Hromosom 10

Hromosome 10 je jedan od 23 para hromosoma kod ljudi. Čovjek normalno ima njegove dvije kopije . Hromosom 10 spans ima oko 133 miliona baznih parova (gradivnog materijala DNK) i uključuje između 4 i 4,5 % ukupne DNK u ćelijama.

Hromosom 10
Par ljudskih hromosoma 10 nakon G-pruganja. Jedan j od majke, drugi od oca
Karakteristike
Dužina (bp)	133,797,422 bp (GRCh38)[1]
Br. gena	706 (CCDS)[2]
Vrsta	Autosom
Pozicija centromere	Submetacentrik[3] (39.8 Mbp)
Kompletan spisak gena
CCDS	Spisak gena
HGNC	Spisak gena
UniProt	Spisak gena
NCBI	Spisak gena
Vanjski preglednici karata
Ensembl	Hromosom 10
Entrez	Hromosom 10
NCBI	Hromosom 10
UCSC	Hromosom 10
Potpune DNK sekvence
RefSeq	NC_000010 (FASTA)
GenBank	CM000672 (FASTA)

Par ljudskih hromosoma 10 u kariogramu muškarca

Geni

Broj gena

Slijede neke od procjena broja gena za ljudski hromosom 10. Budući da istraživači koriste različite pristupe označavanju genoma, njihova predviđanja broja gena na svakom hromosomu variraju (za tehničke detalje pogledajte predviđanje gena). Među različitim projektima, zajednički Projekt konsenzusnog kodiranja (CCDS) zauzima izuzetno konzervativnu strategiju. Dakle, predviđanje broja gena prema CCDS-u predstavlja donju granicu ukupnog broja gena koji kodiraju ljudske proteine.^[4]

Baza podataka	Protein-kodirajući geni	Nkoirajući geni RNK	Pseudogeni	Izvor	Datum objave
CCDS	706	—	—	[2]	2016-09-08
HGNC	708	244	614	[5]	2017-05-12
Ensembl	728	881	568	[6]	2017-03-29
UniProt	750	—	—	[7]	2018-02-28
NCBI	754	842	654	[8][9][10]	2017-05-19

Lista gena

Slijedi djelimična lista gena na ljudskom hromosomu 10. Potpunu listu potražite u linku u informacijskom okviru s desne strane.

