ZMYM2

MYM-tipski protein 2 cinkovog prsta je protein koji je kod ljudi koriran genom ZMYM2, sa hromosoma 13, 13q12.11, genomske koordinate (GRCh38): 13:19,957.422 – 20,089.114 bp.^[5][6][7]

ZMYM2
Identifikatori
Aliasi	ZMYM2
Vanjski ID-jevi	OMIM: 602221 MGI: 1923257 HomoloGene: 12631 GeneCards: ZMYM2
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 13 (čovjek)[1] Bend 13q12.11 Početak 19,958,677 bp[1] Kraj 20,091,829 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 14 (miš)[2] Bend 14|14 C3 Početak 57,124,110 bp[2] Kraj 57,200,158 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje iona cinka • vezivanje iona metala • ubiquitin conjugating enzyme binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • vezivanje sa DNK • protein tyrosine kinase activity • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine Ćelijska komponenta • citosol • jedro • PML body • citoplazma • nukleoplazma Biološki proces • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • cytoskeleton organization • regulation of cell morphogenesis • multicellular organism development • peptidyl-tyrosine phosphorylation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0022610 biološki proces Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	7750	76007
Ensembl	ENSG00000121741	ENSMUSG00000021945
UniProt	Q9UBW7	Q9CU65
RefSeq (mRNK)	NM_001190964 NM_001190965 NM_003453 NM_197968 NM_001353157 NM_001353159 NM_001353161 NM_001353162 NM_001353163 NM_001353164 NM_001353165	NM_029498 NM_177627 NM_001360643
RefSeq (bjelančevina)	NP_001177893 NP_001177894 NP_003444 NP_932072 NP_001340086 NP_001340088 NP_001340090 NP_001340091 NP_001340092 NP_001340093 NP_001340094	NP_083774 NP_001347572 NP_808295
Lokacija (UCSC)	Chr 13: 19.96 – 20.09 Mb	Chr 14: 57.12 – 57.2 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

ZMYM2 sadrži domen DUF3504, srodan elementu tirozin-rekombinaza (YR) kriptonskih DNK transpozona prisutnih u nižim organizmima. Domen DUF3504 izveden je iz YR elementa kriptona, ali mu nedostaje potpuna katalitska tetrada bitna za aktivnost YR. Proteini koji sadrže domen DUF3504 funkcioniraju kao aktivatori transkripcije ili represori (Kojima i Jurka, 2011).^[8]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.377 aminokiselina, a molekulska težina 154.911 Da.^[9]

