From Wikipedia, the free encyclopedia
PROSER2, znan i kao prolinom i serinom bogti protein 2, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PROSER2. PROSER2 ili otvoreni okvir čitanja 47 hrobosoma 10, nalazi se na pojasu 14 kratkog kraka hromosoma (10p14) i sadrži visoko konzervirani domen SARG.[5] To je brzorazvijajući It gen sa dva paraloga, c1orf116 i specifična androgen-regulirni proteinska izoforma 1.[5][6][7] Protein PROSER2 ima još neokarakteriziranu funkciju, ali, kod ljudi, on može imati ulogu u regulaciji ćelijskog ciklusa, reproduktivnom funkcioniranju i potencijalni je biomarker kancera.[8][9][10][11][12][13]
PROSER2 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | PROSER2 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 2442238 HomoloGene: 51648 GeneCards: PROSER2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 10: 11.82 – 11.87 Mb | Chr 2: 6.1 – 6.14 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Dužina polipeptidnog lanca je 435 aminokiselina, а molekulska težina 45.802 Da.[14]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MPVTHRKSDA | SDMNSDTSPS | CRLRAFSRGG | SLESRSSSSR | SRSFTLDDES | ||||
LKYLTHEEKD | VLLFFEETID | SLDEDFEEPV | LCDGGVCCLC | SPSLEESTSS | ||||
PSEPEDVIDL | VQPAPGAGEA | EGLPEGTQAA | GPAPAGKEHR | KQDAETPPPP | ||||
DPPAPETLLA | PPPLPSTPDP | PRRELRAPSP | PVEHPRLLRS | VPTPLVMAQK | ||||
ISERMAGNEA | LSPTSPFREG | RPGEWRTPAA | RGPRSGDPGP | GPSHPAQPKA | ||||
PRFPSNIIVT | NGAAREPRRT | LSRAAVSVQE | RRAQVLATIH | GHAGAFPAAG | ||||
DAGEGAPGGG | SSPERVARGR | GLPGPAESLR | AGGQAPRGPA | LANGFPSAHE | ||||
ALKSAPSSFA | PAGKSLCFRP | GPALPSTRAR | QSFPGPRQPN | GAQDWRRADS | ||||
LPRPQGITVQ | FAGRGSSEEA | RREALRKLGL | LRESS |
Ovaj gen je dug 48.880 baza sa 3.360 parova baza nakon transkripcije do iRNK.[15][16] PROSER2 ima pet varijanti prerade, od kojih su tri alternativno prerađene, a dvije su neprerađene forme.[17] Sadrži uzvodno uokvirenistop kodon i 2.000 bp dugipromotor.[18]
Kod čovjena, PROSER2 nalazi se na desetom hromosomu (sekvencas 10p14). Orijentiran je na plus lanac DNK i ima pet egzona.[16][19]
Prerađena varijanta | Ime | Dužina sekvence (bp) | Dužina proteina (aa) | Masa (Da) | Tip | Obrazac |
---|---|---|---|---|---|---|
1 – Primarni transkript | PROSER2; c10orf47 | 3360 | 435 | 45,802 | Protein kodirajući
(puna dužina) |
5 egzona; 4 kodirajuća egztona Predviđeno: 1 dimetilirani arginin; 1 omega-N-metilarginin
37 mjesta fosforilacije;[20] 2 SUMO I motiva;[21] 2 mjesta S-palmitoilacije;[22] 2 mjests GalNac O-glikozilacije[23] Izoelektrična tačka: 6,81 Električni naboj: 3,0 |
2 | 1.646 | 341 | Protein kodirajući | 5 egzona; 4 kodirajuća egzona | ||
3 | c10orf47 izoforma CRA_b | 1.232 | 239 | 24.793 | Protein kodirajući | 1 egzon; 1 kodirajući egzon
Izoelektrična tačka: 12.21 Električni naboj: 19,0 |
4 | 476 | 85 | 9.554 | Protein kodirajući | 3 egzona; 2 kodirajuća egzona
3' skraćen u transkriptu; 85. aa je neterminalni ostatak; 85. aa je neterminalni ostatak Izoelektrična tačka: 4,25 Električni naboj: –8,0 | |
5 | 728 | Neproteinski | Prerađeni transkript | 4 egzon; 0 kodiraućih egzona |
Ortologni prostor za PROSER2 je prilično velik, jer je prijavljeno da 143 organizma imaju ortologe sa ljudskim PROSER2. Najdalji ortolog od ljudskog PROSER2 je morski pas slon, Callorhinchus milii. Najdalji srodnici ljudi sa PROSER2 su ribe, uključujući morske pse (hrskavičave ribe). Po tome može se zaključiti da je PROSER2 nastalo kod kičmenjaka.
