TM9SF2

Protein 1 porodice TSC22 domena je protein koji je kod ljudi kodiran genom TSC22D1.^[5][6]

TM9SF2
Identifikatori
Aliasi	TM9SF2
Vanjski ID-jevi	OMIM: 604678 MGI: 1915309 HomoloGene: 21004 GeneCards: TM9SF2
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 13 (čovjek)[1] Bend 13q32.3 Početak 99,446,311 bp[1] Kraj 99,564,048 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 14 (miš)[2] Bend 14 E5|14 65.86 cM Početak 122,344,450 bp[2] Kraj 122,397,016 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	9375	68059
Ensembl	ENSG00000125304	ENSMUSG00000025544
UniProt	Q99805	P58021
RefSeq (mRNK)	NM_004800	NM_080556
RefSeq (bjelančevina)	NP_004791	NP_542123
Lokacija (UCSC)	Chr 13: 99.45 – 99.56 Mb	Chr 14: 122.34 – 122.4 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

TSC22 kodira transkripcijski faktor i pripada velikoj porodici geni ranog odgovora.^[7] TSC22D1 kodira transkripcijski faktor i pripada velikoj porodici gena za rani odgovor. Putem fluorescentne ibridizacije in situ, Jay et al. (1996) locirali su gen TSC22D1 na hromosomu 13, sekvenca 13q14.^[8]

TSC22D1 tvori homodimere, preko konzerviranog domena leucinskog zatvarača i heterodimerizuje s TSC22D4. TSC22D1 ima transkripcijsku represorsku aktivnost.^[9]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.073 aminokiseline, a molekulska težina 109.677 Da.^[10].

10		20		30		40		50
MHQPPESTAA		AAAAADISAR		KMAHPAMFPR		RGSGSGSASA		LNAAGTGVGS
NATSSEDFPP		PSLLQPPPPA		ASSTSGPQPP		PPQSLNLLSQ		AQLQAQPLAP
GGTQMKKKSG		FQITSVTPAQ		ISASISSNNS		IAEDTESYDD		LDESHTEDLS
SSEILDVSLS		RATDLGEPER		SSSEETLNNF		QEAETPGAVS		PNQPHLPQPH
LPHLPQQNVV		INGNAHPHHL		HHHHQIHHGH		HLQHGHHHPS		HVAVASASIT
GGPPSSPVSR		KLSTTGSSDS		ITPVAPTSAV		SSSGSPASVM		TNMRAPSTTG
GIGINSVTGT		STVNNVNITA		VGSFNPNVTS		SMLGNVNIST		SNIPSAAGVS
VGPGVTSGVN		VNILSGMGNG		TISSSAAVSS		VPNAAAGMTG		GSVSSQQQQP
TVNTSRFRVV		KLDSSSEPFK		KGRWTCTEFY		EKENAVPATE		GVLINKVVET
VKQNPIEVTS		ERESTSGSSV		SSSVSTLSHY		TESVGSGEMG		APTVVVQQQQ
QQQQQQQQQP		ALQGVTLQQM		DFGSTGPQSI		PAVSIPQSIS		QSQISQVQLQ
SQELSYQQKQ		GLQPVPLQAT		MSAATGIQPS		PVNVVGVTSA		LGQQPSISSL
AQPQLPYSQA		APPVQTPLPG		APPPQQLQYG		QQQPMVSTQM		APGHVKSVTQ
NPASEYVQQQ		PILQTAMSSG		QPSSAGVGAG		TTVIPVAQPQ		GIQLPVQPTA
VPAQPAGASV		QPVGQAPAAV		SAVPTGSQIA		NIGQQANIPT		AVQQPSTQVP
PSVIQQGAPP		SSQVVPPAQT		GIIHQGVQTS		APSLPQQLVI		ASQSSLLTVP
PQPQGVEPVA		QGIVSQQLPA		VSSLPSASSI		SVTSQVSSTG		PSGMPSAPTN
LVPPQNIAQT		PATQNGNLVQ		SVSQPPLIAT		NTNLPLAQQI		PLSSTQFSAQ
SLAQAIGSQI		EDARRAAEPS		LVGLPQTISG		DSGGMSAVSD		GSSSSLAASA
SLFPLKVLPL		TTPLVDGEDE		SSSGASVVAI		DNKIEQAMDL		VKSHLMYAVR
EEVEVLKEQI		KELIEKNSQL		EQENNLLKTL		ASPEQLAQFQ		AQLQTGSPPA
TTQPQGTTQP		PAQPASQGSG		PTA

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Skriningom male količine klonova u biblioteci cDNK, od 6-sedmičnih mišjih embriona, Jay et al. (1996) klonirali su TSC22D1, koji su nazvali TSC22. Izvedeni protein sa 144 aminokiseline imao je izračunatu molekulsku masu od oko 16,7 kD i leucinski zatvarač, C-kraj bogat glutaminom i prolinom i dva potencijalna mjesta fosforilacije. TSC22 dijeli značajnu homolog[iju sa Tsc22 kod miševa, pacova i kokoši, a 69% identiteta sa svinjskim Dsipom i 52% identiteta sa proteinom za kratkovidnost kod Drosophila. Zoo blot analiza otkrila je srodne sekvence kod svih zastupljenih kičmenjaka i voćnih mušica. Signal nije otkriven u dagnjama, nematodama, kvascima i bakterijama.

Prema Southwestern scriningu, Ohta et al. (1996) identificirali su pacovaa Tsc22 vezanjem za G–C-bogati element promotora CNP. Koristili su ovu sekvencu za oblikovanje prajmera i kloniranja ljudskog TSC22, pomoću PCR-a i 3' i 5' RACE biblioteke cDNK fetusnog bubrega. Ljudski TSC22 razlikuje se od proteina pacova po inserciji jednog ostatka i jednoj zamjeni. Proteini pacova i miša su identični.

Prema Northern blot analizi, Jay et al (1996) i Ohta et al. (1996) utvrdili su da je TSC22 eksprimiran kao 1,8 kb transkript u različitim količinama u svim tkivima fetusa i odraslih, osim leukocita periferne krvi. Transkript od oko pet kb također je otkriven u skeletnim mišićima.^[11]

Funkcija gena

Analizom pomaka mobilnosti i kotransfekcijom s reporter-plazmidom, Ohta et al. (1996) potvrdili su da se pacovski Tsc22 veže i može podstaknuti ekspresiju iz sekvence CNP promotora, bogate GC-om. U endotelnim ćelijama ljudske aorte ekspresiju TSC22 stimulirali su citokini, uključujući TGFB, i brzo se izgubila. Ekspresija TSC22 iRNK korelira sa povećanim nivoom CNP iRNK.

Analizom 2-hibrida kvasca, ispitivanjem pomaka gela i eksperimentima povlačenja GST-a, Kester et al. (1999) potvrdili su da TSC22D1 formira homodimere, preko konzerviranog domena leucinskog zatvarača i da stupa u interakciju s TSC22D4, formiranjem heterodimera. Pokazali su da TSC22D1 ima transkripcijsku represorsku aktivnost.^[12]