NDFIP2

Protein 2 porodice NEDD4 je protein koji je kod ljudi kodiran genom NDFIP2 sa hromosoma 13. Citogenetička lokacija gena je 13q31.1, a genomske koordinate (GRCh38): 13:79,481.154 – 79,556.076 (prema NCBI).

NDFIP2
Identifikatori
Aliasi	NDFIP2
Vanjski ID-jevi	OMIM: 610041 MGI: 1923523 HomoloGene: 12636 GeneCards: NDFIP2
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 13 (čovjek)[1] Bend 13q31.1 Početak 79,481,124 bp[1] Kraj 79,556,077 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 14 (miš)[2] Bend 14|14 E2.3 Početak 105,496,008 bp[2] Kraj 105,546,732 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • signal transducer activity • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • WW domain binding Ćelijska komponenta • citoplazma • integral component of membrane • endozom • Golđijev aparat • multivesicular body membrane • intracellular membrane-bounded organelle • membrana • Golđijeva membrana • Endoplazmatski retikulum • mitohondrija • perinuklearno područje citoplazme • endosome membrane Biološki proces • negative regulation of gene expression • negative regulation of protein transport • positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • positive regulation of protein ubiquitination • negative regulation of transporter activity • GO:0072468 Transdukcija signala • vacuolar transport • GO:0070839 metal ion transport Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	54602	76273
Ensembl	ENSG00000102471	ENSMUSG00000053253
UniProt	Q9NV92	Q91ZP6
RefSeq (mRNK)	NM_001161407 NM_019080 NM_001394685	NM_001190989 NM_029561
RefSeq (bjelančevina)	NP_001154879 NP_061953	n/a
Lokacija (UCSC)	Chr 13: 79.48 – 79.56 Mb	Chr 14: 105.5 – 105.55 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Utvrđeno je da gen NDFIP2 sadrži sedam egzona i raspon od 69,8 kb. Promotorska regija ima više mjesta vezivanja za transkripcijske faktore, uključujući NFAT1 (NFATC2) i ELK1.^[5][6][7]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 336 aminokiselina, a molekulska težina 36.390 Da.^[8]

10		20		30		40		50
MARRRSQRVC		ASGPSMLNSA		RGAPELLRGT		ATNAEVSAAA		AGATGSEELP
PGDRGCRNGG		GRGPAATTSS		TGVAVGAEHG		EDSLSRKPDP		EPGRMDHHQP
GTGRYQVLLN		EEDNSESSAI		EQPPTSNPAP		QIVQAASSAP		ALETDSSPPP
YSSITVEVPT		TSDTEVYGEF		YPVPPPYSVA		TSLPTYDEAE		KAKAAAMAAA
AAETSQRIQE		EECPPRDDFS		DADQLRVGND		GIFMLAFFMA		FIFNWLGFCL
SFCITNTIAG		RYGAICGFGL		SLIKWILIVR		FSDYFTGYFN		GQYWLWWIFL
VLGLLLFFRG		FVNYLKVRNM		SESMAAAHRT		RYFFLL

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Sekvenciranjem klonova dobijenih iz biblioteke cDNK frakcionirane veličine mozga, Hirosawa et al. (1999) klonirali NDFIP2, koji su označili kao KIAA1165. 3' UTR cDNK sadrži kratki isprekidani jedarni element. RT-PCR ELISA test otkrio je umjerenu ekspresiju u mozgu, jetri, bubrezima i kimenoj moždini odraslih, te u fetusnom mozgu i jetri. Ekspresija je bila niska u srcu odraslih, skeletnim mišićima, gušterači i jajnicima, s malo ili bez ekspresije u plućima, slezeni i sjemenicima. Visoka ekspresija otkrivena je u kaudalnom jezgru i hipokampusu, s umjerenim nivoima u svim drugim specifičnim regijama mozga. Hirosawa, M., Nagase, T., Ishikawa, K., Kikuno, R., Nomura, N., Ohara, O. Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain. DNA Res. 6: 329-336, 1999. PubMed: 10574461</ref>