• AFAP1L2: Kodira aktinski filament vezan za protein 1 koji liči na 2
• ALL1: Kodira protein leukemije, osjetljivosti akutne limfocitne 1
• ALOX5: Kodira arahidonat 5-lipoksigenazu (procesuira esencijalne masne kiseline u leukotrine, koji suvažni agensi u upalnom odgovoru; također olakšava razvoj i održavanje matičnih ćelija karcinoma, ćelija koje se sporo dijele i za koje se smatra da uzrokuju razne karcinome, uključujući leukemiju).
• ARHGAP21: Kodira rho GTPazno aktivirajući protein 21
• ARID5B: Kodira protein AT-bogatog interaktivnog domena koji sadrži protein 5B
• ARMH3: Armadillo-liki heliksni domen koji sadrži proteine grupe 3
• AS3MT: Kodira enzim arsenit-metiltransferazu
• AVPI1: Kodira arginin vazopresin-pridruženi protein 1
• C10orf67: Kodira otvoreni okvir čitanja 67 hromosoma 10
• C10orf99: Kodira protein otvorenog okvira čitanja 99 hromosoma 10
• CAMK1D: Kodira kalcij/kalmodulin-ovisni protein kinaze ID
• CCAR1: Kodira ciklus ćelijska diobe i regulatora 1 poptoze
• CCDC3: Kodira proteina 3 sa domenom upredene zavojnice
• CCDC186: Kodira protein CCDC186
• CCNY: Kodira ciklin-Y
• CDC123: Kodira protein cikluds ćelijske diobe, homolog 123
• CDH23: Kodira kaderin-oliki protein 23
• CDNF: Kodira moždani dopaminski neurotrofni faktor
• COMMD3-BMI1: Kodira čitanje COMMD3-BMI1
• CUTC: Kodira homeostazu bakra, proteinski homolog cutC
• CXCL12: Kodira hemokinski (C-X-C motiv) ligand 12, SDF-1, scyb12
• DDX50: Kodira helikazu 50DExD-boksa
• DEPP: Kodira decidualni protein induciran progesteronom
• DHX32: Kodira helikazu 32 DEAH-boksa
• DNAJC12: Kodira DnaJ (Hsp40) homolog, porporodice član 12
• DNAJC9: Kodira homolog DnaJ (Hsp40), potporodice c, član 9
• DPYSL4: Kodira dihidropirimidinaza-srodni protein 4
• EBLN1: Kodira protein endogenog bornavirus-olikog nukleoproteina 1
• ECD: Kodira brzekscidnog regulatora ćelijskog ciklusa
• EGR2: Kodira rani odgovor na rast 2 (Krox-20 homolog, Drosophila)
• EIF5AP1: Kodira eukariotsku translaciju inicijacijskog faktora 5A-likog 1
• EPC1: Kodira poboljšavač polikombnog homologa 1
• ERCC6: Kodira nedostatak popravljanja ekscizijskog popravka kod glodara, komplementarna grupa 6
• FAM107B: Kodira proteine sa sličnošću sekvence 107, član B
• FAM13C: Kodira proteine sa sličnošću sekvence 13, član C
• FAM170B: Kodira proteine porodice sa sličnošću sekvence 170, član B
• FAM188A: Kodira proteine porodice sa sličnošću sekvence 88, član A
• FAM213A: Kodira proteine sa sličnošću sekvence porodice 213, član A
• FAM25BP: Kodira protein FAM25
• FAS-AS1: Kodira dugolančane nekodirajuće RNK
• FGFR2: Kodira receptor 2 faktora rasta fibroblasta (bakterijski-eksprimirana kinaza, receptor keratinocitnog faktora rasta, kraniofacijalna disostoza 1, Crouzonov sindrom, Pfeifferov sindrom, Jackson–Weissov sindrom)
• FRA10AC1: Kodira fragilno mjesto, tip folne kiseline
• FRAT1: Kodira regulator WNT-signalizirajućeg puta
• FRAT2: Kodira regulator WNT-signalizirajućeg puta
• FRMPD2: Kodira protein FERM i PDZ koji sadrži domen 2
• GATA3: Kodira transkripcijski faktor GATA3, koji je kritičan za embbrounski razvoj paratireoidne žlijezde, nervne komponene čula sluha i bubrega. Haploinsuficijencija gena podložna je rijetkom poremećaju, zvanom sindrom displazije hipoparatirodizma, gluhoće i bubrega
• GHITM: Kodira hormonom rasta-inducibilni transmembranski protein
• GPRIN2: Kodira G protein-regulirani inducer izrastanja neurita 2
• GTPBP4: Kodira jedarcetov GTP-vezujući protein 4
• HELLS: Kodira limfoid-specifičnu helikazu
• HKDC1: Kodira heksokinazni domen koji sadrži proteine 1
• KIN: Kodira DNK/RNK-vežuči protein KIN17
• MTG1: Kodira mitohondrijsku GTPazu 1
• NPM3: Kodira nukleoplazmin-3
• NRBF2: Kodira jedarni receptor-vežući faktor 2
• NSMCE4A: Kodira ne-SMC element 4, homolog A
• OTUD1: Kodira protein OTU-deubikvitinaza 1
• PAPSS2: Kodira enzime bifunkcijske 3'-fosfoadenozin 5'-fosfosulfat sintaze 2
• PCBD1: Kodira 6-piruvoil-tetrahidropterin sintaza/dimerizacijsi kofaktor hepatocita, jedarni faktor 1 alfa (TCF1)
• PCDH15: Kodira protokadherin 15
• PI4K2A: Kodira fosfatidilinozitol 4-kinazu 2-alfa
• PIP4K2A: Kodira fosfatidilinozitol 5 fosfat 4-kinazni tip-2 alfa
• PITRM1: Kodira pitriluzin-metalopeptidazu 1
• PLEKHS1: Kodira protein plekstrin homologijskog domena, koji sadrži S1
• PLXDC2: Kodira pleksin domen-sadržeči protein 2
• PROSER2: Kodira prolin- i serin-bogti 2 ili c10orf47
• PTEN: Kodira fosfatazu i tenzinski homolog (mutiran u multiplo uznapredovalim kancerima 1)
• RET: Kodira ret protoonkogen (multipla endokrina neoplazija i karcinoma srži štitnjače 1, Hirschsprungova bolest)
• RPP30: Kodira ribonukleazni protein P, podjedinica p30
• RRP12: Kodira procesuiranje rRNK, homolog 12
• RSU1: Kodira ras supresorski protein 1
• SGPL1: Kodira sfingozin-1-fosfanu lijazu 1
• SMNDC1: Kodira preživlavanje motornog neuronskog domena, koji sadrži proteine 1
• SPG9: Kodira protein spazamske paraplegije 9 (autosomno dominantne)
• SRGN: Kodira serglicin
• STAMBPL1: Kodira STAM-vežući proteinoliki 1
• STOX1: Kodira protein Storkheadovog boksa 1
• SUPV3L1: Kodira Suv3-oliku RNK-helikazu
• TACC2: Kodira protein transformirafuće kisele savijene zavojnice koja sadrži protein 2
• TBC1D12: Kodira proteine porodice TBC1-domena, član12
• TCTN3: Kodira porodicu strukturnih proteina, član 3
• TMEM10: Kodira opalin
• TMEM26: Kodira transmembranski protein 26
• TMEM72: Kodira transmembranski protein 72
• UCN3: Kodira urokortin-3
• UROS: Kodira uroporfirinogen III sintazu (kongenitalna eritropoetska porfrjia)
• USMG5: Kodira nadregulaciju tokom rasta skeletnih mišića, protein faktora rasta 5
• USP6NL: Kodira USP6 N-kraj-oliki protein
• UTF1: Kodira transkripcijski faktor 1 nediferenciranih embrionskih cćelija
• VIM-AS1: Kodira VIM-antisens RNK 1
• WASHC2C: Kodira WASH-kompleks, podjedinica 2C
• WBP1L: Kodira WW-domen vežuči protein 1-liki
• ZNF37A: Kodira protein cinkovog prsta 37A
• ZNF438: Kodira protein cinkovog prsta 438
• ZRANB1: Kodira protein cinkovog prsta ranbp2-tip, koji sadrži proteine grupe 1

