XPB

XPB (xeroderma pigmentosum tip B) je ATP-ovisna DNK helikaza , kod ljudi koji je dio kompleksa transkripcijskog faktora TFIIH, Kod ljudi, gen XPB nalazi se na hromosomu 2.

ERCC3
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 4ERN, 5IY9, 5IVW, 5IY7, 5IY8, 5IY6
Identifikatori
Aliasi	ERCC3
Vanjski ID-jevi	OMIM: 133510 MGI: 95414 HomoloGene: 96 GeneCards: ERCC3
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 2 (čovjek)[1] Bend 2q14.3 Početak 127,257,290 bp[1] Kraj 127,294,166 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 18 (miš)[2] Bend 18|18 B1 Početak 32,373,353 bp[2] Kraj 32,403,204 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • protein C-terminus binding • nucleotide binding • GO:0004003 DNA helicase activity • protein kinase activity • hydrolase activity • ATP-dependent activity, acting on DNA • protein N-terminus binding • GO:0043140 3'-5' DNA helicase activity • ATP binding • oštećeno vezivanje sa DNK • vezivanje sa DNK • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • GO:0008026 helicase activity • RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity • ATPase activity • DNA translocase activity Ćelijska komponenta • GO:0000441 transcription factor TFIIH core complex • jedro • nukleoplazma • transcription factor TFIIH holo complex • transcription factor TFIID complex • nucleotide-excision repair factor 3 complex • transcription preinitiation complex Biološki proces • response to hypoxia • termination of RNA polymerase I transcription • embryonic organ development • transcription, DNA-templated • response to UV • 7-methylguanosine mRNA capping • nucleotide-excision repair, DNA incision • regulation of mitotic cell cycle phase transition • GO:0097285 apoptoza • positive regulation of apoptotic process • protein phosphorylation • hair cell differentiation • GO:0001306 response to oxidative stress • UV protection • cellular response to DNA damage stimulus • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • global genome nucleotide-excision repair • GO:0034613 protein localization • transcription elongation from RNA polymerase II promoter • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • DNA topological change • transcription initiation from RNA polymerase I promoter • transcription by RNA polymerase II • transcription-coupled nucleotide-excision repair • Popravak ekscizijom nukleotida • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization • GO:0100026 Popravka DNK • GO:0022415 viral process • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding • regulation of mitotic recombination • promoter clearance from RNA polymerase II promoter • transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter • regulation of transposition, RNA-mediated • phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain • regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion • GO:0001183 transcription elongation from RNA polymerase I promoter Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	2071	13872
Ensembl	ENSG00000163161	ENSMUSG00000024382
UniProt	P19447	P49135
RefSeq (mRNK)	NM_000122 NM_001303416 NM_001303418	NM_133658
RefSeq (bjelančevina)	NP_000113 NP_001290345 NP_001290347	NP_598419
Lokacija (UCSC)	Chr 2: 127.26 – 127.29 Mb	Chr 18: 32.37 – 32.4 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Struktura

Dr. John Tainer i njegova grupa u The Scripps Research Institute riješili su 3D strukturu arhejskog homologa XPB rendgenskom kristalografijom.^[5]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 782 aminokiseline, a molekulska težina 89.278 Da.^[5]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MGKRDRADRD		KKKSRKRHYE		DEEDDEEDAP		GNDPQEAVPS		AAGKQVDESG
TKVDEYGAKD		YRLQMPLKDD		HTSRPLWVAP		DGHIFLEAFS		PVYKYAQDFL
VAIAEPVCRP		THVHEYKLTA		YSLYAAVSVG		LQTSDITEYL		RKLSKTGVPD
GIMQFIKLCT		VSYGKVKLVL		KHNRYFVESC		HPDVIQHLLQ		DPVIRECRLR
NSEGEATELI		TETFTSKSAI		SKTAESSGGP		STSRVTDPQG		KSDIPMDLFD
FYEQMDKDEE		EEEETQTVSF		EVKQEMIEEL		QKRCIHLEYP		LLAEYDFRND
SVNPDINIDL		KPTAVLRPYQ		EKSLRKMFGN		GRARSGVIVL		PCGAGKSLVG
VTAACTVRKR		CLVLGNSAVS		VEQWKAQFKM		WSTIDDSQIC		RFTSDAKDKP
IGCSVAISTY		SMLGHTTKRS		WEAERVMEWL		KTQEWGLMIL		DEVHTIPAKM
FRRVLTIVQA		HCKLGLTATL		VREDDKIVDL		NFLIGPKLYE		ANWMELQNNG
YIAKVQCAEV		WCPMSPEFYR		EYVAIKTKKR		ILLYTMNPNK		FRACQFLIKF
HERRNDKIIV		FADNVFALKE		YAIRLNKPYI		YGPTSQGERM		QILQNFKHNP
KINTIFISKV		GDTSFDLPEA		NVLIQISSHG		GSRRQEAQRL		GRVLRAKKGM
VAEEYNAFFY		SLVSQDTQEM		AYSTKRQRFL		VDQGYSFKVI		TKLAGMEEED
LAFSTKEEQQ		QLLQKVLAAT		DLDAEEEVVA		GEFGSRSSQA		SRRFGTMSSM
SGADDTVYME		YHSSRSKAPS		KHVHPLFKRF		RK

Funkcija

XPB ima značajnu ulogu u normalnoj baznoj transkripciji, transkripcijski spojenom popravku (TCR) i popravak ekscizijom nukleotida (NER). Pokazalo se da pročišćeni XPB odmotava DNK sa 3’-5’ polarnosti.

Funkcija XPB(ERCC3) proteina u NER-u je da pomogne u odmotavanju DNK dvostruke spirale nakon što se oštećenje prvobitno prepozna. NER je put u više koraka koji uklanja širok spektar različitih oštećenja DNK koja narušavaju normalno uparivanje baza. Takva oštećenja uključuju glomazne hemijske adukte, UV-inducirane pirimidinske dimere i nekoliko oblika oksidativnog oštećenja. Mutacije gena XPB(ERCC3) mogu kod ljudi dovesti do bolesti xeroderma pigmentosum (XP) ili XP u kombinaciji sa Cockayneovim sindromom (XPCS).^[6] Mutantne XPB ćelije pojedinaca sa XPCS fenotipom su osjetljive na UV-zračenje i akutni oksidativni stres.^[7]

Poremećaji

Mutacije u XPB i drugim srodnim komplementarnim grupama, XPA-XPG, dovode do brojnih genetički poremećaj|genetičkih poremećaja]] kao što su Xeroderma pigmentosum, Cockayneov sindrom i trihotiodistrofija.

Interakcije

Pokazalo se da je XPB u interakciji sa:

• BCR,^[8]
• CDK7,^[9][10][11]
• ERCC2,^{[9][12][13][14]}
• GTF2H1,^[9][10][12]
• GTF2H2,^[9][12]
• GTF2H4,^[9][12]
• GTF2H5,^[9]
• P53,^[15]
• PSMC5,^[16] i
• XPC.^[17]

Inhibitori malih molekula

Snažni, bioaktivni prirodni proizvodi poput triptolida koji inhibiraju transkripciju sisara putem inhibicije XPB podjedinice općeg transkripcijskog faktora TFIIH nedavno su prijavljeni kao konjugat glukoze za ciljanje hipoksijskih ćelija raka s povećanom ekspresijom transportera glukoze.^[18]

Također pogledajte

• Xeroderma pigmentosum, komplementarna grupa G