FANCE

Protein komplemenrntarne grupe E Fanconijeve anemije jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FANCE sa hromosoma 6.^[5][6][7] Kompementarna grupa C Fanconijeve anemije (FANC) uključuje FANCA, FANCB, FANCC, FANCD1 (također zvana BRCA2), FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG i FANCL. Fanconijeva anemija je genetički heterogeni recesivni poremećaj karakteriziran citogenetičkom nestabilnošću, preosjetljivošću na agense za umrežavanje DNK, povećanim lomovima hromosoma i defektnim popravkom DNK. Članovi komplementarne grupe za Fanconijevu anemiju ne dijele sličnost sekvenci; oni su povezani svojim sklapanjem u zajednički jedarni proteinski kompleks. Ovaj gen kodira protein za komplementaciju grupe fcrp E.^[7]

FANCE
Dostupne strukture PDB Pretraga Human UniProta: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 2ILR
Identifikatori
Aliasi	FANCE
Vanjski ID-jevi	OMIM: 613976 MGI: 1920025 HomoloGene: 11066 GeneCards: FANCE
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 6 (čovjek)[1] Bend 6p21.31 Početak 35,452,338 bp[1] Kraj 35,467,104 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 17 (miš)[2] Bend 17|17 A3.3 Početak 28,532,493 bp[2] Kraj 28,545,546 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • molekularna funkcija • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine Ćelijska komponenta • Fanconi anaemia nuclear complex • jedro • nukleoplazma Biološki proces • interstrand cross-link repair • cellular response to DNA damage stimulus • GO:0100026 Popravka DNK Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	2178	72775
Ensembl	ENSG00000112039	ENSMUSG00000007570
UniProt	Q9HB96	n/a
RefSeq (mRNK)	NM_021922	NM_001163819 NM_001163820 NM_028348
RefSeq (bjelančevina)	NP_068741	n/a
Lokacija (UCSC)	Chr 6: 35.45 – 35.47 Mb	Chr 17: 28.53 – 28.55 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Jedrov kompleks koji sadrži protein FANCE (kao i FANCC, FANCF i FANCG) neophodan je za aktivaciju proteina FANCD2 u monoubikvitiniranoj izoformi.^[8] U normalnim, nemutantnim ćelijama, FANCD2 je monoubikvitiniran, kao odgovor na oštećenje DNK. FENCE zajedno sa FANCC djeluje kao adapter supstrata za ovu reakciju ^[9] Aktivirani protein FANCD2 kolokalizuje se sa BRCA1 (proteinom osjetljivosti na rak dojke) u žarištima izazvanim ionizirajućim zračenjem i u sinaptonemskim kompleksima hromosoma u mejozi. Aktivirani protein FANCD2 može funkcionirati prije inicijacije mejotskih rekombinacija, možda za pripremu hromosoma za sinapse ili za regulaciju naknadnih događaja rekombinacije.^[8]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 536 aminokiselina, a molekulska težina 58.711 Da.^[7]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MATPDAGLPG		AEGVEPAPWA		QLEAPARLLL		QALQAGPEGA		RRGLGVLRAL
GSRGWEPFDW		GRLLEALCRE		EPVVQGPDGR		LELKPLLLRL		PRICQRNLMS
LLMAVRPSLP		ESGLLSVLQI		AQQDLAPDPD		AWLRALGELL		RRDLGVGTSM
EGASPLSERC		QRQLQSLCRG		LGLGGRRLKS		PQAPDPEEEE		NRDSQQPGKR
RKDSEEEAAS		PEGKRVPKRL		RCWEEEEDHE		KERPEHKSLE		SLADGGSASP
IKDQPVMAVK		TGEDGSNLDD		AKGLAESLEL		PKAIQDQLPR		LQQLLKTLEE
GLEGLEDAPP		VELQLLHECS		PSQMDLLCAQ		LQLPQLSDLG		LLRLCTWLLA
LSPDLSLSNA		TVLTRSLFLG		RILSLTSSAS		RLLTTALTSF		CAKYTYPVCS
ALLDPVLQAP		GTGPAQTELL		CCLVKMESLE		PDAQVLMLGQ		ILELPWKEET
FLVLQSLLER		QVEMTPEKFS		VLMEKLCKKG		LAATTSMAYA		KLMLTVMTKY
QANITETQRL		GLAMALEPNT		TFLRKSLKAA		LKHLGP