Analizom mikročipova, Cristillo et al. (2003) identifikovali su NDFIP2, koji su nazvali N4WBP5A, kao gen koji je reguliran nakon aktivacije T-ćelija i snižen imunosupresivnim agensima. Klonirali su N4WBP5A analizom baze podataka i RT-PCR-om ukupne RNK leukocita ljudske periferne krvi. Izvedeni protein od 242 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od 27,1 kD. Ima tri navodna transmembranska segmenta u C-terminalnoj polovini, dva pretpostavljena motiva vezana za WW bogata prolinom (PPxY), nekoliko mjesta vezivanja SH2 i SH3 i nekoliko mjesta fosforilacije serina i treonina. Northern blot analiza otkrila je transkript od 4,4 kb u mozgu i plućima te transkripte od 4,4 i 2,4 kb u srcu, skeletnim mišićima, bubrezima, jetri i posteljici. Ekspresija nije otkrivena u leukocitima periferne krvi u mirovanju. Fluorescento označeni i endogeni N4WBP5A kolokaliziran je s Golgijevim markerom i djelimično kolokaliziran s mitohondrijama i markerima endoplazmatskog retikuluma. Western blot analiza otkrila je N4WBP5A, pri prividnoj molekulskoj masi od 29 kD.

Konstas et al. (2002) klonirani mišji N4wbp5a. Mišji i ljudski proteini dijele više od 90% identiteta. Northern blot analiza otkrila je najveću ekspresiju N4wbp5a u mozgu, jetri, bubrezima i testisima miša. Imunohistokemijska analiza bubrega štakora otkrila je N4wbp5a u distalnim izuvijanim tubulama i ćelijama [[sabirni kanaal|sabirnćih kanala, gdje se lokalizirao u citosolu, uglavnom na bazolateralnoj strani. Bojenje je također otkriveno u perijedarnim regijama i unutar struktura nalik vezikulama. Vanjski i unutrašnji medulski sabirni kanali također su pokazali snažno unutarćelijsko obojenje.^[9]

Funkcija gena

Koristeći eksperimente koimunoprecipitacije, Cristillo et al. (2003) pokazali su da N4WBP5A stupa u interakciju s WW domenima NEDD4, ubikvitin-ligaze E3. Budući da je N4WBP5A bio pojačano reguliran u aktiviranim T-limfocitima, sugerirali su da N4WBP5A može imati regulatornu ulogu u moduliranju aktivnosti NEDD4 u T-ćelijama Golgijevog aparata.^[10]

Konstas et al (2002) otkrili su da ekspresija sisarskog N4wbp5a u oocitima u rodu Xenopus povećava površinsku ekspresiju amilorid-osjetljivog epitelnog natrijevog kanala (ENaC), smanjenjem brzine pronalaženja ENaC-a. N4wbp5a je spriječio natrijsku povratnu inhibiciju ENaC-a, vjerovatno ometajući regulaciju ENaC-a, posredovanu Nedd4-2 (NEDD4L). Predložili su da N4WBP5A regulira dostupnost i promet NEDD4/NEDD4-2, a Shearwin-Whyatt et al. (2004) pokazali su da su oba PPxY motiva N4wbp5a sisara vezana za WW domen Nedd4 i nekoliko proteina porodice Nedd4. Sveprisutnost N4wbp5a pojačana je Nedd4-om i Nedd4-2, ali ubikvitinacija nije značajno utjecala na promet proteina N4wbp5a. Ektopijskna ekspresija N4wbp5a u HeLa želijama inhibirala je receptor-posredovanu endocitozu obilježenog epidermalnog faktora rasta (EGF), a prekomjerna ekspresija N4wbp5a inhibirala je nakupljanje EGF-a u velikim endocitnim/lizosomnim vezikulama. Shearwin-Whyatt et akl. (2004) predložili su da N4WBP5A djeluje kao adapter za regrutiranje ubikvitin-proteinskih ligaza iz porodice NEDD4 u mehanizmima za promet proteina.^[11]

Interakcije

Pokazano je da NDFIP2 komuniciraju sa NEDD4.^[12]