegovu aktivaciju inhibitorima HDAC. Ikeda et al. (2008) otkrili su da je afinitet HACD3 pročišćen iz transficiranih HeLa ćelija pretvorio 3-hidroksipalmitoil-CoA u 2,3-trans heksadecenoil-CoA. Ostali članovi porodice enzima HACD, uključujući HACD1 (PTPLA), HACD2 (PTPLB) i HACD4 (PTPLAD2), pokazali su istu aktivnost, ali svaki je imao različit afinitet i brzinu reakcije. Analiza koimunoprecipitacije transficiranih ćelija HEK293T otkrila je da HACD3 preferira interakciju s nekoliko enzima kondenzacije FA , vjerovatno u kompleksu FA elongaze.^[12]