Bolesti i poremećaji

Sljedeće bolesti povezane su s genima na hromosomu 10:

• Apertov sindrom
• Barakatov sindrom
• Beare-Stevensonov sindrom kutis girata
• Charcot-Marie-Toothova bolest
• Cockayneov sindrom
• Cowdenov sindrom
• Crouzonov sindrom
• Genitopatelni sindrom
• Hermansky-Pudlakov sindrom
• Hirschprungova bolest
• Jackson–Weissov sindrom
• Kongenitalna eritropoetska porfirija
• Multiformni glioblastom
• Multipla endokrina neoplazija tip 2
• Nedostatak tetrahidrobiopterina
• Nesindromna gluhoća
• Pfeifferov sindrom
• Porfirija
• Spondiloepimetafizna displazija pakistanski tip
• Thiel-Behnkeova distrofija rožnjače
• Usherov sindrom
• Wolmanov sindrom
• Young-Simpsonov sindrom

Citogenetičke pruge

Isdiogram G-pruganog ljudskog hromosoma 10

Idiogram G-pruganog ljudskog hromosoma 10 u rezoluciji 850 bphs. Dužina pruga na ovom dijagramu proporcionalna je dužini osnovnog para. Ovaj tip idiograma obično se koristi u pretraživačima genoma (npr. Ensembl, UCSC pretraživač genoma.

Obrazac G-pruganja ljudskog hromosoma 10 u tri različite rezolucije (400,^[11] 550^[12] and 850^[13]). Band length in this diagram is based on the ideograms from ISCN (2013).^[14] Ovaj tip idiograma predstavlja stvarnu relativnu dužinu pruga uočenih pod mikroskopom u različitim fazama tokom procesa mitoze.^[15]

G-pruge ljudskog hromosoma 10 u rezoluciji 850 bphs^[13]

