RAD23B

Homolog B UV-ekscizijskog popravka proteina RAD23 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom RAD23B sa hromosoma 9.^[5][6]

RAD23B
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 1P1A, 1PVE, 1UEL
Identifikatori
Aliasi	RAD23B
Vanjski ID-jevi	OMIM: 600062 MGI: 105128 HomoloGene: 37704 GeneCards: RAD23B
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 9 (čovjek)[1] Bend 9q31.2 Početak 107,283,137 bp[1] Kraj 107,332,192 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 4 (miš)[2] Bend 4|4 B3 Početak 55,350,043 bp[2] Kraj 55,392,237 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • single-stranded DNA binding • oštećeno vezivanje sa DNK • polyubiquitin modification-dependent protein binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • ubiquitin binding • proteasome binding Ćelijska komponenta • XPC complex • Proteasom • jedro • nukleoplazma • citoplazma • citosol Biološki proces • cellular response to DNA damage stimulus • Popravak ekscizijom nukleotida • global genome nucleotide-excision repair • nucleotide-excision repair, DNA damage recognition • Spermatogeneza • embryonic organ development • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process • regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process • GO:0100026 Popravka DNK • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly • Savijanje proteina • protein deubiquitination • cellular response to interleukin-7 • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	5887	19359
Ensembl	ENSG00000119318	ENSMUSG00000028426
UniProt	P54727 Q5W0S4	P54728
RefSeq (mRNK)	NM_002874 NM_001244713 NM_001244724	NM_009011
RefSeq (bjelančevina)	NP_001231642 NP_001231653 NP_002865	NP_033037
Lokacija (UCSC)	Chr 9: 107.28 – 107.33 Mb	Chr 4: 55.35 – 55.39 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 409 aminokiselina, a molekulska težina 43.171 Da.^[6]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MQVTLKTLQQ		QTFKIDIDPE		ETVKALKEKI		ESEKGKDAFP		VAGQKLIYAG
KILNDDTALK		EYKIDEKNFV		VVMVTKPKAV		STPAPATTQQ		SAPASTTAVT
SSTTTTVAQA		PTPVPALAPT		STPASITPAS		ATASSEPAPA		SAAKQEKPAE
KPAETPVATS		PTATDSTSGD		SSRSNLFEDA		TSALVTGQSY		ENMVTEIMSM
GYEREQVIAA		LRASFNNPDR		AVEYLLMGIP		GDRESQAVVD		PPQAASTGAP
QSSAVAAAAA		TTTATTTTTS		SGGHPLEFLR		NQPQFQQMRQ		IIQQNPSLLP
ALLQQIGREN		PQLLQQISQH		QEHFIQMLNE		PVQEAGGQGG		GGGGGSGGIA
EAGSGHMNYI		QVTPQEKEAI		ERLKALGFPE		GLVIQAYFAC		EKNENLAANF
LLQQNFDED

Funkcija

Protein kodiran ovim genom jedan je od dva ljudska homologa Saccharomyces cerevisiae Rad23, proteina uključenog u popravak ekscizijom nukleotida (NER). Utvrđeno je da je ovaj protein komponenta proteinskog kompleksa koji specifično nadopunjuje NER defekt ekstrakta ćelija xeroderma pigmentosum grupe C (XP-c) in vitro. Pokazalo se i da ovaj protein stupa u interakciju sa i podiže ekscizijsku aktivnost 3-metiladenin-DNK glikozilaznog (MPG) nukleotida, što ukazuje na ulogu u prepoznavanju oštećenja DNK u popravci ekscizijom baze. Ovaj protein sadrži N-terminalni domen sličan ubikvitinu, za koji je objavljeno da interragira sa proteasomom 26S, te stoga ovaj protein može biti uključen u proteolitski put u ćelijama, posredovan ubikvitinom.^[7]

Uloga u popravku DNK

Kompleks XPC-RAD23B je početni faktor prepoznavanja oštećenja u globalnom popravku ekscizijom genomskih nukleotida (GG-NER). XPC-RAD23B prepoznaje širok spektar lezija koje termodinamički destabiliziraju DNK duplekse, uključujući UV-inducirane fotoproizvode (ciklopirimidinski dimeri i 6-4 fotoproizvodi), adukte formirane mutagenima iz okoliša, kao što su benzo[a]piren ili različiti aromatski amini, određene oksidativnne endogene lezije kao što su ciklopurini i adukti formirani hemoterapijskim lijekovima protiv raka kao što je cisplatin. Prisustvo XPC-RAD23B je potrebno za sklapanje drugih jedarnih faktora NER i progresiju kroz NER put i in vitro i in vivo.^[8] Although most studies have been performed with XPC-RAD23B, it is part of a trimeric complex with centrin-2, a calcium-binding protein of the calmodulin family.^[8]

Epigenetička represija

Nivo ekspresije proteina RAD23B može biti epigenetički potisnut, bilo promotora metilacije gena RAD23B ^[9][10] ili bilo kojom od dvije mikroRNK (miR -744-3p^[11] ili miR-373.^[12])

Nedostatak RAD23B kod raka

Nedostatak ekspresije gena za popravak DNK povećava rizik od raka (pogledajte nedostatak popravka DNK u karcinogenezi). Ekspresija RAD23B je smanjena u tumorskom tkivu žena sa rakom dojke.^[13] Uočen je i nizak postotak RAD23B pozitivnih jedara kod raka dojke visokog stepena.^[14]

RAD23B je značajno smanjen metilacijama promotora u ćelijskoj liniji koja potiče od multiplog mijeloma.^[9] i smanjen metilacijom promotora u malom udjelu [[rak pluća nemalih ćelija|raka pluća nemalih ćelijaa (NSCLC) tumours.^[10]

Čini se da je RAD23B jedan od 26 gena za popravak DNK koji su epigenetički potisnuti kod različitih karcinoma (vidi Epigenetika raka).

Interakcije

Pokazano je da RAD23B u interakcijama sa PSMD4^[15] i ataksinom 3.^[16]