UBL3

Ubikvitinoliki protein 3 je protein je kod ljudi kodiran genom UBL3.^[5][6]

UBL3
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 2GOW
Identifikatori
Aliasi	UBL3
Vanjski ID-jevi	OMIM: 604711 MGI: 1344373 HomoloGene: 5153 GeneCards: UBL3
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 13 (čovjek)[1] Bend 13q12.3 Početak 29,764,371 bp[1] Kraj 29,850,617 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 5 (miš)[2] Bend 5|5 G3 Početak 148,504,635 bp[2] Kraj 148,552,789 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	5412	24109
Ensembl	ENSG00000122042	ENSMUSG00000001687
UniProt	O95164	Q9Z2M6
RefSeq (mRNK)	NM_007106	NM_011908
RefSeq (bjelančevina)	NP_009037	NP_036038 NP_001346128 NP_001346129 NP_001346130 NP_001346131
Lokacija (UCSC)	Chr 13: 29.76 – 29.85 Mb	Chr 5: 148.5 – 148.55 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Hibridnim mapiranjem somatskih ćelija, Chadwick et al. (1999) locirali su ljidskii gen UBL3 na hromosomu 13, sekvenca 13q12-q13. Koristeći fluorescentnu hibridizaciju in situ, mapirali su i mišji gen Ubl3 na telomerni kraj hromosoma 5 u pojasu G2-3, regiji koja pokazuje homologiju sintenije sa ljudskim 13q.^[7]

U melanocitnim ćelijama ekspresija gena UBL3 može se regulirati transkripcijskim faktorom, povezanim s mikroftalmijom (MITF).^[8]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 227 aminokiselina, a molekulska težina 13.157 Da.^[9]

10		20		30		40		50
MSSNVPADMI		NLRLILVSGK		TKEFLFSPND		SASDIAKHVY		DNWPMDWEEE
QVSSPNILRL		IYQGRFLHGN		VTLGALKLPF		GKTTVMHLVA		RETLPEPNSQ
GQRNREKTGE		SNCCVIL

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Trodimenzijska struktura ubikvitinskog proteina

Ubikvitin cilja proteine za razgradnju 26S, proteasomom. Nasuprot tome, proteini slični ubikvitinu (UBL) (npr. UBL1) možda nisu direktno uključeni u razgradnju proteina, ali izgleda da imaju raznolik raspon ćelijskih funkcija (pregled Hodges et al., 1998). Gorepomenuti Chadwick et al. (1999) identifikovali su gen Drosophila UBL3. Pretražujući EST bazu podataka, koristeći cDNK Drosophila UBL3 kao upit, identifikovali su ljudski UBL3 EST. Koristeći EST, izolirali su cDNK matičnih ćelija ljudskih keratinocita koje imaju kompletnu sekvencu kodiranja UBL3. Izvedeni ljudski protein UBL3sa 117 aminokiselina sadrži dva potencijalna mjesta N-glikozilacije, potencijalno mjesto fosforilacije C-proteinske kinaze i potencijalno mjesto prednilacije C-terminala. Relativno je hidrofilan, bez predviđenih transmembranskih domena. Ljudski UBL3 deli 69% identiteta aminokiselinske sekvence sa jednim oblikom drozofilinog UBL3 i 99% identiteta sa mišjim Ubl3, cDNK. Northern blot analiza ljudskih tkiva otkrila je transkripte UBL3 od 3,5 i 4,5 kb u svim testiranim tkivima, kao što su slezena, timus, leukociti periferne krvi, sjemenici, jajnici, posteljica, prostata, jetra, [[gušterača, tanko i debelo crijevo, te bubreg, srce, pluća, mozak i skeletni mišići. Dodatni transkripti od 2,0 i 3,0 kb pronađeni su u testisima. Identificirali su tri signala poliadenilacije, koji rezultiraju alternativno poliadeniliranim transkriptima UBL3.^[10]