Hromosom	Kraci: "p" – kratki ; "q" – dugi	Band[16]	ISCN start[17]	ISCN stop[17]	Bazni par start	Bazni par stop	Boja	Gustoća
10	p	15.3	0	229	7000100000000000000♠1	7006300000000000000♠3.000.000	gneg
10	p	15.2	229	329	7006300000100000000♠3.000.001	7006380000000000000♠3.800.000	gpos	25
10	p	15.1	329	630	7006380000100000000♠3.800.001	7006660000000000000♠6.600.000	gneg
10	p	14	630	917	7006660000100000000♠6.600.001	7007122000000000000♠12.200.000	gpos	75
10	p	13	917	1175	7007122000010000000♠12.200.001	7007173000000000000♠17.300.000	gneg
10	p	12.33	1175	1361	7007173000010000000♠17.300.001	7007183000000000000♠18.300.000	gpos	75
10	p	12.32	1361	1432	7007183000010000000♠18.300.001	7007184000000000000♠18.400.000	gneg
10	p	12.31	1432	1604	7007184000010000000♠18.400.001	7007223000000000000♠22.300.000	gpos	75
10	p	12.2	1604	1662	7007223000010000000♠22.300.001	7007243000000000000♠24.300.000	gneg
10	p	12.1	1662	1891	7007243000010000000♠24.300.001	7007293000000000000♠29.300.000	gpos	50
10	p	11.23	1891	2063	7007293000010000000♠29.300.001	7007311000000000000♠31.100.000	gneg
10	p	11.22	2063	2235	7007311000010000000♠31.100.001	7007342000000000000♠34.200.000	gpos	25
10	p	11.21	2235	2406	7007342000010000000♠34.200.001	7007380000000000000♠38.000.000	gneg
10	p	11.1	2406	2621	7007380000010000000♠38.000.001	7007398000000000000♠39.800.000	acen
10	q	11.1	2621	2850	7007398000010000000♠39.800.001	7007416000000000000♠41.600.000	acen
10	q	11.21	2850	3051	7007416000010000000♠41.600.001	7007455000000000000♠45.500.000	gneg
10	q	11.22	3051	3252	7007455000010000000♠45.500.001	7007486000000000000♠48.600.000	gpos	25
10	q	11.23	3252	3409	7007486000010000000♠48.600.001	7007511000000000000♠51.100.000	gneg
10	q	21.1	3409	3753	7007511000010000000♠51.100.001	7007594000000000000♠59.400.000	gpos	100
10	q	21.2	3753	3839	7007594000010000000♠59.400.001	7007628000000000000♠62.800.000	gneg
10	q	21.3	3839	4097	7007628000010000000♠62.800.001	7007688000000000000♠68.800.000	gpos	100
10	q	22.1	4097	4469	7007688000010000000♠68.800.001	7007731000000000000♠73.100.000	gneg
10	q	22.2	4469	4655	7007731000010000000♠73.100.001	7007759000000000000♠75.900.000	gpos	50
10	q	22.3	4655	4970	7007759000010000000♠75.900.001	7007803000000000000♠80.300.000	gneg
10	q	23.1	4970	5200	7007803000010000000♠80.300.001	7007861000000000000♠86.100.000	gpos	100
10	q	23.2	5200	5331	7007861000010000000♠86.100.001	7007877000000000000♠87.700.000	gneg
10	q	23.31	5331	5558	7007877000010000000♠87.700.001	7007911000000000000♠91.100.000	gpos	75
10	q	23.32	5558	5672	7007911000010000000♠91.100.001	7007923000000000000♠92.300.000	gneg
10	q	23.33	5672	5887	7007923000010000000♠92.300.001	7007953000000000000♠95.300.000	gpos	50
10	q	24.1	5887	5973	7007953000010000000♠95.300.001	7007975000000000000♠97.500.000	gneg
10	q	24.2	5973	6131	7007975000010000000♠97.500.001	7008100100000000000♠100.100.000	gpos	50
10	q	24.31	6131	6202	7008100100001000000♠100.100.001	7008101200000000000♠101.200.000	gneg
10	q	24.32	6202	6317	7008101200001000000♠101.200.001	7008103100000000000♠103.100.000	gpos	25
10	q	24.33	6317	6374	7008103100001000000♠103.100.001	7008104000000000000♠104.000.000	gneg
10	q	25.1	6374	6646	7008104000001000000♠104.000.001	7008110100000000000♠110.100.000	gpos	100
10	q	25.2	6646	6761	7008110100001000000♠110.100.001	7008113100000000000♠113.100.000	gneg
10	q	25.3	6761	6890	7008113100001000000♠113.100.001	7008117300000000000♠117.300.000	gpos	75
10	q	26.11	6890	7090	7008117300001000000♠117.300.001	7008119900000000000♠119.900.000	gneg
10	q	26.12	7090	7219	7008119900001000000♠119.900.001	7008121400000000000♠121.400.000	gpos	50
10	q	26.13	7219	7506	7008121400001000000♠121.400.001	7008125700000000000♠125.700.000	gneg
10	q	26.2	7506	7721	7008125700001000000♠125.700.001	7008128800000000000♠128.800.000	gpos	50
10	q	26.3	7721	8050	7008128800001000000♠128.800.001	7008133797422000000♠133.797.422	gneg

Oznake: gpos – Regija koja je pozitivno obojena G-pruganjem, uglavnom AT-bogata i siromašna genima; gneg – Regija koja je negativno obojena G-prugama, općenito CG-bogata i bogata genima; acen Centromere; var – Varijabilna regija; stalk – drška.