Ljudski gen PROSER2 ima dva paraloga: otvoreni okvir čitanja c1orf116 i specifičnu izoformu genskog proteina reguliranu androgenima 1.
Više poravnavanja sekvenci pokazalo je da je 3’ kraj dva proteina bogatog prolin-serinom 2 visoko konzerviran u udaljenim i bliskim homolozima. Ove široko konzervirane aminokiseline koje se nalaze u svih primata, sisara, gmizavaca, ptica, vodozemaca, riba i morskih pasa za koje su dostupne sekvence uključuju: R421, G406, V409, A424, L425, L428, G429 i L430. Može se primijetiti da ove visoko konzrvirane aminokiseline obuhvataju veći dio 3’ kraja domena specifično reguliranog androgena genskog proteina (SARG). Kraj 5' proteina bogatog 2 prolin-serinom 2 visoko je konzerviran kod bliskih srodnika ljudi, uključujući sve primate, sisare, gmizavce i ptice za koje su dostupne sekvence. PROSER2 ima ravnomjernu ravnotežu baznih i kiselih ostataka koji su konzervirani u svim homolozima.[26][27]
PROSER2 je brzoevoluirajući gen, sličan fibrinogenskoj podjedinici alfa (FGA). Skoro savršeno se usklađuje sa fibrinogenovom evolucionom historijom i mnogo je udaljeniji od evolucijskog vremenskog slijeda ctohroma C (CYCS) koji evoluira sporije od PROSER2 ili FGA . Duplikacije gena PROSER2 dogodile su se otprilike kod riba koje su divergirale od ljudi prije oko 436,8 miliona godina.
U Homo sapiens, PROSER2 kodira protein 2, bogat prolinom i serinom, koji je dugačak 435 aminokiselina i ima molekulsku težinu od 45.802 Da. Ovaj protein ima prilično neutralnu baznu izoelektričnu tačku od 6,81.[28] Protein 2 bogat prolinom i serinom sadrži konzervirani domen SARG (specifično genski protein reguliran androgenima) koji obuhvata 388 aminokiselina unutar PROSER2. SARG domen pripada porodici gena pfam15385. Njegova prava funkcija tek treba biti razjašnjena, ali se sumnja na androgene receptore, jer je reguliran prema gore u prisutnosti androgena, ali ne i glukokortikoida.[29] SARG domen je visoko eksprimiran u prostati, gde je također prijavljen PROSER2.[8]
Obrasci | Lokacija |
---|---|
Ser-bogata regija | aa 8–43 |
Regija niske kompleksnosti | aa 27–43 |
Regija niske kompleksnosti | aa 87–105 |
Regija niske kompleksnosti | aa 113–126 |
Regija niske kompleksnosti | aa 143–171 |
Pro-bogata regija | aa 147–254 |
Regija niske kompleksnosti | aa 228–246 |
Regija niske kompleksnosti | aa 291–310 |
SARG Domen
(Specifični androgen-regulirani gen protein) |
aa 44–433 |
PROSER2 sadrži 35 predviđenih mjesta fosforilacije serina, kao i dva predviđena mjesta fosforilacije treoninana konzerviranim ostacima.[20] Predviđa se i da sadrži i dva motiva interakcije SUMO-a, dva mjesta S-palmitoilacije, kao i dva mjesta GalNac O-glikozilacije, koja se nalaze na ili blizu visoko konzerviranih aminokiselina.[21][22][23] Ove modifikacije mogu promijeniti proteina|savijanje]] i funkciju proteina za koji se predviđa da će biti lokaliziran u jedru.[32]
Struktura PROSER2 još je neokarakterizirana. Međutim, vjerojatno će sadržavati četiri alfa-heliksa i pet domena beta-listova koji su konzervirani u svim homolozima sisara.[33] Na temelju strukturnih karakteristika i posttranslacijskih modifikacija, predviđa se da je to topljivi protein koji se izlučuje iz jedra neklasičnim putem sekrecije.[32][34][35]
Funkcija proteina bogatog prolinom i serinom 2 još je nepoznata. Međutim, u nekoliko američkih patenata naveden je kao potencijalni biomarker) raka.[8][9][10][11][12][13]
Prethodni eksperimenti su otkrili da "PROSER2" stupa u interakciju s nekoliko drugih proteina, uključujući: STK24, ESR2, POT1, ACTB i EPS8.[36] Ovi proteini u interakciji su uključeni u kontrolu apoptoze, umnožavanja reproduktivnih ćelija, održavanja telomera, integriteta ćelije i napredovanja ćelijskog ciklusa. Ove interakcije identificiraju PROSER2 kao gen koji je snažno uključen u regulaciju ćelijske diferencijacije i apoptoze.