Ekspresija gena

Navodi se da je FANCE eksprimiran u 151 organu sa najvišim nivoom u ženskim gonadama.^[10]

Hromosomska lokacija

Lokacija gena je u regiji 6p21.31, gdje je p kratki krak hromosoma 6 na poziciji 21.31^[11]

Lokacija na molekulskom nivou je u parovima baza od 35,452.339 do 35,467.106 na hromosomu 6 (Homo sapiens anotacija, iedicija 109, GRCh38.p12) ^[11]

Karakteristike proteina

Glavni kompleks FA sadrži jedarni kompleks sa više podjedinica 8 FA proteina.^[12] Ovo dodaje jedan sveprisutni lanac FANCD2 nakon oštećenja DNK ili dupliranog pritiska.^[13]

Za prikupljanje FANCC-a, FANCE je važan u jedru i prikupljanju jedarnog kompleksa. Neke karakteristike FANCE-a su da se može postaviti sa ubikvitinirani FANCD2, BRCA2 i konstruisanim jedarnim žarištima. Također, pošto je jedini član koji pokazuje direktnu vezu sa FANCD2 i daje potrebne veze između FA jedarnog kompleksa i FANCD2.^[14]

Struktura FANCE-a ima epitop na svojoj površini za koji je utvrđeno da je važno za njegovo vezivanje sa FANCD2. Postojanje rekurentnog spiralnog motiva nije bilo jasno kada su rađene analize aminokiselina.

Struktura proteina

Sastoji se od 13 α-heliksa, 1 3₁₀-heliksa i bez β-lanca. Dugog oblika, neglobularnog oblika i veličine 70 Å n. Širina 30 Å i debljina 20 Å. Protein se neprekidno savija desno od N- do C-terminala. Lako ga je prepoznati zbog njegovih spirala na kraju C-kraja.^[14]

Funkcija

Obnavlja unakrsne veze DNK i potreban je za jedarnu akumulaciju FANCC-a, isporučujući kritični most između FA kompleksa i FANCD2.^[15]

Miševi s nedostatkom FANCE-a pokazuju smanjeni broj oocita i poremećaj profaza I mejoze^[16] što ukazuje da FANCE ima suštinsku ulogu u mejozi.

Aplikacije

• FANCE ima svoju primjenu u Western-blotiranju i IHC-P (Imunohistohemiji) gdje je predviđena molekulska težina bila 58 kDa u Western blot-u i oporavak antigena sa citratnim puferom pH6 je obavljen prije početaka IHC-P.^[15]
• FANCE se također koristi u gensko mapiranje, ovdje mapiranje homozigotnosti, gdje je spojen sa 3 DNK ćelije koje će pomoći u izračunavanju osjetljivosti na kompozite mitomicina C, DNK križanja-vezujućeg agensa (Sigma). Zatim se ispituje upotreba mikrosatelitskih markera D6S422 i D6S1610,^[17] za povezivanje. Iz ovoga se hromosomska regija na hromosomu 6p nalazi za FANCE.^[17]
• Imunoblotiranje je pokazalo da mutanti FANCE-L348M i FANCE-E263K pokazuju podjelu u jedarnoj membrani FA-E EUFA409 LCL što ukazuje da, bez obzira na to da FANCE ima navodne signale jedarne lokalizacije,^[18] ograničava se prvenstveno na jedro.^[19]

Interakcije

Pokazalo se da FANCE interraguje sa:

• FANCA,^{[12][19][20][21]}
• FANCD2,^[20][22][23]
• FANCF^[20][24]
• FANCG,^[12][19][20] i
• FANCC.^{[12][19][20][22][24]}