10		20		30		40		50
MDTSSVGGLE		LTDQTPVLLG		STAMATSLTN		VGNSFSGPAN		PLVSRSNKFQ
NSSVEDDDDV		VFIEPVQPPP		PSVPVVADQR		TITFTSSKNE		ELQGNDSKIT
PSSKELASQK		GSVSETIVID		DEEDMETNQG		QEKNSSNFIE		RRPPETKNRT
NDVDFSTSSF		SRSKVNAGMG		NSGITTEPDS		EIQIANVTTL		ETGVSSVNDG
QLENTDGRDM		NLMITHVTSL		QNTNLGDVSN		GLQSSNFGVN		IQTYTPSLTS
QTKTGVGPFN		PGRMNVAGDV		FQNGESATHH		NPDSWISQSA		SFPRNQKQPG
VDSLSPVASL		PKQIFQPSVQ		QQPTKPVKVT		CANCKKPLQK		GQTAYQRKGS
AHLFCSTTCL		SSFSHKPAPK		KLCVMCKKDI		TTMKGTIVAQ		VDSSESFQEF
CSTSCLSLYE		DKQNPTKGAL		NKSRCTICGK		LTEIRHEVSF		KNMTHKLCSD
HCFNRYRMAN		GLIMNCCEQC		GEYLPSKGAG		NNVLVIDGQQ		KRFCCQSCVS
EYKQVGSHPS		FLKEVRDHMQ		DSFLMQPEKY		GKLTTCTGCR		TQCRFFDMTQ
CIGPNGYMEP		YCSTACMNSH		KTKYAKSQSL		GIICHFCKRN		SLPQYQATMP
DGKLYNFCNS		SCVAKFQALS		MQSSPNGQFV		APSDIQLKCN		YCKNSFCSKP
EILEWENKVH		QFCSKTCSDD		YKKLHCIVTY		CEYCQEEKTL		HETVNFSGVK
RPFCSEGCKL		LYKQDFARRL		GLRCVTCNYC		SQLCKKGATK		ELDGVVRDFC
SEDCCKKFQD		WYYKAARCDC		CKSQGTLKER		VQWRGEMKHF		CDQHCLLRFY
CQQNEPNMTT		QKGPENLHYD		QGCQTSRTKM		TGSAPPPSPT		PNKEMKNKAV
LCKPLTMTKA		TYCKPHMQTK		SCQTDDTWRT		EYVPVPIPVP		VYIPVPMHMY
SQNIPVPTTV		PVPVPVPVFL		PAPLDSSEKI		PAAIEELKSK		VSSDALDTEL
LTMTDMMSED		EGKTETTNIN		SVIIETDIIG		SDLLKNSDPE		TQSSMPDVPY
EPDLDIEIDF		PRAAEELDME		NEFLLPPVFG		EEYEEQPRPR		SKKKGAKRKA
VSGYQSHDDS		SDNSECSFPF		KYTYGVNAWK		HWVKTRQLDE		DLLVLDELKS
SKSVKLKEDL		LSHTTAELNY		GLAHFVNEIR		RPNGENYAPD		SIYYLCLGIQ
EYLCGSNRKD		NIFIDPGYQT		FEQELNKILR		SWQPSILPDG		SIFSRVEEDY
LWRIKQLGSH		SPVALLNTLF		YFNTKYFGLK		TVEQHLRLSF		GTVFRHWKKN
PLTMENKACL		RYQVSSLCGT		DNEDKITTGK		RKHEDDEPVF		EQIENTANPS
RCPVKMFECY		LSKSPQNLNQ		RMDVFYLQPE		CSSSTDSPVW		YTSTSLDRNT
LENMLVRVLL		VKDIYDKDNY		ELDEDTD

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Xiao i et al. (1998) identificirali su gen ZNF198 kao partnera za translokaciju gena receptora-1 za faktor rasta fibroblasta (FGFR1) u mijeloproliferativnom sindromu 8p11, poznatom i kao sindrom leukemija/limfom matičnih ćelija (SCLL) specifična translokacija hromosoma, t (8; 13) (p11; q11-12). Sekvenca njegove cDNK predviđala je 87,1-kD-ski protein sa četiri netipska cinkova prsta. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju transkripta od 4,5 kb, pri čemu većina tkiva također eksprimira transkripte od 7,5 i 10 kb.^[10]

Smedley i dr. (1998) također su identificirali gen ZNF198, koji su nazvali RAMP, i otkrili da predviđeni protein pokazuje jaku homologiju s proizvodom gena DXS6673E (ZMYM3).^[11]

Reiter et al. (1998) otkrili su da ZNF198 cijele dužine kodira izvedeni protein od 1.377 aminokiselina s izračunatom molekulskom masom od 155 kD. On ima značajnu homologiju sa proizvodima gena DXS6673E i KIAA0425. Poravnavanjem ova tri proteina otkriven je novi konzervirani motiv s cinkovim prstima, MYM domena, koji se ponavljao pet puta u svakom proteinu. ZNF198 takođe ima regiju bogatu prolinom, koja se nalazi C-terminalno do posljednjeg MYM domena. Kunapuli et al. (2006) primijetili su da ZNF198 pune dužine ima C-terminalni kiseli domen koji sadrži navodni signal jedarne lokalizacije.^[12] Koristeći RT-PCR, Kulkarni et al. (1999) otkrili su nekoliko varijanti prerade ZNF198 koje su rezultat alternativnih promotora, preskakanja nekodirajućih egzona 2 i/ili 3 i alternativnog prerađivanja unutar egzona 4, koje smanjuje dužinu predviđenog proteina za 87 aminokiselina.^[13]

Također pogledajte

• Hromosom 13
• Mijeloproliferativna neoplazma
• Cinkov prst