Ekspresija PROSER2 je izrazito specifična za tkivo, a koja je često niska. Kod ljudi, PROSER2 je najviše eksprimirann u koštanoj srži, fetusnom mozgu, fetusnom bubregu, jetri, fetusnoj jetri, plućima, uključujući i fetusna, limfnim čvorovima, prostati, želucu, timusu i dušniku (ID GEO profil: 69555271). Utvrđeno je i da je visoko eksprimiran u debelom crijevu, sjemenicima, paratiroidnoj žlijezdi i maternici (GEO profil ID: 10034772) . Visoka ekspresija u tkivu testisa i prostate je očekivana, s obzirom na postojanje SARG domena u genu i njegovu povezanost s androgenima. PROSER2 je najmanje eksprimiran u srcu, kičmenoj moždini i nekoliko područja u mozgu odrasle osobe (GEO profil ID: 69555271).PROSER2 ima veću ekspresiju kod pacijenata sa ETP-ALL (rani prekursor akutnih limfoblastnih leukemija T-ćelija), u poređenju sa kontrolama (GEO profil ID: 92018456) i visoko je eksprimiran u primarnim tumorima prostate u usporedbi s benignim i malignim obrascima (GEO profil ID: 14264706). PROSER2 je nedovoljno izražen kod muškaraca s AIS-om (sindrom neosjetljivosti na androgene), što slijedi s prethodno opisane dokaze u vezi s domenom SARG. Utvrđeno je da liječenje dihidrotestosteronom inducirs genitalne fibroblaste da povećaju ekspresiju PROSER2 , što dodatno potvrđuje da je to gen koji reagira na androgene (GEO profil ID: 20808032).[37]
PROSER2 najjače stupa u interakciju sa sljedećim faktorima transkripcije: TATA vezujući proteinski faktor kičmenjaka, cinkov prst ZF5 POZ domene, transkripcijskim regulatorima porodice CTCF i BORIS gena, E2F- myc aktivatorom/regulatorom ćelijskog ciklusa, MYT1 C2HC proteinom cinkovog prsta, SOX/SRY– spol/testis koji određuje i povezani HMG-boksni faktori, CCAAT vezni faktori, HOX-PBX kompleksi i faktori transkripcije C2HC cinkovog prsta 13.[38] Gen SRY je primarni faktor u određivanju formiranja testisa tokom razvoja, pa je logično da bi povezanost PROSER2 s androgenima bila kontrolirana transkripcijskim faktorima u SOX -u /SRY-spol/testis koji određuju spol i srodnici faktora HMG kutije. Aktivator E2F-myc/regulator ćelijskog ciklusa je takođe važan jer Myc je bio uključen u puteve raka, pa ovaj odnos sa njegovim transkripcijskim faktorom pruža dodatne dokaze o ulozi PROSER2 kao potencijalnog biomarkera raka.[8][9][10][11][12][13]
Iako funkcija PROSER2 kod ljudi nije razjašnjena, njegov SARG domen, proteini u interakciji/faktori transkripcije i obrasci ekspresije ukazuju da je PROSER2 uključen u kontrolu ćelijskog ciklusa i apoptozu te da reagira na prirodne androgene. PROSER2 može biti biomarker raka epitelnih ćelija, dojke, prostate, jajniks, pluća, mozga i raka krvi, kako je pokazano u nekoliko američkih patenata.[8][9][10][11][12][13]
Ljudski PROSER2 sadrži sljedeće nekonzervirane jednonukleotidne polimorfizme (SNP-ove) unutar svojih egzona, koji su konzervirani među svim bliskim homolozima: D9N, C21G, G30S, R35Q, R40H, I69T, S71F, L46F, D83N, D109N, K200M, A412V, F345S, T408A i L425P.[39]
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.